Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Serf2-201ENSMUST00000099475 525 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Oas1b-203ENSMUST00000183291 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Usp4P35123 Cpsf6-207ENSMUST00000176686 2200 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Pth1r-204ENSMUST00000198865 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Six3os1-212ENSMUST00000177220 5601 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Palm3-201ENSMUST00000055077 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Fam84b-201ENSMUST00000100635 5565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Nagk-201ENSMUST00000037376 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Gpd1l-204ENSMUST00000146623 4391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Sapcd2-201ENSMUST00000028329 3121 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Dnm1l-203ENSMUST00000115749 4068 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Dnm1l-202ENSMUST00000096229 4056 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Ralgds-201ENSMUST00000028170 3590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Fbxl12-205ENSMUST00000140702 1555 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Hsd17b1-201ENSMUST00000019445 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Bhlhe41-201ENSMUST00000032386 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Dlg4-201ENSMUST00000018700 3204 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Sorbs3-204ENSMUST00000227929 2460 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Ubr2-202ENSMUST00000113337 7633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Edf1-201ENSMUST00000015236 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Mir8098-201ENSMUST00000184011 137 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Gm9857-201ENSMUST00000050914 393 ntAPPRIS P1 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Slc38a7-201ENSMUST00000040481 3333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Mpped1-201ENSMUST00000046168 3265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Ebf4-202ENSMUST00000110287 2580 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Tmem82-201ENSMUST00000053263 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Vldlr-208ENSMUST00000172302 3855 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Col2a1-201ENSMUST00000023123 5104 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Usp4P35123 9930021J03Rik-204ENSMUST00000177155 6632 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Ybx2-202ENSMUST00000108601 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Efcab14-202ENSMUST00000106522 2636 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Smoc2-201ENSMUST00000024660 2832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Zkscan4-202ENSMUST00000225845 1506 ntBASIC16■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Bcl2l14-206ENSMUST00000163589 2131 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Irs3-201ENSMUST00000057314 2337 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Fam109b-201ENSMUST00000050349 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Nat9-203ENSMUST00000103040 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Nat9-204ENSMUST00000103041 953 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Tsacc-202ENSMUST00000107556 584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Fbxw11-203ENSMUST00000109366 3821 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Lcn12-202ENSMUST00000114245 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Gm15510-201ENSMUST00000123644 1172 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Rpl19-ps10-201ENSMUST00000205555 330 ntBASIC16■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Gm35154-202ENSMUST00000217008 1093 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
Usp4P35123 AC124569.2-201ENSMUST00000225998 818 ntBASIC16■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Dnm1-217ENSMUST00000202578 2820 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Zfand3-201ENSMUST00000057897 2617 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Lman1-202ENSMUST00000120461 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Cyp2d10-201ENSMUST00000072776 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Usp4P35123 4933434E20Rik-209ENSMUST00000162114 1411 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Ppp2r5e-205ENSMUST00000220035 3135 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Prnp-201ENSMUST00000091288 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Lman2l-204ENSMUST00000125304 3378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Gm10605-202ENSMUST00000183019 3198 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Igfbp1-201ENSMUST00000020704 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Csgalnact2-201ENSMUST00000049344 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Ptpn6-202ENSMUST00000112484 2219 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Slc46a3-202ENSMUST00000118527 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Slc33a1-203ENSMUST00000161659 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Gm43697-201ENSMUST00000199637 2581 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Gatad2a-203ENSMUST00000177851 5007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Elavl3-201ENSMUST00000003501 5014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Asb2-201ENSMUST00000021617 2690 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Parp3-203ENSMUST00000123555 2495 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Hotairm1-202ENSMUST00000132559 713 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Gm43347-201ENSMUST00000200226 580 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Mrpl36-202ENSMUST00000221730 717 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Usp4P35123 AC114585.2-202ENSMUST00000228094 426 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Ss18-203ENSMUST00000092041 2997 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Card9-202ENSMUST00000100303 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Vps26a-202ENSMUST00000105447 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Gm13337-201ENSMUST00000119183 1594 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Gm26534-201ENSMUST00000181687 1724 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Pak1ip1-201ENSMUST00000046951 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Capn12-201ENSMUST00000066880 3040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Adamts17-202ENSMUST00000107478 6416 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Dmtn-201ENSMUST00000022694 5418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Sphk1-211ENSMUST00000141798 1532 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Nsun7-203ENSMUST00000201100 2775 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Btbd3-202ENSMUST00000091556 4657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Lurap1l-201ENSMUST00000055922 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Chd4-202ENSMUST00000112390 6537 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Cchcr1-201ENSMUST00000045956 2748 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Ccbe1-202ENSMUST00000130300 1631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Miga1-202ENSMUST00000073089 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Adal-203ENSMUST00000110662 1231 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Gm4353-201ENSMUST00000111755 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Bex1-203ENSMUST00000113120 718 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Gm12895-201ENSMUST00000122214 226 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Klf15-203ENSMUST00000203039 2482 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Nup35-201ENSMUST00000028382 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Idnk-201ENSMUST00000051490 764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Hist1h1a-201ENSMUST00000055770 741 ntAPPRIS P1 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Ankrd13b-202ENSMUST00000092892 3336 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Sgta-202ENSMUST00000218208 1964 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Chst3-203ENSMUST00000167915 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Layn-204ENSMUST00000217212 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Kcnk10-203ENSMUST00000221305 1357 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Mxra8-201ENSMUST00000030947 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Usp4P35123 Psmd5-201ENSMUST00000028225 4397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 46.1 ms