RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000486549.5

USP4-212, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, humanhuman

TSL 5

Gene USP4, Length 749 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4-212ENST00000486549 SNX20Q7Z614 316 aa14.56□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 CREG2Q8IUH2 290 aa14.56□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 KLHL7Q8IXQ5 586 aa14.56□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 NAGSQ8N159 534 aa14.56□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 RASGEF1AQ8N9B8 481 aa14.56□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 PPHLN1Q8NEY8 458 aaKnown RBP14.56□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 NAT14Q8WUY8 206 aa14.56□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 ULK4Q96C45 1275 aa14.56□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 CDKN2AIPNLQ96HQ2 116 aa14.56□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 RABGEF1Q9UJ41 708 aa14.56□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 RNF215Q9Y6U7 377 aa14.56□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 KMT2BQ9UMN6 2715 aaPredicted RBP14.56□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 TRBV21OR9-2A0A075B6F4 123 aaPredicted RBP14.55□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 MROH6A6NGR9 719 aa14.55□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 OR51F1A6NGY5 319 aa14.55□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 CASC3O15234 703 aaKnown RBP14.55□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 KRT37O76014 449 aa14.55□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 EML2O95834 649 aa14.55□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 ZNF7P17097 686 aaPredicted RBP14.55□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 ADRA1DP25100 572 aa14.55□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 PBLDP30039 288 aaPredicted RBP14.55□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 CASQ1P31415 396 aa14.55□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 CDKN1CP49918 316 aaPredicted RBP14.55□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 ARSDP51689 593 aa14.55□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 CTSCP53634 463 aa14.55□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 CRADDP78560 199 aa14.55□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 HLTFQ14527 1009 aaKnown RBP eCLIP14.55□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 KCNJ11Q14654 390 aa14.55□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 SKIDA1Q1XH10 827 aa14.55□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 ANKRD22Q5VYY1 191 aa14.55□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 TMEM220Q6QAJ8 160 aa14.55□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 ZNF547Q8IVP9 402 aa14.55□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 NXPE1Q8N323 547 aa14.55□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 ARL14Q8N4G2 192 aa14.55□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 Q8N9G6 341 aaPredicted RBP14.55□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 DCUN1D1Q96GG9 259 aa14.55□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 RANBP9Q96S59 729 aa14.55□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 LRIT1Q9P2V4 623 aa14.55□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 DKK4Q9UBT3 224 aa14.55□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 TBC1D29Q9UFV1 150 aa14.55□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 SLC23A2Q9UGH3 650 aa14.55□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 SLC2A6Q9UGQ3 507 aa14.55□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 CLCA2Q9UQC9 943 aa14.55□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 TCAF1Q9Y4C2 921 aa14.55□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 CCDC162PA2VCL2 907 aa14.54□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 SRRM3A6NNA2 597 aaPredicted RBP14.54□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 RHPN2P1A8MT19 583 aa14.54□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 H7C0S8 307 aa14.54□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 MT-CO3P00414 261 aa14.54□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 GLB1P16278 677 aa14.54□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 MGAT1P26572 445 aa14.54□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 PAFAH1B1P43034 410 aa14.54□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 LAMB3Q13751 1172 aa14.54□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 SEPT7Q16181 437 aaKnown RBP14.54□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 FNBP1LQ5T0N5 605 aa14.54□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 TSTD2Q5T7W7 516 aa14.54□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 SYT10Q6XYQ8 523 aa14.54□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 ZNF534Q76KX8 674 aa14.54□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 SERPINA9Q86WD7 417 aa14.54□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 PROSER1Q86XN7 944 aa14.54□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 CACTIN-AS1Q8N1I8 211 aa14.54□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 BEND7Q8N7W2 519 aaPredicted RBP14.54□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 OR6C4Q8NGE1 309 aa14.54□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 OR13J1Q8NGT2 312 aa14.54□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 SLC37A2Q8TED4 501 aa14.54□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 CPT1BQ92523 772 aa14.54□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 SGF29Q96ES7 293 aa14.54□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 CCDC97Q96F63 343 aaPredicted RBP14.54□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 ZNF778Q96MU6 729 aa14.54□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 COPS8Q99627 209 aa14.54□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 C19orf43Q9BQ61 176 aa14.54□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 TIMM29Q9BSF4 260 aa14.54□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 PRDM8Q9NQV8 689 aa14.54□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 SYBUQ9NX95 663 aa14.54□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 BFARQ9NZS9 450 aa14.54□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 FAM8A1Q9UBU6 413 aa14.54□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 NEU2Q9Y3R4 380 aa14.54□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 USP24Q9UPU5 2620 aa14.53□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 COL27A1Q8IZC6 1860 aaPredicted RBP14.53□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 PDZK1P1A8MUH7 402 aa14.53□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 CFAP99D6REC4 459 aa14.53□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 GOLGA8MH3BSY2 632 aa14.53□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 AP3B1O00203 1094 aa14.53□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 TMEM63AO94886 807 aa14.53□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 RPLP0P05388 317 aaKnown RBP14.53□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 RALBP11234 206 aa14.53□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 VCLP18206 1134 aa14.53□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 ACRV1P26436 265 aa14.53□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 ETF1P62495 437 aaKnown RBP14.53□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 CCL7P80098 99 aa14.53□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 SARNPP82979 210 aaKnown RBP14.53□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 CDK16Q00536 496 aa14.53□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 CACNG1Q06432 222 aa14.53□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 TARDBPQ13148 414 aaKnown RBP eCLIP14.53□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 GPR33Q49SQ1 333 aa14.53□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 PCID2Q5JVF3 399 aa14.53□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 LRRC8BQ6P9F7 803 aa14.53□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 NLRP9Q7RTR0 991 aa14.53□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 C11orf96Q7Z7L8 435 aa14.53□□□□□ -0.08
USP4-212ENST00000486549 HDAC10Q969S8 669 aa14.53□□□□□ -0.08
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 38.1 ms