RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000557657.5

TMEM260-216, Transcript of transmembrane protein 260, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene TMEM260, Length 2,572 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TMEM260-216ENST00000557657 RTN4Q9NQC3 1192 aaKnown RBP26.53■■□□□ 1.84
TMEM260-216ENST00000557657 MEIS3Q99687 375 aa26.53■■□□□ 1.84
TMEM260-216ENST00000557657 NALCNQ8IZF0 1738 aa26.53■■□□□ 1.84
TMEM260-216ENST00000557657 F6X3S4 739 aa26.53■■□□□ 1.84
TMEM260-216ENST00000557657 OTUD7AQ8TE49 926 aaPredicted RBP26.53■■□□□ 1.84
TMEM260-216ENST00000557657 TBC1D9Q6ZT07 1266 aa26.52■■□□□ 1.84
TMEM260-216ENST00000557657 MSH6P52701 1360 aa26.52■■□□□ 1.84
TMEM260-216ENST00000557657 CEP170BQ9Y4F5 1589 aaPredicted RBP26.52■■□□□ 1.84
TMEM260-216ENST00000557657 DIP2AQ14689 1571 aa26.52■■□□□ 1.84
TMEM260-216ENST00000557657 INTS3Q68E01 1043 aaKnown RBP26.52■■□□□ 1.84
TMEM260-216ENST00000557657 CHMP4BQ9H444 224 aaKnown RBP26.52■■□□□ 1.84
TMEM260-216ENST00000557657 TSPYL4Q9UJ04 414 aa26.52■■□□□ 1.84
TMEM260-216ENST00000557657 RGPD1P0DJD0 1748 aa26.51■■□□□ 1.83
TMEM260-216ENST00000557657 NECTIN2Q92692 538 aa26.51■■□□□ 1.83
TMEM260-216ENST00000557657 THEMISQ8N1K5 641 aaPredicted RBP26.51■■□□□ 1.83
TMEM260-216ENST00000557657 ARHGAP23Q9P227 1491 aa26.5■■□□□ 1.83
TMEM260-216ENST00000557657 TTC21AQ8NDW8 1320 aa26.5■■□□□ 1.83
TMEM260-216ENST00000557657 GSPT1P15170 499 aaKnown RBP26.5■■□□□ 1.83
TMEM260-216ENST00000557657 FLT4P35916 1363 aa26.5■■□□□ 1.83
TMEM260-216ENST00000557657 SMARCA5O60264 1052 aaPredicted RBP26.5■■□□□ 1.83
TMEM260-216ENST00000557657 SLC4A10Q6U841 1118 aa26.49■■□□□ 1.83
TMEM260-216ENST00000557657 RTF1Q92541 710 aaKnown RBP26.49■■□□□ 1.83
TMEM260-216ENST00000557657 SLIT1O75093 1534 aa26.49■■□□□ 1.83
TMEM260-216ENST00000557657 SBNO1A3KN83 1393 aa26.49■■□□□ 1.83
TMEM260-216ENST00000557657 C14orf37Q86TY3 774 aa26.49■■□□□ 1.83
TMEM260-216ENST00000557657 RBM42Q9BTD8 480 aaKnown RBP26.48■■□□□ 1.83
TMEM260-216ENST00000557657 ARHGEF10O15013 1369 aa26.47■■□□□ 1.83
TMEM260-216ENST00000557657 PLEKHM2Q8IWE5 1019 aa26.47■■□□□ 1.83
TMEM260-216ENST00000557657 USHBP1Q8N6Y0 703 aa26.47■■□□□ 1.83
TMEM260-216ENST00000557657 DCTPP1Q9H773 170 aa26.47■■□□□ 1.83
TMEM260-216ENST00000557657 ATP10DQ9P241 1426 aa26.47■■□□□ 1.83
