Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Dyrk1b-202ENSMUST00000172467 2523 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
Usp4P35123 Dyrk1b-201ENSMUST00000085901 2534 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
Usp4P35123 1810049J17Rik-201ENSMUST00000180521 462 ntAPPRIS P1 BASIC23.57■■□□□ 1.36
Usp4P35123 Mlx-201ENSMUST00000017945 1965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Usp4P35123 Usp12-201ENSMUST00000085614 4327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Usp4P35123 Jmjd6-201ENSMUST00000047616 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Usp4P35123 Banp-202ENSMUST00000093078 2289 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Usp4P35123 Gm9887-201ENSMUST00000053451 624 ntAPPRIS P1 BASIC23.56■■□□□ 1.36
Usp4P35123 Ccdc50-202ENSMUST00000096127 1096 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Usp4P35123 Henmt1-201ENSMUST00000059946 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Usp4P35123 Susd6-203ENSMUST00000220238 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Usp4P35123 Gng3-201ENSMUST00000096259 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Usp4P35123 Ccdc122-201ENSMUST00000048208 1721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Usp4P35123 Flot2-201ENSMUST00000072289 2621 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Usp4P35123 Ing2-201ENSMUST00000080353 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Usp4P35123 Serpinb6a-206ENSMUST00000167163 1654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
Usp4P35123 Ppa2-201ENSMUST00000029644 1226 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Usp4P35123 Dgat2-201ENSMUST00000033001 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Usp4P35123 Dlx2-201ENSMUST00000024159 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Usp4P35123 Nckap5los-201ENSMUST00000159738 1712 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
Usp4P35123 Ccnl2-201ENSMUST00000030944 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Usp4P35123 Bcl7b-202ENSMUST00000111187 564 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Usp4P35123 Npas1-201ENSMUST00000002053 2091 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
Usp4P35123 Pcbd2-201ENSMUST00000021958 544 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Usp4P35123 Gipc1-201ENSMUST00000019577 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Usp4P35123 Mtf2-202ENSMUST00000112626 1968 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
Usp4P35123 Tmem235-201ENSMUST00000093905 1820 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
Usp4P35123 Acot3-202ENSMUST00000120927 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Usp4P35123 Vmac-201ENSMUST00000067931 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Usp4P35123 Mta3-204ENSMUST00000112352 2674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Usp4P35123 Cacfd1-203ENSMUST00000114005 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Usp4P35123 Gm28052-201ENSMUST00000150388 380 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
Usp4P35123 Kctd5-201ENSMUST00000017090 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Usp4P35123 Gmeb1-202ENSMUST00000105964 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Usp4P35123 Notum-202ENSMUST00000106177 2212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
Usp4P35123 Epb41l4b-203ENSMUST00000095076 6746 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
Usp4P35123 Lrrc24-201ENSMUST00000036247 1758 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Usp4P35123 Krt10-201ENSMUST00000103131 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Usp4P35123 Hmgn3-202ENSMUST00000162246 983 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Usp4P35123 Mlycd-201ENSMUST00000098367 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Usp4P35123 Triobp-201ENSMUST00000109687 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Usp4P35123 Agps-202ENSMUST00000111952 2589 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
Usp4P35123 P4htm-201ENSMUST00000006853 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Usp4P35123 Serpinb6a-201ENSMUST00000017188 1504 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Usp4P35123 Pax1-201ENSMUST00000109968 2643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Usp4P35123 Manf-202ENSMUST00000159283 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Usp4P35123 Rhbdl1-201ENSMUST00000026831 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Usp4P35123 Dennd5a-202ENSMUST00000106722 4862 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Usp4P35123 Nrarp-201ENSMUST00000104999 2582 ntAPPRIS P1 BASIC23.47■■□□□ 1.35
Usp4P35123 Gm11599-201ENSMUST00000118720 878 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
Usp4P35123 Phf23-201ENSMUST00000018716 2006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Usp4P35123 Zfp513-201ENSMUST00000031562 2213 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Usp4P35123 Mnx1-202ENSMUST00000165512 2245 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Usp4P35123 Cnot6-201ENSMUST00000020624 2498 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Usp4P35123 Gm4419-202ENSMUST00000226239 1431 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
Usp4P35123 Nudt9-201ENSMUST00000031250 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Usp4P35123 B230208H11Rik-201ENSMUST00000180529 1112 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Usp4P35123 Pitx2-202ENSMUST00000042587 2271 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Usp4P35123 Kctd2-201ENSMUST00000103035 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Usp4P35123 Actr5-201ENSMUST00000045644 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Usp4P35123 Antxr1-204ENSMUST00000204805 2156 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
Usp4P35123 Rexo2-210ENSMUST00000217037 609 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
Usp4P35123 AC117232.3-201ENSMUST00000217817 338 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
Usp4P35123 Tmem70-203ENSMUST00000177501 1636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Usp4P35123 March9-201ENSMUST00000040307 3037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Usp4P35123 Hibadh-201ENSMUST00000031788 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Usp4P35123 Slc15a4-201ENSMUST00000031367 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Usp4P35123 Hif1a-203ENSMUST00000110464 1759 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Usp4P35123 Dhrs13-201ENSMUST00000021187 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Usp4P35123 Chst14-201ENSMUST00000099546 2090 ntAPPRIS P1 BASIC23.43■■□□□ 1.34
Usp4P35123 Spire2-201ENSMUST00000010298 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Usp4P35123 Flt3l-211ENSMUST00000211429 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Usp4P35123 Ankrd60-202ENSMUST00000119453 1084 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
Usp4P35123 A030003K21Rik-201ENSMUST00000222600 830 ntAPPRIS P1 BASIC23.41■■□□□ 1.34
Usp4P35123 Pou2f2-204ENSMUST00000108416 1754 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Usp4P35123 Kcnc3-203ENSMUST00000207493 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
Usp4P35123 Arl8a-201ENSMUST00000027684 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Usp4P35123 Snrpe-202ENSMUST00000164574 597 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
Usp4P35123 Rundc3a-203ENSMUST00000107103 1822 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
Usp4P35123 A230087F16Rik-201ENSMUST00000181055 2098 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
Usp4P35123 Hand2-201ENSMUST00000040104 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Usp4P35123 Peli3-201ENSMUST00000025834 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Usp4P35123 Adgrb1-202ENSMUST00000170845 2704 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Usp4P35123 3110021N24Rik-201ENSMUST00000178992 1812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Usp4P35123 Fip1l1-202ENSMUST00000113534 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Usp4P35123 Gm6934-201ENSMUST00000194780 1905 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
Usp4P35123 Snx7-201ENSMUST00000029639 2021 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Usp4P35123 Cotl1-201ENSMUST00000034285 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Usp4P35123 Gemin7-202ENSMUST00000117222 1023 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
Usp4P35123 Trim9-208ENSMUST00000221370 2393 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Usp4P35123 Rab3il1-202ENSMUST00000117641 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Usp4P35123 Hdac3-201ENSMUST00000043498 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Usp4P35123 Tmem158-201ENSMUST00000068140 1712 ntAPPRIS P1 BASIC23.36■■□□□ 1.33
Usp4P35123 Arpc2-203ENSMUST00000113820 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Usp4P35123 Slc16a11-205ENSMUST00000126388 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
Usp4P35123 Ccnyl1-203ENSMUST00000187170 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
Usp4P35123 1110008P14Rik-201ENSMUST00000048792 680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Usp4P35123 Dmrt3-201ENSMUST00000048935 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Usp4P35123 Grap-201ENSMUST00000004959 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Usp4P35123 Dmtn-209ENSMUST00000228295 2572 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27.6 ms