Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 AC091153.3-201ENST00000497885 472 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 AC093752.1-201ENST00000511950 605 ntTSL 4 BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 MAPK8IP3-202ENST00000356010 4456 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 MYO9A-214ENST00000566885 5111 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 ABHD13-201ENST00000375898 5338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 CTNNBL1-201ENST00000361383 1925 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 AR-207ENST00000612010 3896 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 GBGT1-203ENST00000372040 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 BANP-223ENST00000538234 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 GPC2-201ENST00000292377 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 ENTPD6-209ENST00000433259 2654 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 PXK-206ENST00000463280 2825 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 SPOPL-201ENST00000280098 6025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 WWC3-201ENST00000380861 6647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 GATAD1-201ENST00000287957 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 ERICH1-201ENST00000262109 1813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC43-201ENST00000339777 2028 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC27-201ENST00000344079 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 AC142086.1-202ENST00000398669 1839 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 AL590648.2-201ENST00000427949 2225 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 MAP3K6-207ENST00000493901 4309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 SYT15-205ENST00000503753 1331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 OGFOD2-222ENST00000545317 1481 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 AC142381.4-202ENST00000563973 229 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 AC087500.1-202ENST00000571689 1715 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 GTF2IRD2-207ENST00000625377 1910 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 ACVR1C-201ENST00000243349 8994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 TDRKH-207ENST00000458431 2768 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 CDH23-212ENST00000616684 4814 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 TDP2-202ENST00000378198 2071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 AC093677.2-201ENST00000600169 1863 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 OSMR-202ENST00000502536 1740 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 NFKB2-201ENST00000189444 3011 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 C14orf180-201ENST00000331952 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 POLR2D-202ENST00000409698 806 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 GSEC-201ENST00000626810 2289 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 ACYP2-203ENST00000406041 1913 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 QKI-201ENST00000275262 6964 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 ZCCHC24-202ENST00000372336 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 NUDT17-201ENST00000334513 1473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 TCP11-228ENST00000611141 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 RXRB-202ENST00000374685 2846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 RAB4A-205ENST00000618010 2799 ntTSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 TMPRSS9-205ENST00000613480 2568 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 RPS2P55-201ENST00000397318 883 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 MFAP1P1-201ENST00000442257 1255 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 AC107956.1-201ENST00000494359 873 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 PKD2-201ENST00000237596 5056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 AKT1S1-207ENST00000391835 3075 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 ISY1-201ENST00000273541 1704 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 TRPV4-208ENST00000544971 2295 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 KANSL1-202ENST00000432791 5343 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHG5-207ENST00000400913 4698 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 EFEMP2-210ENST00000528176 1504 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 PLK3-201ENST00000372201 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 PMAIP1-202ENST00000316660 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 STX11-201ENST00000367568 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 ZNRF2-201ENST00000323037 3460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 MECP2-205ENST00000453960 1729 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.2 ms