RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000508465.5

NUP54-206, Transcript of nucleoporin 54, human

TSL 3

Gene NUP54, Length 744 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NUP54-206	ENST00000508465	TNFAIP3	P21580	790 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	MMP8	P22894	467 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	CCR1	P32246	355 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	CDH5	P33151	784 aa	Predicted RBP	4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	RFC1	P35251	1148 aa	Predicted RBP	4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	ID4	P47928	161 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	CXCR3	P49682	368 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	STK19	P49842	368 aa	Predicted RBP	4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	SULT1E1	P49888	294 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	CLRN1	P58418	232 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	IRX4	P78413	519 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	ECT2L	Q008S8	904 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	PTP4A2	Q12974	167 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	ELF2	Q15723	593 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	MEA1	Q16626	185 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	CDO1	Q16878	200 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	SLC25A52	Q3SY17	297 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	CCDC14	Q49A88	953 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	FILIP1L	Q4L180	1135 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	ALF	Q53S48	1182 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	PITRM1	Q5JRX3	1037 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	RNF219	Q5W0B1	726 aa	Predicted RBP	4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	SERPINA13P	Q6UXR4	307 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	LPCAT2	Q7L5N7	544 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	SLC26A9	Q7LBE3	791 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	TRMT11	Q7Z4G4	463 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	TFAP2D	Q7Z6R9	452 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	KIAA0907	Q7Z7F0	614 aa	Predicted RBP	4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	RASSF3	Q86WH2	238 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	FAM131B	Q86XD5	332 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	MFN1	Q8IWA4	741 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	CCAR2	Q8N163	923 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	ZNF397	Q8NF99	534 aa	Predicted RBP	4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	OR56A1	Q8NGH5	318 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	OR52K2	Q8NGK3	314 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	JOSD2	Q8TAC2	188 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	GANC	Q8TET4	914 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	UCMA	Q8WVF2	138 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	RXFP2	Q8WXD0	754 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	TTC17	Q96AE7	1141 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	SIPA1	Q96FS4	1042 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	ZC3H10	Q96K80	434 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	MRGPRX1	Q96LB2	322 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	RPRD1A	Q96P16	312 aa	Predicted RBP	4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	GABRG3	Q99928	467 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	BPIFA3	Q9BQP9	254 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	C11orf70	Q9BRQ4	267 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	ORAI3	Q9BRQ5	295 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	FEM1A	Q9BSK4	669 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	TRIM62	Q9BVG3	475 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	PRSS16	Q9NQE7	514 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	TMEM74B	Q9NUR3	256 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	ASNSD1	Q9NWL6	643 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	MPP6	Q9NZW5	540 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	ADAM22	Q9P0K1	906 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	IFNK	Q9P0W0	207 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	PRSS50	Q9UI38	385 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	ERVW-1	Q9UQF0	538 aa		4.64	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	FANCM	Q8IYD8	2048 aa		4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	OTOGL	Q3ZCN5	2332 aa		4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	ZNF559-ZNF177	A0A0A6YYI6	481 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	IGHV1OR15-9	A0A0B4J2B8	117 aa		4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	PRSS38	A1L453	326 aa		4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	C2CD4B	A6NLJ0	364 aa		4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	LRRC53	A6NM62	1247 aa		4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	FAM72C	H0Y354	149 aa		4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	GOLGA6L19	H0YKK7	550 aa		4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465		K7ERQ8	282 aa		4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	PJA2	O43164	708 aa		4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	SNAP91	O60641	907 aa		4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	NDUFS2	O75306	463 aa		4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	ENDOD1	O94919	500 aa		4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	EPN2	O95208	641 aa		4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	LUC7L3	O95232	432 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	MT-CO1	P00395	513 aa		4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	F9	P00740	461 aa		4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	FTL	P02792	175 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	S100B	P04271	92 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	ATP5B	P06576	529 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	PLEK	P08567	350 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	DLD	P09622	509 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	ZNF806	P0C7X5	589 aa		4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	KRT3	P12035	628 aa		4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	UNG	P13051	313 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	FER	P16591	822 aa		4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	RRM1	P23921	792 aa		4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	NSF	P46459	744 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	TPMT	P51580	245 aa		4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	COPA	P53621	1224 aa		4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	UBASH3A	P57075	661 aa		4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	RPS14	P62263	151 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	RPL7A	P62424	266 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	SCAP	Q12770	1279 aa		4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	ZNF177	Q13360	481 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	CDH18	Q13634	790 aa		4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	ENPP2	Q13822	863 aa		4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	BYSL	Q13895	437 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	STARD3	Q14849	445 aa		4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	ASIC2	Q16515	512 aa		4.63	□□□□□ -1.67
NUP54-206	ENST00000508465	POM121L1P	Q3SYA9	428 aa		4.63	□□□□□ -1.67

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 33.3 ms