RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000538708.5

PTPRB-204, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type B, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRB, Length 5,839 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRB-204ENST00000538708 PSMD9O00233 223 aa9.28□□□□□ -0.92
PTPRB-204ENST00000538708 PIRO00625 290 aa9.28□□□□□ -0.92
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PTPRB-204ENST00000538708 SNX4O95219 450 aa9.28□□□□□ -0.92
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PTPRB-204ENST00000538708 RFX4Q33E94 735 aa9.27□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 ZNF648Q5T619 568 aaPredicted RBP9.27□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 LRRC70Q7Z2Q7 622 aa9.27□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 ENKURQ8TC29 256 aa9.27□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 SNX33Q8WV41 574 aa9.27□□□□□ -0.93
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