RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000557005.1

SYNE2-223, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 2, human

TSL 2

Gene SYNE2, Length 5,804 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE2-223	ENST00000557005	TAF1	P21675	1872 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	PNMA8C	A0A1B0GUJ8	204 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005		A0A1W2PPW3	197 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	MGAT4D	A6NG13	374 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	FBP2	O00757	339 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	RASAL1	O95294	804 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ARSA	P15289	507 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	SLC10A2	Q12908	348 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	STARD3	Q14849	445 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	USP43	Q70EL4	1123 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	RRM2B	Q7LG56	351 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ADCK2	Q7Z695	626 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ANKRD13A	Q8IZ07	590 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CACTIN-AS1	Q8N1I8	211 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	METTL25	Q8N6Q8	603 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	DDX51	Q8N8A6	666 aa	Known RBP eCLIP	4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	OR10Q1	Q8NGQ4	319 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	SPPL2B	Q8TCT7	592 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ITCH	Q96J02	903 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	HERC2P3	Q9BVR0	1158 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	MIR1-1HG	Q9H1L0	117 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	SERHL2	Q9H4I8	314 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	PRDM16	Q9HAZ2	1276 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	SPON1	Q9HCB6	807 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	SERHL	Q9NQF3	203 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	AKAP8L	Q9ULX6	646 aa	Known RBP eCLIP	4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	BTBD3	Q9Y2F9	522 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	VWA7	Q9Y334	891 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	COQ4	Q9Y3A0	265 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CLDN25	C9JDP6	229 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005		E9PAM4	449 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005		F8W810	466 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005		H3BN98	237 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005		K7EPI3	171 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	GPR25	O00155	361 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CXCR6	O00574	342 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	PPEF2	O14830	753 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	DLX3	O60479	287 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	B4GALT4	O60513	344 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	RAMP2	O60895	175 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	RXRB	P28702	533 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	HPCAL1	P37235	193 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	IL2	P60568	153 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	UFM1	P61960	85 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	PPIL2	Q13356	520 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	SNAPC2	Q13487	334 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	GTF2H2	Q13888	395 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	NCF4	Q15080	339 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	INO80D	Q53TQ3	878 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	IQSEC1	Q6DN90	963 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	OVOS1	Q6IE37	1185 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	GTF2H2C	Q6P1K8	395 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	PIWIL4	Q7Z3Z4	852 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	DSG4	Q86SJ6	1040 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	UNC93A	Q86WB7	457 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	KBTBD8	Q8NFY9	601 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	OR2T12	Q8NG77	320 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	OR10A6	Q8NH74	314 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	WDR36	Q8NI36	951 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CNIH3	Q8TBE1	160 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	SUN5	Q8TC36	379 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	LRRC58	Q96CX6	371 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	FEM1C	Q96JP0	617 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ADGRE3	Q9BY15	652 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	EHD1	Q9H4M9	534 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	SAMHD1	Q9Y3Z3	626 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005		A8MT66	165 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	NOTO	A8MTQ0	251 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	EFCAB9	A8MZ26	197 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	DPYSL4	O14531	572 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	FPGT	O14772	594 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	FAM189A1	O60320	539 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ALDOA	P04075	364 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ENO2	P09104	434 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ZNF182	P17025	639 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	FEN1	P39748	380 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	POLD2	P49005	469 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ALDH9A1	P49189	494 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ZNF132	P52740	706 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CASP9	P55211	416 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	MAPKAPK3	Q16644	382 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	FAM187B	Q17R55	369 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ELMSAN1	Q6PJG2	1045 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	TXNDC11	Q6PKC3	985 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	PTCHD4	Q6ZW05	846 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ERMP1	Q7Z2K6	904 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	SNX29P2	Q8IUI4	249 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	SIAH1	Q8IUQ4	282 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	EPHX4	Q8IUS5	362 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	BBS7	Q8IWZ6	715 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	SVOPL	Q8N434	492 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	OR52J3	Q8NH60	311 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	NODAL	Q96S42	347 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CYP2S1	Q96SQ9	504 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	NIFK	Q9BYG3	293 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	RNF38	Q9H0F5	515 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	GLOD4	Q9HC38	313 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ABCB9	Q9NP78	766 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	TRPV5	Q9NQA5	729 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ABCC13	Q9NSE7	274 aa		4.96	□□□□□ -1.62

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