RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000550996.1

CS-222, Transcript of citrate synthase, human

TSL 2

Gene CS, Length 718 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CS-222	ENST00000550996	ZCRB1	Q8TBF4	217 aa	Known RBP	28.6	■■■□□ 2.17
CS-222	ENST00000550996	PLSCR1	O15162	318 aa		28.59	■■■□□ 2.17
CS-222	ENST00000550996	SHANK3	Q9BYB0	1731 aa		28.59	■■■□□ 2.17
CS-222	ENST00000550996	EIF4A2	Q14240	407 aa	Known RBP	28.58	■■■□□ 2.17
CS-222	ENST00000550996	EYA1	Q99502	592 aa		28.58	■■■□□ 2.17
CS-222	ENST00000550996	NHS	Q6T4R5	1651 aa		28.58	■■■□□ 2.16
CS-222	ENST00000550996	RAPGEF4	Q8WZA2	1011 aa		28.57	■■■□□ 2.16
CS-222	ENST00000550996	NUP188	Q5SRE5	1749 aa		28.57	■■■□□ 2.16
CS-222	ENST00000550996	R3HDM1	Q15032	1099 aa	Known RBP	28.56	■■■□□ 2.16
CS-222	ENST00000550996	PROM2	Q8N271	834 aa		28.56	■■■□□ 2.16
CS-222	ENST00000550996	TAT	P17735	454 aa	Predicted RBP	28.54	■■■□□ 2.16
CS-222	ENST00000550996	RGPD3	A6NKT7	1758 aa	Predicted RBP	28.54	■■■□□ 2.16
CS-222	ENST00000550996	RGPD4	Q7Z3J3	1758 aa		28.54	■■■□□ 2.16
CS-222	ENST00000550996	CC2D1B	Q5T0F9	858 aa	Known RBP	28.5	■■■□□ 2.15
CS-222	ENST00000550996	ANO8	Q9HCE9	1232 aa	Predicted RBP	28.49	■■■□□ 2.15
CS-222	ENST00000550996	CYP27B1	O15528	508 aa		28.48	■■■□□ 2.15
CS-222	ENST00000550996	TXNRD1	Q16881	649 aa		28.48	■■■□□ 2.15
CS-222	ENST00000550996	IGSF1	Q8N6C5	1336 aa		28.47	■■■□□ 2.15
CS-222	ENST00000550996	PRIM1	P49642	420 aa	Known RBP	28.47	■■■□□ 2.15
CS-222	ENST00000550996	PCDH11X	Q9BZA7	1347 aa		28.46	■■■□□ 2.15
CS-222	ENST00000550996	PCDH11Y	Q9BZA8	1340 aa		28.46	■■■□□ 2.15
CS-222	ENST00000550996	BTAF1	O14981	1849 aa		28.46	■■■□□ 2.15
CS-222	ENST00000550996	NPC1L1	Q9UHC9	1359 aa		28.46	■■■□□ 2.15
CS-222	ENST00000550996	PKD1L3	Q7Z443	1732 aa		28.44	■■■□□ 2.14
CS-222	ENST00000550996	DOT1L	Q8TEK3	1739 aa		28.44	■■■□□ 2.14
CS-222	ENST00000550996	NBPF14	Q5TI25	921 aa		28.43	■■■□□ 2.14
CS-222	ENST00000550996	SYTL4	Q96C24	671 aa	Predicted RBP	28.42	■■■□□ 2.14
CS-222	ENST00000550996	KAT6B	Q8WYB5	2073 aa		28.41	■■■□□ 2.14
CS-222	ENST00000550996	IL13	P35225	146 aa		28.41	■■■□□ 2.14
CS-222	ENST00000550996	MTHFS	P49914	203 aa		28.41	■■■□□ 2.14
CS-222	ENST00000550996	CNGB1	Q14028	1251 aa	Predicted RBP	28.41	■■■□□ 2.14
