Protein–RNA interactions for Protein: P53564

Cux1, Homeobox protein cut-like 1, mousemouse

Predictions only

Length 1,515 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cux1P53564 Mpnd-208ENSMUST00000159996 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35,76■■■■□ 3,31
Cux1P53564 Tmx4-202ENSMUST00000110119 596 ntTSL 2 BASIC35,75■■■■□ 3,31
Cux1P53564 Syce2-202ENSMUST00000136026 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35,75■■■■□ 3,31
Cux1P53564 Tmem11-201ENSMUST00000062677 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,74■■■■□ 3,31
Cux1P53564 Vmac-201ENSMUST00000067931 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35,73■■■■□ 3,31
Cux1P53564 Gm16599-201ENSMUST00000148082 1182 ntTSL 1 (best) BASIC35,73■■■■□ 3,31
Cux1P53564 Msto1-202ENSMUST00000126245 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,73■■■■□ 3,31
Cux1P53564 Gng12-204ENSMUST00000114225 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,73■■■■□ 3,31
Cux1P53564 Gsc2-201ENSMUST00000012279 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,72■■■■□ 3,31
Cux1P53564 Rin3-207ENSMUST00000150795 937 ntTSL 1 (best) BASIC35,72■■■■□ 3,31
Cux1P53564 Tmem106c-201ENSMUST00000064200 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,71■■■■□ 3,31
Cux1P53564 Emid1-201ENSMUST00000062821 1947 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35,71■■■■□ 3,31
Cux1P53564 Jmjd6-201ENSMUST00000047616 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,71■■■■□ 3,31
Cux1P53564 Pcf11-204ENSMUST00000208058 461 ntTSL 5 BASIC35,71■■■■□ 3,31
Cux1P53564 Sarnp-203ENSMUST00000219512 953 ntTSL 3 BASIC35,71■■■■□ 3,31
Cux1P53564 Casd1-204ENSMUST00000181734 1063 ntTSL 5 BASIC35,7■■■■□ 3,31
Cux1P53564 Nsd1-203ENSMUST00000224156 1149 ntBASIC35,7■■■■□ 3,31
Cux1P53564 Unc119-201ENSMUST00000002127 1329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,69■■■■□ 3,3
Cux1P53564 Tm6sf1-201ENSMUST00000041890 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,69■■■■□ 3,3
Cux1P53564 Tmem189-201ENSMUST00000006587 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,68■■■■□ 3,3
Cux1P53564 Zfp131-206ENSMUST00000223813 2561 ntAPPRIS P3 BASIC35,67■■■■□ 3,3
Cux1P53564 Btg3-201ENSMUST00000023570 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,67■■■■□ 3,3
Cux1P53564 C1qtnf5-203ENSMUST00000114818 1337 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35,66■■■■□ 3,3
Cux1P53564 Upf3a-201ENSMUST00000043767 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,66■■■■□ 3,3
Cux1P53564 Klhl25-205ENSMUST00000206019 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,66■■■■□ 3,3
Cux1P53564 Srcap-211ENSMUST00000189136 1960 ntTSL 1 (best) BASIC35,65■■■■□ 3,3
Cux1P53564 Susd3-203ENSMUST00000119721 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35,64■■■■□ 3,3
Cux1P53564 AC093043.1-201ENSMUST00000226700 898 ntBASIC35,64■■■■□ 3,3
Cux1P53564 B230377A18Rik-202ENSMUST00000192921 1364 ntBASIC35,64■■■■□ 3,3
Cux1P53564 Sox17-202ENSMUST00000116652 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,64■■■■□ 3,3
Cux1P53564 Preb-209ENSMUST00000202567 1869 ntTSL 1 (best) BASIC35,64■■■■□ 3,3
Cux1P53564 Runx2-211ENSMUST00000162629 1607 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35,63■■■■□ 3,29
