Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 RPS19BP1-201ENST00000334678 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 BX842568.4-201ENST00000421222 227 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 AP005717.1-202ENST00000523563 419 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 LINC01635-202ENST00000635097 1023 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 FOXP3-201ENST00000376197 1326 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 AQP8-201ENST00000219660 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 STX11-201ENST00000367568 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 ALG9-214ENST00000614444 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 ESYT3-201ENST00000289135 1356 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 WDR45-206ENST00000376368 1381 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 GGT1-207ENST00000404532 853 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 ZNF655-218ENST00000454654 571 ntTSL 4 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 AL807752.7-201ENST00000471521 989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 AC021739.2-201ENST00000558375 964 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 SLC25A3P1-206ENST00000569142 925 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 DHRS7B-206ENST00000579303 1479 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 AC005632.4-201ENST00000613759 431 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 ANXA8-202ENST00000583448 1971 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 MAZ-212ENST00000568282 1593 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 EFEMP2-210ENST00000528176 1504 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 HPCA-201ENST00000373467 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 ENDOV-225ENST00000522751 1475 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 BOLA1-202ENST00000369152 859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 AFG3L1P-210ENST00000431757 569 ntTSL 4 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 PRKN-208ENST00000610470 531 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 PRKN-209ENST00000612485 225 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 LINC00937-205ENST00000538304 2157 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 DIO3OS-212ENST00000557661 1937 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 EMB-204ENST00000508934 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 CORO1A-216ENST00000570045 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 ST8SIA5-202ENST00000536490 1499 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 HIST2H3DP1-201ENST00000401004 416 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 DCTPP1-203ENST00000567983 801 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 PIN1-206ENST00000587625 878 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 NAPRT-203ENST00000435154 1877 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 GMPR-201ENST00000259727 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 ACD-215ENST00000620761 1483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 PAN3-AS1-201ENST00000563843 1351 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 HNRNPDL-210ENST00000630827 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 CLDN7-202ENST00000397317 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 LINC01956-202ENST00000584273 612 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 BORCS8-206ENST00000585679 801 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 TEAD4-201ENST00000358409 1637 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 IGF2-207ENST00000434045 1583 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 WDR18-204ENST00000587001 1465 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 PPA2-202ENST00000348706 1414 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 GPR75-201ENST00000394705 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 LGALS12-201ENST00000255684 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 IFIH1-202ENST00000421365 1617 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 INTS4P1-201ENST00000438455 1935 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 NANS-201ENST00000210444 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 UXT-201ENST00000333119 574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 S100A16-204ENST00000368706 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 C2orf49-202ENST00000410049 854 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 AC008610.1-201ENST00000504573 393 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 MIR5100-201ENST00000579544 119 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 TERC-201ENST00000602385 541 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 GPR31-201ENST00000366834 2059 ntAPPRIS P1 BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 ACVR1B-205ENST00000541224 1791 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 DHRS7-201ENST00000216500 2322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 TMEM25-225ENST00000533102 1410 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL5A3P25940 DMD-208ENST00000378680 1858 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.7 ms