Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 THAP3-203ENST00000377627 2053 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 EGFL7-204ENST00000406555 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 HBA2-201ENST00000251595 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 ASGR1-202ENST00000380920 944 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 RNF144A-AS1-205ENST00000439208 757 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 ZNHIT1-201ENST00000305105 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 IGF2-206ENST00000418738 934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 FOXP3-205ENST00000518685 1213 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 AL162171.1-201ENST00000556328 718 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 LINC01711-201ENST00000598340 967 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 AL161669.4-201ENST00000634353 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 ABBA01031661.1-201ENST00000634362 1253 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 ARFIP2-203ENST00000423813 1430 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 GABRG3-206ENST00000555083 1405 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 MCRIP2-201ENST00000307650 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 LAT-205ENST00000454369 1262 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 AC243965.1-201ENST00000557595 781 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 AC011530.1-201ENST00000593999 558 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 SYNDIG1L-201ENST00000331628 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 SLC2A14-214ENST00000542505 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 DUT-202ENST00000455976 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 MRPL43-203ENST00000318364 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 MRPL43-204ENST00000342071 894 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 FAM197Y8-203ENST00000450145 560 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 C1orf109-203ENST00000464085 919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 AC010226.1-202ENST00000508517 539 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 AC096582.2-201ENST00000510860 516 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 AP001453.1-201ENST00000534988 923 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 AC092725.1-201ENST00000565783 499 ntTSL 4 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 AC036176.1-201ENST00000589905 785 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 LDHAL6A-203ENST00000615355 1042 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 OCSTAMP-201ENST00000279028 2043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 PHYKPL-201ENST00000308158 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 ATXN7L2-202ENST00000369870 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 CDK2AP2-201ENST00000301488 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 LCAT-201ENST00000264005 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 ISCA2-201ENST00000298818 851 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 RNPS1-222ENST00000567147 830 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 FYTTD1-205ENST00000424384 1758 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 EGLN2-201ENST00000303961 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 HBZ-201ENST00000252951 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 CCDC74A-202ENST00000409856 1298 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 AL031284.1-201ENST00000419297 478 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 RAD52-211ENST00000536177 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 MIEN1-205ENST00000577810 806 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 AC139530.3-201ENST00000620344 690 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN9AQ15858 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 SUSD4-203ENST00000344029 1056 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 NCBP2-AS1-201ENST00000447775 562 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 LINC00882-201ENST00000473636 710 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 PDCD6-207ENST00000509581 1156 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 AMACR-208ENST00000512079 858 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 TM2D3-201ENST00000333202 1381 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 SLC23A3-201ENST00000295738 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 C16orf89-202ENST00000472572 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 PNOC-201ENST00000301908 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 AC136604.3-201ENST00000508188 429 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 NCAM1-AS1-202ENST00000533638 618 ntTSL 4 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 PAM16-208ENST00000573553 722 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 GCOM1-201ENST00000380568 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 AL445183.2-201ENST00000439621 1871 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
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