Protein–RNA interactions for Protein: Q9R1R2

Trim3, Tripartite motif-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim3Q9R1R2 Fam89b-202ENSMUST00000116558 1189 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Trim3Q9R1R2 Hmgn3-202ENSMUST00000162246 983 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Trim3Q9R1R2 Cadps-203ENSMUST00000112658 5458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Trim3Q9R1R2 Tada2b-202ENSMUST00000119916 1321 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
Trim3Q9R1R2 Cdr2-201ENSMUST00000033169 2525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Trim3Q9R1R2 Tead1-203ENSMUST00000084705 2543 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Trim3Q9R1R2 Ptpn18-206ENSMUST00000188972 414 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Trim3Q9R1R2 P3h4-201ENSMUST00000066489 2178 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Trim3Q9R1R2 H2afy-202ENSMUST00000045788 1933 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Trim3Q9R1R2 Fam149b-203ENSMUST00000090499 2370 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Trim3Q9R1R2 Foxd2-201ENSMUST00000068654 2592 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
Trim3Q9R1R2 Dnttip1-201ENSMUST00000017443 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Trim3Q9R1R2 Esyt2-201ENSMUST00000100986 5560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Trim3Q9R1R2 Cdkn2c-202ENSMUST00000097921 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Trim3Q9R1R2 Cadm1-209ENSMUST00000152459 1784 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Trim3Q9R1R2 Fam174a-201ENSMUST00000059975 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Trim3Q9R1R2 Fcho2-201ENSMUST00000040340 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Trim3Q9R1R2 Cys1-207ENSMUST00000186602 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Trim3Q9R1R2 Chpt1-204ENSMUST00000117579 1043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Trim3Q9R1R2 Cln6-201ENSMUST00000034776 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Trim3Q9R1R2 Osbpl10-207ENSMUST00000183104 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Trim3Q9R1R2 Ube2j2-205ENSMUST00000105583 1434 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Trim3Q9R1R2 Gm28513-201ENSMUST00000191474 613 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
Trim3Q9R1R2 Syndig1l-201ENSMUST00000095550 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Trim3Q9R1R2 Serpinb6a-206ENSMUST00000167163 1654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Trim3Q9R1R2 Hdac2-201ENSMUST00000019911 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Trim3Q9R1R2 Ihh-201ENSMUST00000164097 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Trim3Q9R1R2 Tmbim4-204ENSMUST00000134797 486 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Trim3Q9R1R2 Ccdc136-206ENSMUST00000145310 1703 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
Trim3Q9R1R2 Arhgap9-203ENSMUST00000219026 1946 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Trim3Q9R1R2 Gtpbp2-201ENSMUST00000024748 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Trim3Q9R1R2 Tceal3-201ENSMUST00000060904 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Trim3Q9R1R2 Ei24-201ENSMUST00000115086 2220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Trim3Q9R1R2 6330403L08Rik-202ENSMUST00000187923 5522 ntBASIC21.3■■□□□ 1
Trim3Q9R1R2 Slc1a5-201ENSMUST00000108496 2764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Trim3Q9R1R2 Rmnd5a-201ENSMUST00000002292 6165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Trim3Q9R1R2 Sdccag3-202ENSMUST00000077983 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Trim3Q9R1R2 Krtap28-13-201ENSMUST00000188005 992 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
Trim3Q9R1R2 Hibadh-201ENSMUST00000031788 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Trim3Q9R1R2 Hoxd9-201ENSMUST00000059272 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Trim3Q9R1R2 Dnpep-201ENSMUST00000066668 2488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Trim3Q9R1R2 Pard6a-201ENSMUST00000093195 1265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Trim3Q9R1R2 Wnt2-201ENSMUST00000010941 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Trim3Q9R1R2 Epop-201ENSMUST00000052281 2314 ntAPPRIS P1 BASIC21.28■■□□□ 1
Trim3Q9R1R2 2810002D19Rik-201ENSMUST00000152313 2040 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Trim3Q9R1R2 3110021N24Rik-201ENSMUST00000178992 1812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
Trim3Q9R1R2 Tceal3-202ENSMUST00000113100 1148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Trim3Q9R1R2 Pan3-209ENSMUST00000176600 5541 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
Trim3Q9R1R2 Trappc6b-203ENSMUST00000217863 797 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
