Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 PCBP3-206ENST00000400314 2202 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 ABCB9-202ENST00000344275 2394 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 PARP16-202ENST00000444347 2352 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 PSMC3IP-204ENST00000587209 1381 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 RGS20-203ENST00000344277 1667 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 FAM72B-207ENST00000619376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 TFF3-201ENST00000291525 407 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 ODF3B-202ENST00000401779 869 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 ODF3B-203ENST00000403326 643 ntTSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 ODF3B-205ENST00000428989 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 IRF8-202ENST00000562492 946 ntTSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 AC140113.2-201ENST00000604370 208 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 AC243547.2-201ENST00000616257 234 ntTSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 AL139288.1-201ENST00000623748 933 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 COX20-203ENST00000411948 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 PCCB-207ENST00000466072 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 ACP6-201ENST00000392988 1555 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 PSMD8-207ENST00000592035 1581 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 FAM131A-202ENST00000340957 2421 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 PVR-204ENST00000406449 1344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 MID1IP1-201ENST00000336949 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 DHRS2-201ENST00000250383 1705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 TRAM1L1-201ENST00000310754 2023 ntAPPRIS P1 BASIC27.19■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 LRRC43-201ENST00000339777 2028 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 OARD1-201ENST00000373154 1129 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 SLC9A3R1-202ENST00000413388 1285 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 HNRNPDP1-201ENST00000439535 754 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 AC135776.2-201ENST00000567803 714 ntTSL 4 BASIC27.19■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 PRSS8-206ENST00000568261 1214 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 LINC01956-202ENST00000584273 612 ntTSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 AL049840.3-201ENST00000602669 611 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 AL139424.1-201ENST00000607572 797 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 AL691403.2-201ENST00000618460 490 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 ANKMY2-206ENST00000628652 1270 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 FLT3LG-204ENST00000595510 1301 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 ATP1B1-202ENST00000367816 2608 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 NSUN5-201ENST00000252594 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 LTBP3-217ENST00000530785 2461 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 ABHD11-205ENST00000437775 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 VKORC1-201ENST00000300851 876 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 RPA2-202ENST00000373909 1162 ntTSL 3 BASIC27.18■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 C2orf49-202ENST00000410049 854 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 IGF2-206ENST00000418738 934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 CYGB-205ENST00000590175 830 ntTSL 3 BASIC27.18■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 AC012615.3-201ENST00000592884 500 ntTSL 3 BASIC27.18■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 TERC-201ENST00000602385 541 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 AC025062.2-201ENST00000605477 670 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 AXIN2-208ENST00000611991 1019 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 PRDM14-201ENST00000276594 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC27.17■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 PIANP-204ENST00000540656 2432 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 FAM50B-202ENST00000380274 1932 ntAPPRIS P1 BASIC27.17■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 TNXA-203ENST00000507684 2038 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 DRAP1-202ENST00000376991 819 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 FAM3A-205ENST00000393572 1041 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 AC122714.2-201ENST00000502787 707 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 AC073648.2-201ENST00000510116 352 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 PIN1-206ENST00000587625 878 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 LCE1E-203ENST00000619588 267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 AC055717.3-201ENST00000622967 595 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 AC073592.4-201ENST00000623827 446 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 AP000867.4-201ENST00000641616 219 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 VIM-201ENST00000224237 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 AC093503.3-201ENST00000624917 2352 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 GPANK1-201ENST00000375893 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 GABRB2-206ENST00000520240 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 TBC1D10C-209ENST00000542590 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 PCAT6-201ENST00000417262 748 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 SCARNA2-201ENST00000458748 420 ntBASIC27.16■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 TTLL12-204ENST00000494035 888 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 MTDHP3-201ENST00000594186 672 ntBASIC27.16■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 NCK1-207ENST00000481752 1971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 PRR5-201ENST00000006251 1767 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 ARRDC2-201ENST00000222250 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 HMGN1-204ENST00000380749 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 AMZ2-203ENST00000392720 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 POR-209ENST00000439269 1858 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 ASB6-202ENST00000277459 2180 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 MSLN-202ENST00000545450 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 MAN1B1-207ENST00000535144 2296 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.9 ms