Cux1P53564 Nucks1-203ENSMUST00000189946 2375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35,63■■■■□ 3,29
Cux1P53564 Cckbr-202ENSMUST00000181339 1326 ntTSL 1 (best) BASIC35,63■■■■□ 3,29
Cux1P53564 Siah1a-201ENSMUST00000045296 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,63■■■■□ 3,29
Cux1P53564 Fgf16-201ENSMUST00000033581 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,62■■■■□ 3,29
Cux1P53564 Zfp346-203ENSMUST00000159278 1253 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35,62■■■■□ 3,29
Cux1P53564 Gm15820-201ENSMUST00000201566 728 ntBASIC35,62■■■■□ 3,29
Cux1P53564 Suds3-201ENSMUST00000086471 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35,61■■■■□ 3,29
Cux1P53564 March5-202ENSMUST00000112391 1293 ntTSL 1 (best) BASIC35,61■■■■□ 3,29
Cux1P53564 A930002H24Rik-201ENSMUST00000050753 492 ntAPPRIS P1 BASIC35,61■■■■□ 3,29
Cux1P53564 St7-205ENSMUST00000081635 2115 ntTSL 1 (best) BASIC35,61■■■■□ 3,29
Cux1P53564 Asf1a-201ENSMUST00000020004 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,6■■■■□ 3,29
Cux1P53564 Mpnd-209ENSMUST00000162883 1400 ntTSL 5 BASIC35,59■■■■□ 3,29
Cux1P53564 Tmem238-201ENSMUST00000168578 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,59■■■■□ 3,29
Cux1P53564 Fam98c-209ENSMUST00000164589 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35,59■■■■□ 3,29
Cux1P53564 Tmem70-203ENSMUST00000177501 1636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35,59■■■■□ 3,29
Cux1P53564 Csnk1g2-201ENSMUST00000079773 2348 ntTSL 1 (best) BASIC35,58■■■■□ 3,29
Cux1P53564 Socs2-202ENSMUST00000119917 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,58■■■■□ 3,29
Cux1P53564 Camk2n2-201ENSMUST00000052939 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,58■■■■□ 3,29
Cux1P53564 Kcnj6-201ENSMUST00000095873 1773 ntTSL 1 (best) BASIC35,58■■■■□ 3,29
Cux1P53564 Cldnd1-204ENSMUST00000162057 1540 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35,57■■■■□ 3,29
Cux1P53564 A430027H14Rik-201ENSMUST00000191809 1467 ntBASIC35,57■■■■□ 3,28
Cux1P53564 Ccna1-202ENSMUST00000197238 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35,57■■■■□ 3,28
Cux1P53564 Ppia-202ENSMUST00000132846 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,57■■■■□ 3,28
Cux1P53564 Bri3-201ENSMUST00000056578 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,57■■■■□ 3,28
Cux1P53564 Fgf8-206ENSMUST00000111928 1056 ntTSL 1 (best) BASIC35,56■■■■□ 3,28
Cux1P53564 Usf2-203ENSMUST00000162228 960 ntTSL 5 BASIC35,56■■■■□ 3,28
Cux1P53564 Fam96b-203ENSMUST00000164884 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,56■■■■□ 3,28
Cux1P53564 Gm10645-201ENSMUST00000098605 1090 ntAPPRIS P1 BASIC35,56■■■■□ 3,28
Cux1P53564 Ccdc9-202ENSMUST00000118976 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35,55■■■■□ 3,28
Cux1P53564 5031425E22Rik-201ENSMUST00000101522 2110 ntBASIC35,55■■■■□ 3,28
Cux1P53564 Tmem235-201ENSMUST00000093905 1820 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35,54■■■■□ 3,28
Cux1P53564 March2-203ENSMUST00000172767 1381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,54■■■■□ 3,28
Cux1P53564 Dapk2-201ENSMUST00000034944 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,53■■■■□ 3,28
