Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Ndufs3-201ENSMUST00000005647 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Ccdc3Q9D6Y1 Maz-204ENSMUST00000206254 2282 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Ccdc3Q9D6Y1 Grasp-201ENSMUST00000000543 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Ccdc3Q9D6Y1 Cited2-203ENSMUST00000219558 2411 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Ccdc3Q9D6Y1 Msto1-202ENSMUST00000126245 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Ccdc3Q9D6Y1 AC153366.1-201ENSMUST00000218132 1056 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Ccdc3Q9D6Y1 Tceal6-201ENSMUST00000033783 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Ccdc3Q9D6Y1 Klhl15-203ENSMUST00000113911 1227 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Ccdc3Q9D6Y1 Thra-202ENSMUST00000103139 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Ccdc3Q9D6Y1 Ints11-202ENSMUST00000120794 1884 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Ccdc3Q9D6Y1 Jmy-202ENSMUST00000220513 1843 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Ccdc3Q9D6Y1 4931440P22Rik-201ENSMUST00000099076 1786 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Ccdc3Q9D6Y1 Phox2a-201ENSMUST00000008090 1609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Ccdc3Q9D6Y1 Vegfa-211ENSMUST00000167860 975 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Ccdc3Q9D6Y1 Gm45580-201ENSMUST00000210430 889 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Ccdc3Q9D6Y1 Trappc6b-201ENSMUST00000021380 1255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Ccdc3Q9D6Y1 Vegfa-212ENSMUST00000214739 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Ccdc3Q9D6Y1 Vegfa-213ENSMUST00000217017 1179 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Ccdc3Q9D6Y1 Csnk1g2-201ENSMUST00000079773 2348 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Ccdc3Q9D6Y1 Gdf7-202ENSMUST00000220073 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Ccdc3Q9D6Y1 Pcsk1n-201ENSMUST00000041096 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Ccdc3Q9D6Y1 Tmpo-205ENSMUST00000105293 1842 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Ccdc3Q9D6Y1 Serpinb6a-206ENSMUST00000167163 1654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
Ccdc3Q9D6Y1 Jag2-201ENSMUST00000075827 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Ccdc3Q9D6Y1 Ppa2-203ENSMUST00000122334 1368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Ccdc3Q9D6Y1 Ryk-201ENSMUST00000035142 2852 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Ccdc3Q9D6Y1 Hibadh-201ENSMUST00000031788 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Ccdc3Q9D6Y1 Gm13889-201ENSMUST00000099689 1386 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
Ccdc3Q9D6Y1 Rnaset2a-201ENSMUST00000097420 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Ccdc3Q9D6Y1 Hmox2-202ENSMUST00000118885 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Ccdc3Q9D6Y1 Amigo1-201ENSMUST00000050909 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Ccdc3Q9D6Y1 Gm27502-201ENSMUST00000183495 199 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
Ccdc3Q9D6Y1 2510046G10Rik-202ENSMUST00000187458 1052 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
Ccdc3Q9D6Y1 Chrna5-204ENSMUST00000217408 2446 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Ccdc3Q9D6Y1 Srcap-211ENSMUST00000189136 1960 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Ccdc3Q9D6Y1 Cpe-201ENSMUST00000048967 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Ccdc3Q9D6Y1 Rnf115-201ENSMUST00000029740 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Ccdc3Q9D6Y1 Erf-202ENSMUST00000116343 690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Ccdc3Q9D6Y1 4933429H19Rik-202ENSMUST00000187361 995 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
Ccdc3Q9D6Y1 Fra10ac1-201ENSMUST00000067167 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Ccdc3Q9D6Y1 5031425E22Rik-201ENSMUST00000101522 2110 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
Ccdc3Q9D6Y1 Gm7332-201ENSMUST00000118351 454 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem240-202ENSMUST00000147721 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Ccdc3Q9D6Y1 E130218I03Rik-208ENSMUST00000144222 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Ccdc3Q9D6Y1 Gm45713-201ENSMUST00000209467 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Ccdc3Q9D6Y1 Vdac1-202ENSMUST00000102758 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp703-201ENSMUST00000127097 587 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Ccdc3Q9D6Y1 Siva1-201ENSMUST00000021728 924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Ccdc3Q9D6Y1 Gm40983-202ENSMUST00000222598 1198 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Ccdc3Q9D6Y1 Gm12818-201ENSMUST00000117562 1349 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
