Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 C8orf46-215ENST00000522977 1347 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 CFAP100-203ENST00000505024 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 FUOM-202ENST00000368551 628 ntTSL 3 BASIC24.99■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 COA5-202ENST00000409997 557 ntTSL 4 BASIC24.99■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 AL589182.1-202ENST00000548416 533 ntTSL 4 BASIC24.99■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 LHX5-AS1-201ENST00000551357 522 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 COQ7-208ENST00000568985 714 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 P2RX2-206ENST00000389110 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 PF4-201ENST00000296029 604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 MOB1B-202ENST00000396051 1107 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 DNAJB3-202ENST00000449667 1266 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 AC002347.1-201ENST00000569543 541 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 FUT6-212ENST00000592563 1095 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 TVP23A-210ENST00000612195 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 ASAH1-255ENST00000637638 699 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 SMN2-216ENST00000638794 846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 HCK-206ENST00000518730 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 ZNF420-201ENST00000304239 1945 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 INIP-202ENST00000374236 874 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 CST3-201ENST00000376925 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 DMKN-206ENST00000418261 1257 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 AC012363.1-201ENST00000455707 575 ntTSL 4 BASIC24.97■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 UNC93B6-202ENST00000528242 690 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 RPS15-207ENST00000591032 550 ntTSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 DHRS7B-206ENST00000579303 1479 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 THAP3-203ENST00000377627 2053 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 AC125634.1-201ENST00000438758 1403 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 CORO6-212ENST00000584969 1416 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC24.97■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 AC126755.2-202ENST00000427999 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 FAM9A-202ENST00000543214 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 ENDOV-225ENST00000522751 1475 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 CAMTA1-IT1-201ENST00000427317 365 ntTSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 BPHL-208ENST00000434640 1186 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 NAA60-217ENST00000572942 1089 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 AL356481.3-201ENST00000630523 575 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 CRYL1-202ENST00000382812 1581 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 IRF7-207ENST00000525445 1588 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 FOXP3-206ENST00000557224 1371 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 IGLL1-202ENST00000330377 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 DNAH14-205ENST00000366850 1103 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 GSTO1-202ENST00000369713 972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 MIR149-201ENST00000384879 89 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 AGTRAP-205ENST00000400895 786 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 RPL8-207ENST00000528957 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 SDR39U1-202ENST00000538105 1041 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 ABO-202ENST00000538324 1147 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 AC105339.3-201ENST00000560043 636 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 STX10-204ENST00000587230 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 ZNF772-206ENST00000600175 737 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 AC132872.3-201ENST00000620937 629 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 AC107918.4-202ENST00000641623 219 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 GCOM1-201ENST00000380568 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 PDLIM7-202ENST00000355841 1689 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 MRPL10-203ENST00000414011 1622 ntTSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 TNFSF14-202ENST00000599359 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 TWIST2-202ENST00000612363 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 AC007952.1-201ENST00000399087 553 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 AC007952.2-202ENST00000399093 556 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 MIR503HG-203ENST00000441492 649 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 AP006288.1-201ENST00000446065 395 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 PAX9-204ENST00000554201 1289 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 SLC9A3R2-208ENST00000566198 1199 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.4 ms