Protein–RNA interactions for Protein: E9PWQ3

Col6a3, Collagen, type VI, alpha 3, mousemouse

Predictions only

Length 3,284 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a3E9PWQ3 Odc1-201ENSMUST00000171737 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Col6a3E9PWQ3 Hoxb3-201ENSMUST00000055334 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Col6a3E9PWQ3 Gm27454-201ENSMUST00000185090 204 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
Col6a3E9PWQ3 Hoxb7-201ENSMUST00000049352 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Col6a3E9PWQ3 Plekhj1-201ENSMUST00000036805 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Col6a3E9PWQ3 Lsm4-205ENSMUST00000210987 636 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
Col6a3E9PWQ3 Ipmk-203ENSMUST00000121446 1492 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
Col6a3E9PWQ3 AC112142.1-201ENSMUST00000228796 918 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
Col6a3E9PWQ3 Pth2-201ENSMUST00000042754 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Col6a3E9PWQ3 Runx3-202ENSMUST00000119564 1855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
Col6a3E9PWQ3 Ppp4c-201ENSMUST00000032936 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
Col6a3E9PWQ3 Ttc19-202ENSMUST00000101075 2193 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
Col6a3E9PWQ3 Stau2-210ENSMUST00000149320 2214 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
Col6a3E9PWQ3 Ankra2-205ENSMUST00000150916 1028 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
Col6a3E9PWQ3 Psmg4-202ENSMUST00000147632 555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
Col6a3E9PWQ3 Rap1a-202ENSMUST00000197094 782 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
Col6a3E9PWQ3 Phf23-201ENSMUST00000018716 2006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Col6a3E9PWQ3 Tm2d1-202ENSMUST00000102793 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Col6a3E9PWQ3 Mpnd-209ENSMUST00000162883 1400 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
Col6a3E9PWQ3 Metrnl-201ENSMUST00000036742 1401 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Col6a3E9PWQ3 0610010K14Rik-209ENSMUST00000108579 667 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Col6a3E9PWQ3 Rab2a-201ENSMUST00000060232 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Col6a3E9PWQ3 Marveld2-202ENSMUST00000163163 2187 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Col6a3E9PWQ3 Anapc13-204ENSMUST00000190279 589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Col6a3E9PWQ3 Tmem55b-209ENSMUST00000162957 1465 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Col6a3E9PWQ3 Mtch1-201ENSMUST00000095427 1922 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Col6a3E9PWQ3 Gm12821-201ENSMUST00000120022 600 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
Col6a3E9PWQ3 Ndfip1-201ENSMUST00000025293 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Col6a3E9PWQ3 Tdp2-201ENSMUST00000038039 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Col6a3E9PWQ3 Usp2-206ENSMUST00000176416 1486 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Col6a3E9PWQ3 Xpa-202ENSMUST00000058232 1241 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Col6a3E9PWQ3 Pdss1-207ENSMUST00000152170 1538 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Col6a3E9PWQ3 Arhgap39-204ENSMUST00000176219 542 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
Col6a3E9PWQ3 Proca1-201ENSMUST00000060539 960 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
Col6a3E9PWQ3 Orai1-202ENSMUST00000121652 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Col6a3E9PWQ3 Grb2-202ENSMUST00000106495 2041 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
Col6a3E9PWQ3 Tbx1-201ENSMUST00000009241 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
Col6a3E9PWQ3 Pet117-201ENSMUST00000183618 693 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
Col6a3E9PWQ3 Ankrd11-207ENSMUST00000212937 943 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Col6a3E9PWQ3 D17Wsu92e-201ENSMUST00000075076 1470 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Col6a3E9PWQ3 Srsf6-202ENSMUST00000126163 515 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
Col6a3E9PWQ3 Ankrd37-201ENSMUST00000053558 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Col6a3E9PWQ3 Smarcc1-203ENSMUST00000197480 1949 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Col6a3E9PWQ3 Nol7-205ENSMUST00000222499 756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Col6a3E9PWQ3 Serpinb6a-206ENSMUST00000167163 1654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
Col6a3E9PWQ3 Gm29394-204ENSMUST00000177504 448 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
Col6a3E9PWQ3 Susd4-202ENSMUST00000153348 1898 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
Col6a3E9PWQ3 Eif5a-202ENSMUST00000070996 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Col6a3E9PWQ3 Sumo2-205ENSMUST00000121185 911 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