CS-222	ENST00000550996	AEBP1	Q8IUX7	1158 aa		28.4	■■■□□ 2.14
CS-222	ENST00000550996	BCLAF1	Q9NYF8	920 aa	Known RBP eCLIP	28.39	■■■□□ 2.14	3e-6	■□□□□ 8.1
CS-222	ENST00000550996	LRRC4B	Q9NT99	713 aa		28.38	■■■□□ 2.13
CS-222	ENST00000550996	SPG7	Q9UQ90	795 aa		28.38	■■■□□ 2.13
CS-222	ENST00000550996	NKX1-1	Q15270	411 aa	Predicted RBP	28.36	■■■□□ 2.13
CS-222	ENST00000550996	LRP5	O75197	1615 aa		28.36	■■■□□ 2.13
CS-222	ENST00000550996	TOGARAM1	Q9Y4F4	1720 aa		28.35	■■■□□ 2.13
CS-222	ENST00000550996	PAPPA	Q13219	1627 aa		28.34	■■■□□ 2.13
CS-222	ENST00000550996	PLEKHG2	Q9H7P9	1386 aa		28.34	■■■□□ 2.13
CS-222	ENST00000550996	PHKG2	P15735	406 aa		28.33	■■■□□ 2.13
CS-222	ENST00000550996	PDGFD	Q9GZP0	370 aa	Predicted RBP	28.33	■■■□□ 2.13
CS-222	ENST00000550996	KDR	P35968	1356 aa		28.33	■■■□□ 2.13
CS-222	ENST00000550996	KCNQ4	P56696	695 aa		28.32	■■■□□ 2.12
CS-222	ENST00000550996	SULT6B1	Q6IMI4	303 aa		28.32	■■■□□ 2.12
CS-222	ENST00000550996	COL3A1	P02461	1466 aa	Predicted RBP	28.31	■■■□□ 2.12
CS-222	ENST00000550996	SLC15A2	Q16348	729 aa		28.3	■■■□□ 2.12
CS-222	ENST00000550996	ZNF827	Q17R98	1081 aa		28.29	■■■□□ 2.12
CS-222	ENST00000550996	MPRIP	Q6WCQ1	1025 aa		28.29	■■■□□ 2.12
CS-222	ENST00000550996	IFNL2	Q8IZJ0	200 aa		28.29	■■■□□ 2.12
CS-222	ENST00000550996	STK32B	Q9NY57	414 aa		28.29	■■■□□ 2.12
CS-222	ENST00000550996	SLC27A3	Q5K4L6	730 aa		28.28	■■■□□ 2.12
CS-222	ENST00000550996	PIGB	Q92521	554 aa		28.26	■■■□□ 2.11
CS-222	ENST00000550996	CASZ1	Q86V15	1759 aa		28.26	■■■□□ 2.11
CS-222	ENST00000550996	DIAPH1	O60610	1272 aa	Known RBP	28.25	■■■□□ 2.11
CS-222	ENST00000550996	PLEKHO1	Q53GL0	409 aa	Predicted RBP	28.25	■■■□□ 2.11
CS-222	ENST00000550996	LY75	O60449	1722 aa		28.25	■■■□□ 2.11
CS-222	ENST00000550996	ZNF530	Q6P9A1	599 aa	Predicted RBP	28.24	■■■□□ 2.11
CS-222	ENST00000550996	AKT1S1	Q96B36	256 aa		28.24	■■■□□ 2.11
CS-222	ENST00000550996	HMOX1	P09601	288 aa		28.23	■■■□□ 2.11
CS-222	ENST00000550996	PALLD	Q8WX93	1383 aa		28.23	■■■□□ 2.11
CS-222	ENST00000550996	ITGB4	P16144	1822 aa		28.22	■■■□□ 2.11
CS-222	ENST00000550996	KDM6A	O15550	1401 aa	Predicted RBP	28.22	■■■□□ 2.11
CS-222	ENST00000550996	AMOT	Q4VCS5	1084 aa		28.22	■■■□□ 2.11
CS-222	ENST00000550996	CCNL1	Q9UK58	526 aa	Predicted RBP	28.22	■■■□□ 2.11
CS-222	ENST00000550996	PPP2R1A	P30153	589 aa		28.2	■■■□□ 2.1