TMEM260-216ENST00000557657 PLEKHG5O94827 1062 aa26.47■■□□□ 1.83
TMEM260-216ENST00000557657 RBM25P49756 843 aaKnown RBP26.47■■□□□ 1.83
TMEM260-216ENST00000557657 CEP85Q6P2H3 762 aa26.47■■□□□ 1.83
TMEM260-216ENST00000557657 KIF2CQ99661 725 aa26.47■■□□□ 1.83
TMEM260-216ENST00000557657 CD2BP2O95400 341 aaKnown RBP26.46■■□□□ 1.83
TMEM260-216ENST00000557657 KIAA0232Q92628 1395 aa26.46■■□□□ 1.83
TMEM260-216ENST00000557657 PIK3C2AO00443 1686 aa26.45■■□□□ 1.82
TMEM260-216ENST00000557657 IGSF1Q8N6C5 1336 aa26.45■■□□□ 1.82
TMEM260-216ENST00000557657 HSCBQ8IWL3 235 aa26.45■■□□□ 1.82
TMEM260-216ENST00000557657 ABTB2Q8N961 1025 aa26.45■■□□□ 1.82
TMEM260-216ENST00000557657 ANKRD44Q8N8A2 993 aa26.44■■□□□ 1.82
TMEM260-216ENST00000557657 RTL1A6NKG5 1358 aa26.43■■□□□ 1.82
TMEM260-216ENST00000557657 HOXC9P31274 260 aa26.43■■□□□ 1.82
TMEM260-216ENST00000557657 FOXD4L1Q9NU39 408 aa26.43■■□□□ 1.82
TMEM260-216ENST00000557657 KDRP35968 1356 aa26.42■■□□□ 1.82
TMEM260-216ENST00000557657 FMN2Q9NZ56 1722 aa26.41■■□□□ 1.82
TMEM260-216ENST00000557657 FER1L4A9Z1Z3 1794 aa26.41■■□□□ 1.82
TMEM260-216ENST00000557657 ZBTB7CA1YPR0 619 aa26.39■■□□□ 1.82
TMEM260-216ENST00000557657 TRHP20396 242 aaPredicted RBP26.39■■□□□ 1.82
TMEM260-216ENST00000557657 ARXQ96QS3 562 aa26.39■■□□□ 1.82
TMEM260-216ENST00000557657 PTPRCP08575 1304 aa26.39■■□□□ 1.82
TMEM260-216ENST00000557657 KIF24Q5T7B8 1368 aa26.38■■□□□ 1.81
TMEM260-216ENST00000557657 IL17REQ8NFR9 667 aa26.38■■□□□ 1.81
TMEM260-216ENST00000557657 GAS2L2Q8NHY3 880 aa26.37■■□□□ 1.81
TMEM260-216ENST00000557657 CHMP5Q9NZZ3 219 aa26.37■■□□□ 1.81
TMEM260-216ENST00000557657 CDC45O75419 566 aa26.36■■□□□ 1.81
TMEM260-216ENST00000557657 HAP1P54257 671 aaPredicted RBP26.36■■□□□ 1.81
TMEM260-216ENST00000557657 TTC22Q5TAA0 569 aa26.36■■□□□ 1.81
TMEM260-216ENST00000557657 GZF1Q9H116 711 aaPredicted RBP26.36■■□□□ 1.81
TMEM260-216ENST00000557657 RPAP2Q8IXW5 612 aaPredicted RBP26.36■■□□□ 1.81
TMEM260-216ENST00000557657 MCM4P33991 863 aa26.35■■□□□ 1.81
TMEM260-216ENST00000557657 GNAT3A8MTJ3 354 aa26.34■■□□□ 1.81
TMEM260-216ENST00000557657 XRN1Q8IZH2 1706 aaKnown RBP26.34■■□□□ 1.81
TMEM260-216ENST00000557657 TSHZ3Q63HK5 1081 aa26.33■■□□□ 1.81
TMEM260-216ENST00000557657 HSP90AB1P08238 724 aaKnown RBP26.33■■□□□ 1.81