Ccdc3Q9D6Y1 E2f1-201ENSMUST00000000894 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
Ccdc3Q9D6Y1 Peg12-201ENSMUST00000094339 2640 ntAPPRIS P1 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Ccdc3Q9D6Y1 Maf-201ENSMUST00000069009 3223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Ccdc3Q9D6Y1 Gm27040-201ENSMUST00000181984 504 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Ccdc3Q9D6Y1 Psmg1-201ENSMUST00000023630 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Ccdc3Q9D6Y1 Ei24-202ENSMUST00000163192 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Ccdc3Q9D6Y1 Ccdc136-206ENSMUST00000145310 1703 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Ccdc3Q9D6Y1 Nsmce4a-202ENSMUST00000160289 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Ccdc3Q9D6Y1 Mpp6-209ENSMUST00000204545 2418 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Ccdc3Q9D6Y1 Emid1-201ENSMUST00000062821 1947 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Ccdc3Q9D6Y1 Nans-201ENSMUST00000030018 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Ccdc3Q9D6Y1 AC153890.1-201ENSMUST00000220021 2469 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
Ccdc3Q9D6Y1 Esrra-201ENSMUST00000025906 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem55b-201ENSMUST00000049312 1594 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Ccdc3Q9D6Y1 Pde6d-201ENSMUST00000027444 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Ccdc3Q9D6Y1 Rnf19b-201ENSMUST00000030584 2414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Ccdc3Q9D6Y1 4930426D05Rik-204ENSMUST00000144487 1393 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem260-208ENSMUST00000226400 2281 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.2■■□□□ 1.15
Ccdc3Q9D6Y1 Ebf4-203ENSMUST00000110288 2982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Ccdc3Q9D6Y1 Cutc-201ENSMUST00000026199 1298 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Ccdc3Q9D6Y1 Gpr25-201ENSMUST00000086395 1077 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Ccdc3Q9D6Y1 Ddrgk1-201ENSMUST00000089559 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Ccdc3Q9D6Y1 Otud5-205ENSMUST00000115668 2543 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Ccdc3Q9D6Y1 Hook1-202ENSMUST00000107083 1506 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Ccdc3Q9D6Y1 Map2k7-201ENSMUST00000003027 1626 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Ccdc3Q9D6Y1 Nt5c3-201ENSMUST00000031793 1676 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Ccdc3Q9D6Y1 Mbd3-203ENSMUST00000105348 1222 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Ccdc3Q9D6Y1 Hscb-201ENSMUST00000056937 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Ccdc3Q9D6Y1 Cpsf4-205ENSMUST00000160629 1713 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Ccdc3Q9D6Y1 Hoxb3os-202ENSMUST00000147410 1945 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Ccdc3Q9D6Y1 Clk2-202ENSMUST00000121212 2154 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Ccdc3Q9D6Y1 Tnfsfm13-203ENSMUST00000180587 2235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Ccdc3Q9D6Y1 Nhlrc1-201ENSMUST00000052747 2294 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Ccdc3Q9D6Y1 Hnrnpl-201ENSMUST00000038572 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Ccdc3Q9D6Y1 Sike1-202ENSMUST00000119450 774 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Ccdc3Q9D6Y1 Nnat-208ENSMUST00000173595 927 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Ccdc3Q9D6Y1 Azin2-202ENSMUST00000106068 2049 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Ccdc3Q9D6Y1 Ica1-201ENSMUST00000038403 2075 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Ccdc3Q9D6Y1 Cnep1r1-201ENSMUST00000095214 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Ccdc3Q9D6Y1 Adprhl2-201ENSMUST00000102617 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Ccdc3Q9D6Y1 Fzd9-201ENSMUST00000062572 2293 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Ccdc3Q9D6Y1 Slc50a1-201ENSMUST00000029565 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Ccdc3Q9D6Y1 Cited2-201ENSMUST00000038107 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Ccdc3Q9D6Y1 Six3-201ENSMUST00000162695 2838 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Ccdc3Q9D6Y1 Slc39a13-203ENSMUST00000111436 1291 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Ccdc3Q9D6Y1 Vamp4-206ENSMUST00000150040 901 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Ccdc3Q9D6Y1 Ppp2r3d-202ENSMUST00000180270 450 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Ccdc3Q9D6Y1 A530095I07Rik-201ENSMUST00000070942 847 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Ccdc3Q9D6Y1 Crls1-201ENSMUST00000028835 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Ccdc3Q9D6Y1 Arhgdia-201ENSMUST00000067936 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24.4 ms