CS-222	ENST00000550996	TMOD3	Q9NYL9	352 aa		28.19	■■■□□ 2.1
CS-222	ENST00000550996	ZBTB7A	O95365	584 aa		28.18	■■■□□ 2.1
CS-222	ENST00000550996	DCAF5	Q96JK2	942 aa		28.17	■■■□□ 2.1
CS-222	ENST00000550996	SPON1	Q9HCB6	807 aa		28.17	■■■□□ 2.1
CS-222	ENST00000550996	ASAP1	Q9ULH1	1129 aa		28.16	■■■□□ 2.1
CS-222	ENST00000550996	SMARCC1	Q92922	1105 aa	Predicted RBP	28.15	■■■□□ 2.1
CS-222	ENST00000550996	ERVV-2	B6SEH9	535 aa		28.14	■■■□□ 2.1
CS-222	ENST00000550996	HSP90AB1	P08238	724 aa	Known RBP	28.14	■■■□□ 2.1
CS-222	ENST00000550996	U2SURP	O15042	1029 aa	Known RBP	28.13	■■■□□ 2.09
CS-222	ENST00000550996	C1orf141	Q5JVX7	400 aa		28.13	■■■□□ 2.09
CS-222	ENST00000550996	ATG3	Q9NT62	314 aa		28.13	■■■□□ 2.09
CS-222	ENST00000550996	PNPLA7	Q6ZV29	1317 aa		28.13	■■■□□ 2.09
CS-222	ENST00000550996	PTGER2	P43116	358 aa		28.11	■■■□□ 2.09
CS-222	ENST00000550996	ATF5	Q9Y2D1	282 aa	Predicted RBP	28.11	■■■□□ 2.09
CS-222	ENST00000550996	MTHFSD	Q2M296	383 aa	Known RBP	28.1	■■■□□ 2.09
CS-222	ENST00000550996	TFCP2L1	Q9NZI6	479 aa		28.1	■■■□□ 2.09
CS-222	ENST00000550996	TUBGCP6	Q96RT7	1819 aa		28.09	■■■□□ 2.09
CS-222	ENST00000550996	LOC102724428	A0A0B4J2F2	783 aa		28.09	■■■□□ 2.09
CS-222	ENST00000550996	SIK1	P57059	783 aa		28.09	■■■□□ 2.09
CS-222	ENST00000550996	C5	P01031	1676 aa		28.08	■■■□□ 2.09
CS-222	ENST00000550996	DDX10	Q13206	875 aa	Known RBP	28.08	■■■□□ 2.09
CS-222	ENST00000550996	AKAP4	Q5JQC9	854 aa		28.08	■■■□□ 2.09
CS-222	ENST00000550996	CFAP53	Q96M91	514 aa		28.08	■■■□□ 2.09
CS-222	ENST00000550996	MTFR1L	Q9H019	292 aa		28.08	■■■□□ 2.09
CS-222	ENST00000550996	CABP4	P57796	275 aa		28.07	■■■□□ 2.08
CS-222	ENST00000550996	SGIP1	Q9BQI5	828 aa		28.07	■■■□□ 2.08
CS-222	ENST00000550996	ITPK1	Q13572	414 aa		28.06	■■■□□ 2.08
CS-222	ENST00000550996	AMIGO3	Q86WK7	504 aa		28.06	■■■□□ 2.08
CS-222	ENST00000550996	SLC4A9	Q96Q91	983 aa		28.06	■■■□□ 2.08
CS-222	ENST00000550996	LGR6	Q9HBX8	967 aa		28.06	■■■□□ 2.08
CS-222	ENST00000550996	QSER1	Q2KHR3	1735 aa		28.06	■■■□□ 2.08
CS-222	ENST00000550996	LINC00116	Q8NCU8	138 aa		28.05	■■■□□ 2.08
CS-222	ENST00000550996	NFATC2IP	Q8NCF5	419 aa		28.04	■■■□□ 2.08
CS-222	ENST00000550996	RSPH6A	Q9H0K4	717 aa		28.04	■■■□□ 2.08

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