RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000550358.5

PTPRB-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type B, humanhuman

TSL 2 BASIC

Gene PTPRB, Length 6,583 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRB-208ENST00000550358 RAPGEF3O95398 923 aa10.08□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 TAF7Q15545 349 aaPredicted RBP10.08□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 STRN4Q9NRL3 753 aa10.08□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 NBPF8Q3BBV2 869 aa10.08□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 HOMER1Q86YM7 354 aa10.08□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 KIF1BPQ96EK5 621 aa10.08□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 PHF8Q9UPP1 1060 aa10.08□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 TRIM21P19474 475 aaKnown RBP10.08□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 CFAP45Q9UL16 551 aa10.08□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 SLFN5Q08AF3 891 aa10.07□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 FOXD4L5Q5VV16 416 aaPredicted RBP10.07□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 CHD1LQ86WJ1 897 aa10.07□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 FOXD4L4Q8WXT5 416 aaPredicted RBP10.07□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 TMOD3Q9NYL9 352 aa10.07□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 TMPOP42166 694 aaKnown RBP10.07□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 TNNT3P45378 269 aaPredicted RBP10.07□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 IKQ13123 557 aaPredicted RBP10.07□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 NUTM2GQ5VZR2 741 aa10.07□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 SDF4Q9BRK5 362 aa10.07□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 PHF23Q9BUL5 403 aaPredicted RBP10.07□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 TSPY26PQ9H489 355 aa10.07□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 OFD1O75665 1012 aa10.07□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 DESP17661 470 aa10.07□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 MAP7D2Q96T17 732 aa10.07□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 STK38Q15208 465 aa10.07□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 EHMT1Q9H9B1 1298 aa10.07□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 GPATCH8Q9UKJ3 1502 aaKnown RBP10.07□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 KIAA0556O60303 1618 aa10.07□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 A2MP01023 1474 aa10.07□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 CFAP74Q9C0B2 1584 aa10.07□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa10.06□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 ZNHIT6Q9NWK9 470 aaKnown RBP10.06□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 SYCP1Q15431 976 aa10.06□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 MNS1Q8NEH6 495 aa10.06□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 BMP2KQ9NSY1 1161 aaPredicted RBP10.06□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 UHRF1BP1LA0JNW5 1464 aa10.06□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 CCDC196A0A1B0GTZ2 297 aa10.06□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 GLRX3O76003 335 aaKnown RBP10.06□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 CFAP43Q8NDM7 1665 aa10.06□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 WDHD1O75717 1129 aaPredicted RBP10.06□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 IMMTQ16891 758 aaKnown RBP10.06□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 CCDC178Q5BJE1 867 aa10.06□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 PYM1Q9BRP8 204 aaKnown RBP10.06□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 IFIT1P09914 478 aaKnown RBP10.05□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 SMC2O95347 1197 aa10.05□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 CADPS2Q86UW7 1296 aa10.05□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 K7ELQ4 463 aaPredicted RBP10.05□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 KRT85P78386 507 aa10.05□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 DCTN1Q14203 1278 aa10.05□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 CAVIN4Q5BKX8 364 aa10.05□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 ARHGEF12Q9NZN5 1544 aa10.05□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 TNIP1Q15025 636 aa10.05□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 TTF1Q15361 905 aaPredicted RBP10.05□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 RNF41Q9H4P4 317 aaPredicted RBP10.04□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 ZFYVE9O95405 1425 aa10.04□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 CCDC192P0DO97 292 aa10.04□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 BLOC1S2Q6QNY1 142 aa10.04□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 SH2B1Q9NRF2 756 aaPredicted RBP10.04□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 ERLIN2O94905 339 aa10.04□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 KRT18P05783 430 aaKnown RBP10.04□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 TRAF1Q13077 416 aa10.04□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 IQCEQ6IPM2 695 aa10.04□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 UBAC1Q9BSL1 405 aa10.04□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 U3KPZ7 1027 aaPredicted RBP10.04□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 NEK4P51957 841 aa10.04□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 NOS1P29475 1434 aa10.04□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 SMTNL1A8MU46 457 aa10.04□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 FMNL2Q96PY5 1086 aa10.04□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 TRPM2O94759 1503 aa10.04□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 MSH6P52701 1360 aa10.04□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 AACSQ86V21 672 aa10.04□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 FYB1O15117 783 aa10.03□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 SLC5A1P13866 664 aa10.03□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 HMGN5P82970 282 aaKnown RBP10.03□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 RTN4Q9NQC3 1192 aaKnown RBP10.03□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 ZPR1O75312 459 aa10.03□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 HSP90B2PQ58FF3 399 aa10.03□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 CNKSR2Q8WXI2 1034 aa10.03□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 PDRG1Q9NUG6 133 aa10.03□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 ASXL2Q76L83 1435 aa10.03□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 PIK3R4Q99570 1358 aa10.03□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 KIF20AO95235 890 aa10.02□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 HSP90AA2PQ14568 343 aaPredicted RBP10.02□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 ANKRD18AQ8IVF6 992 aa10.02□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 DBF4Q9UBU7 674 aaPredicted RBP10.02□□□□□ -0.8
PTPRB-208ENST00000550358 SRGAP3O43295 1099 aa10.02□□□□□ -0.81
PTPRB-208ENST00000550358 NOM1Q5C9Z4 860 aaKnown RBP10.02□□□□□ -0.81
PTPRB-208ENST00000550358 CCAR2Q8N163 923 aaKnown RBP10.02□□□□□ -0.81
PTPRB-208ENST00000550358 ARHGAP45Q92619 1136 aa10.02□□□□□ -0.81
PTPRB-208ENST00000550358 AMOTL2Q9Y2J4 779 aa10.02□□□□□ -0.81
PTPRB-208ENST00000550358 SPTY2D1Q68D10 685 aaPredicted RBP10.02□□□□□ -0.81
PTPRB-208ENST00000550358 UHRF1BP1Q6BDS2 1440 aa10.02□□□□□ -0.81
PTPRB-208ENST00000550358 LDHCP07864 332 aa10.02□□□□□ -0.81
PTPRB-208ENST00000550358 NAP1L1P55209 391 aaKnown RBP10.02□□□□□ -0.81
PTPRB-208ENST00000550358 DDX54Q8TDD1 881 aaKnown RBP10.02□□□□□ -0.81
PTPRB-208ENST00000550358 ASXL1Q8IXJ9 1541 aa10.01□□□□□ -0.81
PTPRB-208ENST00000550358 DUSP27Q5VZP5 1158 aa10.01□□□□□ -0.81
PTPRB-208ENST00000550358 IFNL2Q8IZJ0 200 aa10.01□□□□□ -0.81
PTPRB-208ENST00000550358 NASPP49321 788 aaPredicted RBP10.01□□□□□ -0.81
PTPRB-208ENST00000550358 TDO2P48775 406 aa10.01□□□□□ -0.81
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 12.4 ms