Col6a3E9PWQ3 Gm20458-201ENSMUST00000164863 1369 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
Col6a3E9PWQ3 Stk24-201ENSMUST00000079817 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Col6a3E9PWQ3 Tmem114-201ENSMUST00000023400 1406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Col6a3E9PWQ3 Tmem120a-201ENSMUST00000043378 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Col6a3E9PWQ3 Rtn4r-201ENSMUST00000059589 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Col6a3E9PWQ3 Ntn5-203ENSMUST00000183120 1491 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Col6a3E9PWQ3 6230400D17Rik-202ENSMUST00000224976 1019 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
Col6a3E9PWQ3 Smim19-201ENSMUST00000033935 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Col6a3E9PWQ3 Ethe1-201ENSMUST00000077191 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Col6a3E9PWQ3 AC140930.3-201ENSMUST00000222935 274 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
Col6a3E9PWQ3 1700065D16Rik-202ENSMUST00000188975 506 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
Col6a3E9PWQ3 Cox5b-204ENSMUST00000193210 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Col6a3E9PWQ3 Eid1-201ENSMUST00000164756 1691 ntAPPRIS P1 BASIC23.52■■□□□ 1.36
Col6a3E9PWQ3 Map1lc3a-201ENSMUST00000029128 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Col6a3E9PWQ3 Gm9905-201ENSMUST00000065740 1845 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
Col6a3E9PWQ3 AC161180.2-201ENSMUST00000222567 1015 ntAPPRIS P1 BASIC23.51■■□□□ 1.35
Col6a3E9PWQ3 Gm12922-201ENSMUST00000120626 809 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
Col6a3E9PWQ3 Dennd1b-209ENSMUST00000200533 1853 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Col6a3E9PWQ3 Zdhhc2-202ENSMUST00000128166 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Col6a3E9PWQ3 Mpnd-208ENSMUST00000159996 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
Col6a3E9PWQ3 Fads2-201ENSMUST00000025567 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Col6a3E9PWQ3 Gorasp2-203ENSMUST00000112205 1196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Col6a3E9PWQ3 Gm5131-201ENSMUST00000212776 1238 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
Col6a3E9PWQ3 Kansl2-202ENSMUST00000116400 2110 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Col6a3E9PWQ3 Gm46212-201ENSMUST00000220256 1003 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
Col6a3E9PWQ3 Ctbp1-206ENSMUST00000201575 2091 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Col6a3E9PWQ3 Mrgbp-201ENSMUST00000029085 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Col6a3E9PWQ3 A030005L19Rik-201ENSMUST00000220768 806 ntAPPRIS P1 BASIC23.48■■□□□ 1.35
Col6a3E9PWQ3 Gm16286-202ENSMUST00000125127 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Col6a3E9PWQ3 Gm45095-201ENSMUST00000206736 254 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
Col6a3E9PWQ3 Ccdc84-212ENSMUST00000217351 888 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
Col6a3E9PWQ3 Kcnip2-201ENSMUST00000026247 1203 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
Col6a3E9PWQ3 Pole4-204ENSMUST00000160281 648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Col6a3E9PWQ3 Dusp2-201ENSMUST00000028846 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Col6a3E9PWQ3 Kcnk1-202ENSMUST00000212831 1309 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
Col6a3E9PWQ3 Prr5-201ENSMUST00000065499 1830 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Col6a3E9PWQ3 B230322F03Rik-201ENSMUST00000181932 1569 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
Col6a3E9PWQ3 Rab24-201ENSMUST00000035242 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Col6a3E9PWQ3 Mapkapk3-208ENSMUST00000192054 944 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Col6a3E9PWQ3 Gm45417-201ENSMUST00000209533 758 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
Col6a3E9PWQ3 Rabac1-201ENSMUST00000076961 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Col6a3E9PWQ3 Gm1673-201ENSMUST00000094869 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Col6a3E9PWQ3 Rtl10-201ENSMUST00000146673 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Col6a3E9PWQ3 D030046N08Rik-201ENSMUST00000162318 1570 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
Col6a3E9PWQ3 Gm26881-201ENSMUST00000180426 593 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Col6a3E9PWQ3 Ikzf1-202ENSMUST00000048122 911 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Col6a3E9PWQ3 Lgals7-201ENSMUST00000081457 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Col6a3E9PWQ3 Pfn2-202ENSMUST00000119344 1879 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Col6a3E9PWQ3 Ccdc136-206ENSMUST00000145310 1703 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
Col6a3E9PWQ3 A730013G03Rik-202ENSMUST00000195012 2097 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
Col6a3E9PWQ3 4930539J05Rik-202ENSMUST00000182865 511 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 36.6 ms