Protein–RNA interactions for Protein: Q9D1C8

Vps28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, mousemouse

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Vps28Q9D1C8 Emid1-201ENSMUST00000062821 1947 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Vps28Q9D1C8 Csnk1g2-201ENSMUST00000079773 2348 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Vps28Q9D1C8 Azin2-202ENSMUST00000106068 2049 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
Vps28Q9D1C8 Tirap-205ENSMUST00000176685 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Vps28Q9D1C8 Paqr6-203ENSMUST00000147948 837 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
Vps28Q9D1C8 Gm40983-202ENSMUST00000222598 1198 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
Vps28Q9D1C8 Cpe-201ENSMUST00000048967 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Vps28Q9D1C8 Map2k7-201ENSMUST00000003027 1626 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Vps28Q9D1C8 Arl8a-201ENSMUST00000027684 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Vps28Q9D1C8 Frat2-201ENSMUST00000059231 2161 ntAPPRIS P1 BASIC23.5■■□□□ 1.35
Vps28Q9D1C8 Srcap-211ENSMUST00000189136 1960 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Vps28Q9D1C8 Nkx2-4-201ENSMUST00000067020 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Vps28Q9D1C8 Eya2-202ENSMUST00000088132 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Vps28Q9D1C8 Srarp-201ENSMUST00000094544 905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Vps28Q9D1C8 Prr3-201ENSMUST00000055454 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Vps28Q9D1C8 Cnep1r1-201ENSMUST00000095214 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Vps28Q9D1C8 Rnf115-201ENSMUST00000029740 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Vps28Q9D1C8 Gm45364-201ENSMUST00000210883 159 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
Vps28Q9D1C8 Pkd1-207ENSMUST00000228550 1050 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
Vps28Q9D1C8 Atp5j-201ENSMUST00000023608 809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Vps28Q9D1C8 Ltb4r1-201ENSMUST00000057569 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Vps28Q9D1C8 5031425E22Rik-201ENSMUST00000101522 2110 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
Vps28Q9D1C8 Pde8b-204ENSMUST00000159608 2370 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
Vps28Q9D1C8 Fzd9-201ENSMUST00000062572 2293 ntAPPRIS P1 BASIC23.46■■□□□ 1.35
Vps28Q9D1C8 Paqr3-202ENSMUST00000112968 1875 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
Vps28Q9D1C8 Dnajc19-202ENSMUST00000108195 659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Vps28Q9D1C8 Nnat-208ENSMUST00000173595 927 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
Vps28Q9D1C8 Gm11175-201ENSMUST00000116172 543 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
Vps28Q9D1C8 Fam92a-202ENSMUST00000108285 1639 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
Vps28Q9D1C8 A230005M16Rik-201ENSMUST00000137661 1605 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Vps28Q9D1C8 Psip1-203ENSMUST00000107215 1898 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Vps28Q9D1C8 Gm9888-201ENSMUST00000150678 965 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Vps28Q9D1C8 Fbl-201ENSMUST00000042405 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Vps28Q9D1C8 Plpp2-204ENSMUST00000166804 1566 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Vps28Q9D1C8 Bag2-201ENSMUST00000044691 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Vps28Q9D1C8 Gm12818-201ENSMUST00000117562 1349 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
Vps28Q9D1C8 Rpl38-203ENSMUST00000106599 457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Vps28Q9D1C8 Sh3rf1-201ENSMUST00000034060 5479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Vps28Q9D1C8 Tmem192-202ENSMUST00000079896 916 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Vps28Q9D1C8 Tnfsfm13-203ENSMUST00000180587 2235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
Vps28Q9D1C8 E130304I02Rik-202ENSMUST00000187873 696 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Vps28Q9D1C8 Cadm1-210ENSMUST00000214542 899 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Vps28Q9D1C8 Crct1-201ENSMUST00000029521 718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Vps28Q9D1C8 Etfa-201ENSMUST00000034866 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Vps28Q9D1C8 Thap8-202ENSMUST00000108187 1184 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Vps28Q9D1C8 Scarna2-201ENSMUST00000157560 414 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
Vps28Q9D1C8 Gm20512-201ENSMUST00000172483 618 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Vps28Q9D1C8 Dcun1d5-201ENSMUST00000034499 1122 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Vps28Q9D1C8 Gjd3-201ENSMUST00000062931 837 ntAPPRIS P1 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Vps28Q9D1C8 Gm26533-201ENSMUST00000180550 1790 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Vps28Q9D1C8 Arpc2-203ENSMUST00000113820 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Vps28Q9D1C8 Gas1-202ENSMUST00000223933 1155 ntAPPRIS P2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