Trim3Q9R1R2 Ccdc177-201ENSMUST00000073251 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Trim3Q9R1R2 Nek6-202ENSMUST00000112895 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Trim3Q9R1R2 Foxa2-202ENSMUST00000109964 2070 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Trim3Q9R1R2 Slc25a33-201ENSMUST00000105686 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Trim3Q9R1R2 B4galt2-201ENSMUST00000030266 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Trim3Q9R1R2 D030046N08Rik-201ENSMUST00000162318 1570 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Trim3Q9R1R2 Qk-202ENSMUST00000097414 4658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Trim3Q9R1R2 St7-205ENSMUST00000081635 2115 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Trim3Q9R1R2 Psip1-203ENSMUST00000107215 1898 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Trim3Q9R1R2 Hoxb3-202ENSMUST00000093944 3190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
Trim3Q9R1R2 Deaf1-201ENSMUST00000080553 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Trim3Q9R1R2 Gm37136-201ENSMUST00000194368 194 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
Trim3Q9R1R2 Foxn3-209ENSMUST00000177451 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Trim3Q9R1R2 Anxa5-201ENSMUST00000029266 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Trim3Q9R1R2 Ctdspl-201ENSMUST00000073109 4589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Trim3Q9R1R2 Slc16a11-201ENSMUST00000094055 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Trim3Q9R1R2 Ccsap-202ENSMUST00000122421 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Trim3Q9R1R2 Olfm1-201ENSMUST00000028177 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Trim3Q9R1R2 Cadm1-202ENSMUST00000085909 2126 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Trim3Q9R1R2 Rab43-202ENSMUST00000032135 1262 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Trim3Q9R1R2 Tmem55b-201ENSMUST00000049312 1594 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Trim3Q9R1R2 Ccsap-201ENSMUST00000034452 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Trim3Q9R1R2 Phf23-201ENSMUST00000018716 2006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Trim3Q9R1R2 Fam181b-201ENSMUST00000051179 2003 ntAPPRIS P1 BASIC21.21■□□□□ 0.99
Trim3Q9R1R2 Chtf8-205ENSMUST00000176515 694 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
Trim3Q9R1R2 Grin2d-201ENSMUST00000002848 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Trim3Q9R1R2 Tspan33-202ENSMUST00000115250 1977 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Trim3Q9R1R2 Mapkap1-202ENSMUST00000113124 1758 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.99
Trim3Q9R1R2 Tbc1d25-203ENSMUST00000143984 2184 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
Trim3Q9R1R2 Gmeb1-202ENSMUST00000105964 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Trim3Q9R1R2 Dbp-204ENSMUST00000211513 1156 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
Trim3Q9R1R2 Zcrb1-201ENSMUST00000076070 877 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Trim3Q9R1R2 Pou4f1-201ENSMUST00000053016 4445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Trim3Q9R1R2 Fam212b-202ENSMUST00000098273 1868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Trim3Q9R1R2 Tfeb-202ENSMUST00000086932 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Trim3Q9R1R2 Pan3-201ENSMUST00000031651 5048 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Trim3Q9R1R2 Gal3st1-202ENSMUST00000078757 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Trim3Q9R1R2 Fus-204ENSMUST00000121616 1102 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Trim3Q9R1R2 Gm26536-201ENSMUST00000181072 1196 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Trim3Q9R1R2 Homer3-201ENSMUST00000003669 2323 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Trim3Q9R1R2 Pdcd4-203ENSMUST00000165617 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Trim3Q9R1R2 Mapk1-201ENSMUST00000023462 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Trim3Q9R1R2 Tsen34-201ENSMUST00000038521 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Trim3Q9R1R2 Tmem98-201ENSMUST00000040865 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Trim3Q9R1R2 Tsen34-204ENSMUST00000108630 1779 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Trim3Q9R1R2 Csrp1-201ENSMUST00000027677 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Trim3Q9R1R2 Csrp1-202ENSMUST00000097561 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Trim3Q9R1R2 Rpl31-203ENSMUST00000179954 630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Trim3Q9R1R2 Smox-201ENSMUST00000028806 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Trim3Q9R1R2 Egr4-201ENSMUST00000095759 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Trim3Q9R1R2 AC167019.3-201ENSMUST00000228225 1266 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 67.4 ms