RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000567271.1

NME3-210, Transcript of NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 3, human

TSL 2

Gene NME3, Length 752 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NME3-210	ENST00000567271	APBA3	O96018	575 aa		29.27	■■■□□ 2.28
NME3-210	ENST00000567271	SBF2	Q86WG5	1849 aa		29.27	■■■□□ 2.28
NME3-210	ENST00000567271	EN1	Q05925	392 aa	Predicted RBP	29.26	■■■□□ 2.27
NME3-210	ENST00000567271	BCL11B	Q9C0K0	894 aa	Predicted RBP	29.26	■■■□□ 2.27
NME3-210	ENST00000567271	PTF1A	Q7RTS3	328 aa		29.24	■■■□□ 2.27
NME3-210	ENST00000567271	SHANK3	Q9BYB0	1731 aa		29.23	■■■□□ 2.27
NME3-210	ENST00000567271	PPP2R1A	P30153	589 aa		29.22	■■■□□ 2.27
NME3-210	ENST00000567271	KCNQ2	O43526	872 aa		29.21	■■■□□ 2.27
NME3-210	ENST00000567271	DIAPH1	O60610	1272 aa	Known RBP	29.21	■■■□□ 2.27
NME3-210	ENST00000567271	ACSBG1	Q96GR2	724 aa		29.21	■■■□□ 2.27
NME3-210	ENST00000567271	CAMKK2	Q96RR4	588 aa		29.21	■■■□□ 2.27
NME3-210	ENST00000567271	BCLAF1	Q9NYF8	920 aa	Known RBP eCLIP	29.21	■■■□□ 2.27
NME3-210	ENST00000567271	PCDH11X	Q9BZA7	1347 aa		29.2	■■■□□ 2.27
NME3-210	ENST00000567271	PCDH11Y	Q9BZA8	1340 aa		29.2	■■■□□ 2.27
NME3-210	ENST00000567271	EZH2	Q15910	746 aa	Known RBP	29.19	■■■□□ 2.26
NME3-210	ENST00000567271	AEBP1	Q8IUX7	1158 aa		29.19	■■■□□ 2.26
NME3-210	ENST00000567271	SPG7	Q9UQ90	795 aa		29.19	■■■□□ 2.26
NME3-210	ENST00000567271	PARD3	Q8TEW0	1356 aa		29.18	■■■□□ 2.26
NME3-210	ENST00000567271	PLEKHG2	Q9H7P9	1386 aa		29.18	■■■□□ 2.26
NME3-210	ENST00000567271	CYP27B1	O15528	508 aa		29.18	■■■□□ 2.26
NME3-210	ENST00000567271	SULT6B1	Q6IMI4	303 aa		29.18	■■■□□ 2.26
NME3-210	ENST00000567271	COL3A1	P02461	1466 aa	Predicted RBP	29.17	■■■□□ 2.26
NME3-210	ENST00000567271	PKD1L3	Q7Z443	1732 aa		29.17	■■■□□ 2.26
NME3-210	ENST00000567271	KDR	P35968	1356 aa		29.16	■■■□□ 2.26
NME3-210	ENST00000567271	PLSCR1	O15162	318 aa		29.16	■■■□□ 2.26
NME3-210	ENST00000567271	NHS	Q6T4R5	1651 aa		29.15	■■■□□ 2.26
NME3-210	ENST00000567271	CFAP53	Q96M91	514 aa		29.14	■■■□□ 2.26
NME3-210	ENST00000567271	ZNF316	A6NFI3	1004 aa	Predicted RBP	29.13	■■■□□ 2.25
NME3-210	ENST00000567271	PRIM1	P49642	420 aa	Known RBP	29.11	■■■□□ 2.25
NME3-210	ENST00000567271	PLEKHO1	Q53GL0	409 aa	Predicted RBP	29.11	■■■□□ 2.25
NME3-210	ENST00000567271	KAT6B	Q8WYB5	2073 aa		29.11	■■■□□ 2.25
