Protein–RNA interactions for Protein: Q62158

Trim27, Zinc finger protein RFP, mousemouse

Predictions only

Length 513 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim27Q62158 Gm40983-202ENSMUST00000222598 1198 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
Trim27Q62158 Ccdc142-201ENSMUST00000101254 2317 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
Trim27Q62158 St6galnac6-203ENSMUST00000095044 2394 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Trim27Q62158 Olfm1-201ENSMUST00000028177 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Trim27Q62158 Mrps15-201ENSMUST00000030675 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Trim27Q62158 A930035D04Rik-201ENSMUST00000064013 543 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
Trim27Q62158 Asf1a-201ENSMUST00000020004 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Trim27Q62158 Porcn-201ENSMUST00000077595 1872 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Trim27Q62158 Porcn-204ENSMUST00000089403 1854 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Trim27Q62158 Gm20208-202ENSMUST00000219905 1528 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Trim27Q62158 Gm5784-202ENSMUST00000220896 2016 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Trim27Q62158 Gm45364-201ENSMUST00000210883 159 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
Trim27Q62158 Olfm2-203ENSMUST00000215999 1895 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.15■■■□□ 2.1
Trim27Q62158 Zcrb1-201ENSMUST00000076070 877 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Trim27Q62158 D130020L05Rik-201ENSMUST00000180800 2431 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
Trim27Q62158 Mir3960-201ENSMUST00000198213 73 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
Trim27Q62158 Ip6k1-208ENSMUST00000176854 2251 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
Trim27Q62158 Kcnk2-205ENSMUST00000192723 1642 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
Trim27Q62158 Kctd6-201ENSMUST00000022272 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
Trim27Q62158 Ddx43-201ENSMUST00000113367 2207 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
Trim27Q62158 Rp9-201ENSMUST00000034763 1134 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
Trim27Q62158 Nog-201ENSMUST00000061728 1695 ntAPPRIS P1 BASIC28.12■■■□□ 2.09
Trim27Q62158 Scrt2-201ENSMUST00000064061 3395 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
Trim27Q62158 Wnt2-201ENSMUST00000010941 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
Trim27Q62158 Eid1-201ENSMUST00000164756 1691 ntAPPRIS P1 BASIC28.11■■■□□ 2.09
Trim27Q62158 Srcap-210ENSMUST00000188124 2048 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Trim27Q62158 Hdac1-201ENSMUST00000102597 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Trim27Q62158 Mppe1-201ENSMUST00000073054 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Trim27Q62158 Gm2018-201ENSMUST00000140754 478 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
Trim27Q62158 AC154454.1-201ENSMUST00000225253 216 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
Trim27Q62158 Tmem260-210ENSMUST00000227440 2222 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
Trim27Q62158 Hmgn3-202ENSMUST00000162246 983 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Trim27Q62158 Nnat-208ENSMUST00000173595 927 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
Trim27Q62158 Krtap28-13-201ENSMUST00000188005 992 ntAPPRIS P1 BASIC28.09■■■□□ 2.09
Trim27Q62158 Gm9812-201ENSMUST00000061934 968 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
Trim27Q62158 Fance-203ENSMUST00000114803 1980 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Trim27Q62158 Aspscr1-203ENSMUST00000106158 1690 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
Trim27Q62158 Pcbd2-201ENSMUST00000021958 544 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
Trim27Q62158 AC167019.3-201ENSMUST00000228225 1266 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
Trim27Q62158 Il17rd-202ENSMUST00000223942 2186 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
Trim27Q62158 Srarp-201ENSMUST00000094544 905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Trim27Q62158 Azin2-203ENSMUST00000119354 1921 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Trim27Q62158 Cbln2-203ENSMUST00000122464 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Trim27Q62158 Gm12818-201ENSMUST00000117562 1349 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
Trim27Q62158 Cdr2-201ENSMUST00000033169 2525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Trim27Q62158 Hoxb3-202ENSMUST00000093944 3190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
Trim27Q62158 Mlycd-201ENSMUST00000098367 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Trim27Q62158 4930597O21Rik-201ENSMUST00000065878 984 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Trim27Q62158 Scn1b-201ENSMUST00000098548 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Trim27Q62158 Gng3-201ENSMUST00000096259 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Trim27Q62158 AC122317.2-201ENSMUST00000218708 1248 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