Vps28Q9D1C8 Ppp4c-201ENSMUST00000032936 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Vps28Q9D1C8 A230020J21Rik-202ENSMUST00000192407 1649 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
Vps28Q9D1C8 Gm15688-201ENSMUST00000161394 2418 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Vps28Q9D1C8 Rarres1-201ENSMUST00000054825 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Vps28Q9D1C8 Fam220a-205ENSMUST00000169329 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Vps28Q9D1C8 Stbd1-202ENSMUST00000200941 523 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Vps28Q9D1C8 Card19-201ENSMUST00000048946 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Vps28Q9D1C8 Sh3gl3-201ENSMUST00000032874 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Vps28Q9D1C8 Pdcd4-203ENSMUST00000165617 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Vps28Q9D1C8 Mir6538-201ENSMUST00000183713 110 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
Vps28Q9D1C8 Suds3-201ENSMUST00000086471 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Vps28Q9D1C8 Hnrnpl-201ENSMUST00000038572 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Vps28Q9D1C8 Lor-201ENSMUST00000058150 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Vps28Q9D1C8 Gal3st1-202ENSMUST00000078757 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Vps28Q9D1C8 Gm15918-201ENSMUST00000137259 689 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
Vps28Q9D1C8 2510046G10Rik-202ENSMUST00000187458 1052 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
Vps28Q9D1C8 Trappc6b-201ENSMUST00000021380 1255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Vps28Q9D1C8 Hs3st6-201ENSMUST00000044922 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Vps28Q9D1C8 Gm9806-201ENSMUST00000051080 552 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
Vps28Q9D1C8 Arpc5l-202ENSMUST00000112862 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
Vps28Q9D1C8 Crlf2-201ENSMUST00000044579 1323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
Vps28Q9D1C8 AC158592.1-201ENSMUST00000215560 1113 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
Vps28Q9D1C8 Gm9812-201ENSMUST00000061934 968 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
Vps28Q9D1C8 Gipc1-201ENSMUST00000019577 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
Vps28Q9D1C8 Efcc1-202ENSMUST00000159570 2293 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
Vps28Q9D1C8 AC122428.3-201ENSMUST00000215551 2290 ntBASIC23.33■■□□□ 1.32
Vps28Q9D1C8 Mypop-201ENSMUST00000059331 2173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
Vps28Q9D1C8 Ndufs3-201ENSMUST00000005647 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Vps28Q9D1C8 Ube2h-201ENSMUST00000094543 975 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Vps28Q9D1C8 Ccna1-202ENSMUST00000197238 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
Vps28Q9D1C8 Cd320-201ENSMUST00000002379 2209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Vps28Q9D1C8 Gm11687-201ENSMUST00000118911 886 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
Vps28Q9D1C8 AC122317.2-201ENSMUST00000218708 1248 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
Vps28Q9D1C8 Gadd45a-201ENSMUST00000043098 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Vps28Q9D1C8 Aspscr1-203ENSMUST00000106158 1690 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
Vps28Q9D1C8 Azin2-203ENSMUST00000119354 1921 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Vps28Q9D1C8 Cadm1-209ENSMUST00000152459 1784 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Vps28Q9D1C8 St3gal2-202ENSMUST00000117534 2177 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Vps28Q9D1C8 Gm16437-201ENSMUST00000025669 507 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
Vps28Q9D1C8 Nog-201ENSMUST00000061728 1695 ntAPPRIS P1 BASIC23.29■■□□□ 1.32
Vps28Q9D1C8 Rundc3b-202ENSMUST00000115378 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
Vps28Q9D1C8 A030005K14Rik-201ENSMUST00000193762 1093 ntAPPRIS P1 BASIC23.28■■□□□ 1.32
Vps28Q9D1C8 Cited2-201ENSMUST00000038107 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Vps28Q9D1C8 Adra1d-201ENSMUST00000103184 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Vps28Q9D1C8 Slc22a17-201ENSMUST00000050772 2290 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Vps28Q9D1C8 Fam220a-204ENSMUST00000119488 2202 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Vps28Q9D1C8 Fam220a-209ENSMUST00000200267 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Vps28Q9D1C8 Fam149b-203ENSMUST00000090499 2370 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.9 ms