NME3-210	ENST00000567271	NKX1-1	Q15270	411 aa	Predicted RBP	29.1	■■■□□ 2.25
NME3-210	ENST00000567271	RALBP1	Q15311	655 aa		29.1	■■■□□ 2.25
NME3-210	ENST00000567271	AMOT	Q4VCS5	1084 aa		29.1	■■■□□ 2.25
NME3-210	ENST00000567271	HMOX1	P09601	288 aa		29.09	■■■□□ 2.25
NME3-210	ENST00000567271	PHKG2	P15735	406 aa		29.09	■■■□□ 2.25
NME3-210	ENST00000567271	IFNL2	Q8IZJ0	200 aa		29.09	■■■□□ 2.25
NME3-210	ENST00000567271	U2SURP	O15042	1029 aa	Known RBP	29.08	■■■□□ 2.25
NME3-210	ENST00000567271	SYTL4	Q96C24	671 aa	Predicted RBP	29.08	■■■□□ 2.25
NME3-210	ENST00000567271	DOT1L	Q8TEK3	1739 aa		29.07	■■■□□ 2.24
NME3-210	ENST00000567271	RGPD3	A6NKT7	1758 aa	Predicted RBP	29.06	■■■□□ 2.24
NME3-210	ENST00000567271	RGPD4	Q7Z3J3	1758 aa		29.06	■■■□□ 2.24
NME3-210	ENST00000567271	PROM2	Q8N271	834 aa		29.05	■■■□□ 2.24
NME3-210	ENST00000567271	BTAF1	O14981	1849 aa		29.05	■■■□□ 2.24
NME3-210	ENST00000567271	NUDC	Q9Y266	331 aa		29.04	■■■□□ 2.24
NME3-210	ENST00000567271	RREB1	Q92766	1687 aa		29.04	■■■□□ 2.24
NME3-210	ENST00000567271	ZNF530	Q6P9A1	599 aa	Predicted RBP	29.03	■■■□□ 2.24
NME3-210	ENST00000567271	TXNRD1	Q16881	649 aa		29.01	■■■□□ 2.23
NME3-210	ENST00000567271	HSP90AB1	P08238	724 aa	Known RBP	28.99	■■■□□ 2.23
NME3-210	ENST00000567271	NUP188	Q5SRE5	1749 aa		28.99	■■■□□ 2.23
NME3-210	ENST00000567271	TOGARAM1	Q9Y4F4	1720 aa		28.99	■■■□□ 2.23
NME3-210	ENST00000567271	MPRIP	Q6WCQ1	1025 aa		28.98	■■■□□ 2.23
NME3-210	ENST00000567271	C1orf141	Q5JVX7	400 aa		28.97	■■■□□ 2.23
NME3-210	ENST00000567271	DCAF5	Q96JK2	942 aa		28.97	■■■□□ 2.23
NME3-210	ENST00000567271	MYBBP1A	Q9BQG0	1328 aa	Known RBP	28.96	■■■□□ 2.23
NME3-210	ENST00000567271	U2AF1L5	P0DN76	240 aa	Predicted RBP	28.96	■■■□□ 2.23
NME3-210	ENST00000567271	U2AF1	Q01081	240 aa	Known RBP eCLIP	28.96	■■■□□ 2.23
NME3-210	ENST00000567271	NBPF14	Q5TI25	921 aa		28.96	■■■□□ 2.23
NME3-210	ENST00000567271	MTHFSD	Q2M296	383 aa	Known RBP	28.95	■■■□□ 2.22
NME3-210	ENST00000567271	PIGB	Q92521	554 aa		28.95	■■■□□ 2.22
NME3-210	ENST00000567271	PRKRIP1	Q9H875	184 aa	Predicted RBP	28.95	■■■□□ 2.22
NME3-210	ENST00000567271	RSPH6A	Q9H0K4	717 aa		28.94	■■■□□ 2.22
NME3-210	ENST00000567271	ITGB4	P16144	1822 aa		28.94	■■■□□ 2.22
NME3-210	ENST00000567271	AKAP4	Q5JQC9	854 aa		28.93	■■■□□ 2.22
NME3-210	ENST00000567271	PSD	A5PKW4	1024 aa	Predicted RBP	28.92	■■■□□ 2.22