Cux1P53564 Hrasls-204ENSMUST00000162747 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,53■■■■□ 3,28
Cux1P53564 Gm20684-201ENSMUST00000176744 380 ntTSL 3 BASIC35,53■■■■□ 3,28
Cux1P53564 Vcpkmt-201ENSMUST00000058639 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,53■■■■□ 3,28
Cux1P53564 Vax1-201ENSMUST00000172821 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,51■■■■□ 3,27
Cux1P53564 Gm45095-201ENSMUST00000206736 254 ntTSL 5 BASIC35,5■■■■□ 3,27
Cux1P53564 Adat3-204ENSMUST00000038411 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35,5■■■■□ 3,27
Cux1P53564 Pcsk1n-201ENSMUST00000041096 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,49■■■■□ 3,27
Cux1P53564 Fam168b-204ENSMUST00000170092 941 ntTSL 5 BASIC35,49■■■■□ 3,27
Cux1P53564 Gm28417-202ENSMUST00000185881 538 ntTSL 3 BASIC35,49■■■■□ 3,27
Cux1P53564 AC117769.4-201ENSMUST00000225679 685 ntBASIC35,49■■■■□ 3,27
Cux1P53564 Mpv17l2-201ENSMUST00000038626 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,49■■■■□ 3,27
Cux1P53564 Tmem55b-206ENSMUST00000161166 1445 ntTSL 1 (best) BASIC35,49■■■■□ 3,27
Cux1P53564 1700097N02Rik-201ENSMUST00000188852 845 ntTSL 3 BASIC35,48■■■■□ 3,27
Cux1P53564 Tmpo-203ENSMUST00000092219 1854 ntTSL 1 (best) BASIC35,48■■■■□ 3,27
Cux1P53564 Npas1-201ENSMUST00000002053 2091 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35,48■■■■□ 3,27
Cux1P53564 Mt2-201ENSMUST00000034214 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,47■■■■□ 3,27
Cux1P53564 Efna2-201ENSMUST00000003154 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,47■■■■□ 3,27
Cux1P53564 Olfm2-203ENSMUST00000215999 1895 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC35,47■■■■□ 3,27
Cux1P53564 Fam149b-203ENSMUST00000090499 2370 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC35,47■■■■□ 3,27
Cux1P53564 Gm28040-202ENSMUST00000184603 890 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35,46■■■■□ 3,27
Cux1P53564 Rpl34-201ENSMUST00000062601 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,46■■■■□ 3,27
Cux1P53564 2310061I04Rik-202ENSMUST00000146451 2081 ntTSL 1 (best) BASIC35,46■■■■□ 3,27
Cux1P53564 Isoc1-201ENSMUST00000025503 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,46■■■■□ 3,27
Cux1P53564 Tmem150a-202ENSMUST00000132243 1478 ntTSL 5 BASIC35,46■■■■□ 3,27
Cux1P53564 Srcap-202ENSMUST00000098025 1257 ntTSL 5 BASIC35,45■■■■□ 3,27
Cux1P53564 Frat2-201ENSMUST00000059231 2161 ntAPPRIS P1 BASIC35,44■■■■□ 3,26
Cux1P53564 2410017I17Rik-202ENSMUST00000090537 2053 ntTSL 2 BASIC35,44■■■■□ 3,26
Cux1P53564 Sds-204ENSMUST00000201684 1288 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35,44■■■■□ 3,26
Cux1P53564 Gm15039-201ENSMUST00000118914 875 ntBASIC35,43■■■■□ 3,26
Cux1P53564 Ubp1-203ENSMUST00000116492 2111 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35,43■■■■□ 3,26
Cux1P53564 Fezf2-202ENSMUST00000224023 1917 ntBASIC35,43■■■■□ 3,26
Cux1P53564 Rps24-207ENSMUST00000224568 714 ntBASIC35,42■■■■□ 3,26
Cux1P53564 Fn1-208ENSMUST00000186940 1350 ntTSL 1 (best) BASIC35,42■■■■□ 3,26
Cux1P53564 Slc16a11-207ENSMUST00000136328 1403 ntTSL 5 BASIC35,42■■■■□ 3,26
Cux1P53564 Metrnl-201ENSMUST00000036742 1401 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35,42■■■■□ 3,26
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 14,7 ms