TMEM260-216ENST00000557657 FKBP5Q13451 457 aaPredicted RBP26.32■■□□□ 1.8
TMEM260-216ENST00000557657 SDSP20132 328 aa26.31■■□□□ 1.8
TMEM260-216ENST00000557657 SNX21Q969T3 373 aa26.31■■□□□ 1.8
TMEM260-216ENST00000557657 EXOC6BQ9Y2D4 811 aa26.31■■□□□ 1.8
TMEM260-216ENST00000557657 SETD1BQ9UPS6 1966 aaKnown RBP26.31■■□□□ 1.8
TMEM260-216ENST00000557657 NWD1Q149M9 1564 aa26.3■■□□□ 1.8
TMEM260-216ENST00000557657 FLIIQ13045 1269 aa26.3■■□□□ 1.8
TMEM260-216ENST00000557657 PHF8Q9UPP1 1060 aa26.3■■□□□ 1.8
TMEM260-216ENST00000557657 XPCQ01831 940 aaPredicted RBP26.3■■□□□ 1.8
TMEM260-216ENST00000557657 STK31Q9BXU1 1019 aa26.3■■□□□ 1.8
TMEM260-216ENST00000557657 MARF1Q9Y4F3 1742 aaKnown RBP26.3■■□□□ 1.8
TMEM260-216ENST00000557657 DDIT3P35638 169 aa26.29■■□□□ 1.8
TMEM260-216ENST00000557657 NCOA3Q9Y6Q9 1424 aa26.28■■□□□ 1.8
TMEM260-216ENST00000557657 ANKARQ7Z5J8 1434 aa26.27■■□□□ 1.8
TMEM260-216ENST00000557657 ESCO1Q5FWF5 840 aa26.26■■□□□ 1.79
TMEM260-216ENST00000557657 NBPF6Q5VWK0 638 aa26.26■■□□□ 1.79
TMEM260-216ENST00000557657 NBPF4Q96M43 638 aa26.26■■□□□ 1.79
TMEM260-216ENST00000557657 PNMA6EA0A0J9YXQ4 647 aa26.26■■□□□ 1.79
TMEM260-216ENST00000557657 CCT4P50991 539 aaKnown RBP26.26■■□□□ 1.79
TMEM260-216ENST00000557657 MAP3K5Q99683 1374 aa26.25■■□□□ 1.79
TMEM260-216ENST00000557657 LRRC59Q96AG4 307 aaKnown RBP26.25■■□□□ 1.79
TMEM260-216ENST00000557657 PHAXQ9H814 394 aaKnown RBP26.25■■□□□ 1.79
TMEM260-216ENST00000557657 LGR6Q9HBX8 967 aa26.25■■□□□ 1.79
TMEM260-216ENST00000557657 HSP90AA1P07900 732 aaKnown RBP26.24■■□□□ 1.79
TMEM260-216ENST00000557657 CCDC30Q5VVM6 783 aa26.24■■□□□ 1.79
TMEM260-216ENST00000557657 TNPO1Q92973 898 aaKnown RBP26.24■■□□□ 1.79
TMEM260-216ENST00000557657 TAF7Q15545 349 aaPredicted RBP26.23■■□□□ 1.79
TMEM260-216ENST00000557657 GNAI2P04899 355 aa26.23■■□□□ 1.79
TMEM260-216ENST00000557657 K7ELQ4 463 aaPredicted RBP26.22■■□□□ 1.79
TMEM260-216ENST00000557657 USP26Q9BXU7 913 aa26.22■■□□□ 1.79
TMEM260-216ENST00000557657 KCNQ3O43525 872 aa26.22■■□□□ 1.79
TMEM260-216ENST00000557657 EIF2S2P20042 333 aaKnown RBP26.22■■□□□ 1.79
TMEM260-216ENST00000557657 TRAK2O60296 914 aa26.21■■□□□ 1.79
TMEM260-216ENST00000557657 PSME1Q06323 249 aa26.21■■□□□ 1.79
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 9.2 ms