NME3-210	ENST00000567271	ERVV-2	B6SEH9	535 aa		28.92	■■■□□ 2.22
NME3-210	ENST00000567271	FCHSD2	O94868	740 aa		28.92	■■■□□ 2.22
NME3-210	ENST00000567271	R3HDM1	Q15032	1099 aa	Known RBP	28.92	■■■□□ 2.22
NME3-210	ENST00000567271	TMOD3	Q9NYL9	352 aa		28.92	■■■□□ 2.22
NME3-210	ENST00000567271	KDM6A	O15550	1401 aa	Predicted RBP	28.92	■■■□□ 2.22
NME3-210	ENST00000567271	PRKAR2B	P31323	418 aa		28.91	■■■□□ 2.22
NME3-210	ENST00000567271	SLC27A3	Q5K4L6	730 aa		28.91	■■■□□ 2.22
NME3-210	ENST00000567271	LRRC4B	Q9NT99	713 aa		28.9	■■■□□ 2.22
NME3-210	ENST00000567271	PHACTR3	Q96KR7	559 aa		28.88	■■■□□ 2.21
NME3-210	ENST00000567271	ANO8	Q9HCE9	1232 aa	Predicted RBP	28.88	■■■□□ 2.21
NME3-210	ENST00000567271	GAS2L2	Q8NHY3	880 aa		28.87	■■■□□ 2.21
NME3-210	ENST00000567271	SMARCC1	Q92922	1105 aa	Predicted RBP	28.87	■■■□□ 2.21
NME3-210	ENST00000567271	LY75	O60449	1722 aa		28.86	■■■□□ 2.21
NME3-210	ENST00000567271	PALLD	Q8WX93	1383 aa		28.86	■■■□□ 2.21
NME3-210	ENST00000567271	CABP4	P57796	275 aa		28.85	■■■□□ 2.21
NME3-210	ENST00000567271	KCNQ4	P56696	695 aa		28.84	■■■□□ 2.21
NME3-210	ENST00000567271	LGR6	Q9HBX8	967 aa		28.84	■■■□□ 2.21
NME3-210	ENST00000567271	CCNL1	Q9UK58	526 aa	Predicted RBP	28.84	■■■□□ 2.21
NME3-210	ENST00000567271	ASAP1	Q9ULH1	1129 aa		28.84	■■■□□ 2.21
NME3-210	ENST00000567271	STK32B	Q9NY57	414 aa		28.83	■■■□□ 2.21
NME3-210	ENST00000567271	RNMT	O43148	476 aa	Known RBP	28.82	■■■□□ 2.2
NME3-210	ENST00000567271	SLC15A2	Q16348	729 aa		28.82	■■■□□ 2.2
NME3-210	ENST00000567271	NFATC2IP	Q8NCF5	419 aa		28.82	■■■□□ 2.2
NME3-210	ENST00000567271	ATG3	Q9NT62	314 aa		28.82	■■■□□ 2.2
NME3-210	ENST00000567271	PAPPA	Q13219	1627 aa		28.81	■■■□□ 2.2
NME3-210	ENST00000567271	SCN11A	Q9UI33	1791 aa		28.8	■■■□□ 2.2
NME3-210	ENST00000567271	MAP3K5	Q99683	1374 aa		28.8	■■■□□ 2.2
NME3-210	ENST00000567271	GNAT3	A8MTJ3	354 aa		28.8	■■■□□ 2.2
NME3-210	ENST00000567271	SLC52A2	Q9HAB3	445 aa		28.79	■■■□□ 2.2
NME3-210	ENST00000567271	AKT1S1	Q96B36	256 aa		28.78	■■■□□ 2.2
NME3-210	ENST00000567271	PLEKHF1	Q96S99	279 aa		28.78	■■■□□ 2.2
NME3-210	ENST00000567271	ADAMTS7	Q9UKP4	1686 aa		28.77	■■■□□ 2.2
NME3-210	ENST00000567271	LOC102724428	A0A0B4J2F2	783 aa		28.76	■■■□□ 2.19
NME3-210	ENST00000567271	SIK1	P57059	783 aa		28.76	■■■□□ 2.19
NME3-210	ENST00000567271	ZNF827	Q17R98	1081 aa		28.76	■■■□□ 2.19

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