Protein–RNA interactions for Protein: O35988

Sdc4, Syndecan-4, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 198 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sdc4O35988 H2-T23-201ENSMUST00000102678 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Gtf2b-201ENSMUST00000029938 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Elf2-201ENSMUST00000062009 3353 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Spdya-201ENSMUST00000064420 1877 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Axin1-202ENSMUST00000118904 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Dbx1-201ENSMUST00000032717 2091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Col4a3bp-203ENSMUST00000179226 3040 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 1700029J07Rik-202ENSMUST00000098786 1340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Dnase1l2-201ENSMUST00000088506 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Terf1-201ENSMUST00000027057 1581 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Tfap2a-206ENSMUST00000224665 1958 ntAPPRIS ALT1 BASIC15.87■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Krt9-201ENSMUST00000059707 2580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 March8-201ENSMUST00000079012 4450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Gpr160-207ENSMUST00000166278 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Ptprn-201ENSMUST00000027404 3554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Aimp2-202ENSMUST00000100483 1073 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Prmt7-203ENSMUST00000109297 1094 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Siva1-202ENSMUST00000109755 333 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Dlk1-203ENSMUST00000109842 1129 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Gm36972-201ENSMUST00000194000 676 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 AC160980.1-201ENSMUST00000224136 970 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Aimp2-201ENSMUST00000031613 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Lce3b-201ENSMUST00000046234 562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 1500035N22Rik-201ENSMUST00000075081 865 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Ccdc50-203ENSMUST00000100026 7089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Pdlim1-201ENSMUST00000068439 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Nek2-201ENSMUST00000027931 3227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Map3k6-201ENSMUST00000030677 4334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Myc-202ENSMUST00000159327 2186 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Itga5-201ENSMUST00000023128 4382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Zfp384-207ENSMUST00000112427 3072 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Serf2-204ENSMUST00000139253 3056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Zscan29-203ENSMUST00000146243 2894 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Slc35a1-201ENSMUST00000029970 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Reep4-201ENSMUST00000047218 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Fam83g-202ENSMUST00000093019 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Fhdc1-205ENSMUST00000194027 1648 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Ubp1-206ENSMUST00000216558 1623 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Lrrc7-204ENSMUST00000199890 6326 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 AC153526.5-201ENSMUST00000218661 2147 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Irf3-202ENSMUST00000107834 1429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Tef-201ENSMUST00000023024 4079 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Fam103a1-201ENSMUST00000042166 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Adamts19-201ENSMUST00000052907 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Sptbn4-203ENSMUST00000108363 4724 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Sptbn4-204ENSMUST00000108364 4740 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Upf1-202ENSMUST00000215817 4518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Gm3739-201ENSMUST00000165744 2011 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 9530082P21Rik-202ENSMUST00000181291 1798 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Cnn2-202ENSMUST00000105374 926 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Rhox7b-201ENSMUST00000115156 1091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Gm8318-201ENSMUST00000182954 872 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
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Sdc4O35988 Tma7-203ENSMUST00000192801 386 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 1700030N18Rik-201ENSMUST00000202497 966 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Gm44945-201ENSMUST00000206764 1187 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Gnmt-201ENSMUST00000002846 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Rhox7a-201ENSMUST00000096454 983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 5730480H06Rik-205ENSMUST00000196950 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Ubr2-201ENSMUST00000113335 5691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Gm10516-201ENSMUST00000180598 2615 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Cux1-212ENSMUST00000176778 5520 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Mtg2-201ENSMUST00000087563 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Otp-201ENSMUST00000022195 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Sox1ot-201ENSMUST00000080795 5064 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
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Sdc4O35988 Lrrn2-201ENSMUST00000027706 3428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 AC157650.3-201ENSMUST00000225058 1476 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Hykk-201ENSMUST00000039742 5110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Agbl5-208ENSMUST00000201168 3199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
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Sdc4O35988 Gm14822-201ENSMUST00000122247 291 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 4930556N13Rik-201ENSMUST00000173677 1034 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Gm29456-201ENSMUST00000189894 768 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Sept8-202ENSMUST00000117061 4563 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Mef2b-203ENSMUST00000110143 1312 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Gm13294-201ENSMUST00000121757 1330 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Arfip1-203ENSMUST00000143514 1343 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 2210016F16Rik-201ENSMUST00000022032 3051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Ip6k2-206ENSMUST00000193560 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Mccc1-201ENSMUST00000029259 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Rnf145-201ENSMUST00000019333 3570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Irak1-201ENSMUST00000033769 2890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Arhgef10l-203ENSMUST00000097820 4382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Grid2-201ENSMUST00000095852 5860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Aldh1a3-203ENSMUST00000174209 1496 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Kit-204ENSMUST00000144270 5241 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Esr1-203ENSMUST00000105589 2612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Spg21-201ENSMUST00000034955 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Aurka-202ENSMUST00000109139 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Aurka-201ENSMUST00000028997 1905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Kcnh2-202ENSMUST00000115098 3193 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Bhlhb9-201ENSMUST00000068755 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Runx2-203ENSMUST00000113572 6463 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Ofd1-201ENSMUST00000049501 4453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Tnfaip2-202ENSMUST00000109792 3284 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Fads3-201ENSMUST00000115995 3269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Pcdha9-201ENSMUST00000115659 5341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Mrps2-201ENSMUST00000038600 2080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Sdc4O35988 Mael-202ENSMUST00000194057 1691 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 25 ms