Trim27Q62158 Dbp-201ENSMUST00000080885 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Trim27Q62158 Ctage5-218ENSMUST00000177162 2728 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
Trim27Q62158 Vdac2-201ENSMUST00000022293 1954 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Trim27Q62158 Plvap-201ENSMUST00000048452 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
Trim27Q62158 Trappc6b-203ENSMUST00000217863 797 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
Trim27Q62158 Tbr1-202ENSMUST00000102737 1406 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
Trim27Q62158 Kctd5-201ENSMUST00000017090 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Trim27Q62158 Micu2-201ENSMUST00000022543 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
Trim27Q62158 Dusp5-201ENSMUST00000038287 2473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
Trim27Q62158 E130218I03Rik-204ENSMUST00000131447 888 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
Trim27Q62158 Gm9888-201ENSMUST00000150678 965 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
Trim27Q62158 Ankrd49-205ENSMUST00000216037 1037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
Trim27Q62158 Dnpep-201ENSMUST00000066668 2488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
Trim27Q62158 Nckap5los-201ENSMUST00000159738 1712 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
Trim27Q62158 Txnrd1-208ENSMUST00000219962 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Trim27Q62158 A830010M20Rik-207ENSMUST00000162298 1408 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
Trim27Q62158 Gm16764-201ENSMUST00000138891 541 ntTSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
Trim27Q62158 Irx1-201ENSMUST00000077337 2373 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
Trim27Q62158 Pdpk1-203ENSMUST00000115407 1730 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
Trim27Q62158 Slc30a3-201ENSMUST00000031037 2089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
Trim27Q62158 2410022M11Rik-201ENSMUST00000186474 1911 ntBASIC27.96■■■□□ 2.07
Trim27Q62158 Agap3-201ENSMUST00000024123 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
Trim27Q62158 Ccsap-202ENSMUST00000122421 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
Trim27Q62158 Tmem158-201ENSMUST00000068140 1712 ntAPPRIS P1 BASIC27.95■■■□□ 2.07
Trim27Q62158 Cnnm3-202ENSMUST00000097776 5292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
Trim27Q62158 Tmbim4-204ENSMUST00000134797 486 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
Trim27Q62158 Elf2-203ENSMUST00000108051 2514 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
Trim27Q62158 Tmpo-204ENSMUST00000099355 1953 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
Trim27Q62158 Fads2-201ENSMUST00000025567 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
Trim27Q62158 AC153911.1-201ENSMUST00000220378 758 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
Trim27Q62158 Kcnj6-201ENSMUST00000095873 1773 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
Trim27Q62158 Chtf8-205ENSMUST00000176515 694 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
Trim27Q62158 Adgrb1-202ENSMUST00000170845 2704 ntTSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
Trim27Q62158 Pkd1-207ENSMUST00000228550 1050 ntBASIC27.91■■■□□ 2.06
Trim27Q62158 Rfxap-201ENSMUST00000044373 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
Trim27Q62158 Igfbp3-201ENSMUST00000020702 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
Trim27Q62158 Abhd17c-201ENSMUST00000117085 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
Trim27Q62158 Kansl1l-202ENSMUST00000113987 2342 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
Trim27Q62158 Ube2h-201ENSMUST00000094543 975 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
Trim27Q62158 Evl-201ENSMUST00000021689 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
Trim27Q62158 Prr5-202ENSMUST00000171460 1719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
Trim27Q62158 Evl-202ENSMUST00000077735 2121 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
Trim27Q62158 Snx7-201ENSMUST00000029639 2021 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
Trim27Q62158 E330009J07Rik-201ENSMUST00000039008 1949 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
Trim27Q62158 Ube2k-203ENSMUST00000201266 1449 ntTSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
Trim27Q62158 Tada2b-202ENSMUST00000119916 1321 ntTSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.05
Trim27Q62158 Mthfd2l-201ENSMUST00000071652 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.05
Trim27Q62158 Lsr-201ENSMUST00000001279 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
Trim27Q62158 Efhd1os-201ENSMUST00000138844 332 ntTSL 3 BASIC27.88■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 11.2 ms