RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000513284.5

RNF4-218, Transcript of ring finger protein 4, human

TSL 4

Gene RNF4, Length 517 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
RNF4-218	ENST00000513284	RHOA	P61586	193 aa		11.17	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	SEMA5A	Q13591	1074 aa		11.17	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	TSR1	Q2NL82	804 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	C2CD6	Q53TS8	623 aa		11.17	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	RWDD4	Q6NW29	188 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	PHLDB2	Q86SQ0	1253 aa		11.17	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	XYLT1	Q86Y38	959 aa		11.17	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	ZDHHC17	Q8IUH5	632 aa		11.17	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	CBARP	Q8N350	705 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	ESX1	Q8N693	406 aa		11.17	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	TEX101	Q9BY14	249 aa		11.17	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	SIDT1	Q9NXL6	827 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	SUFU	Q9UMX1	484 aa		11.17	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	PCDHB3	Q9Y5E6	796 aa		11.17	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	OAS3	Q9Y6K5	1087 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	CDC14C	A4D256	554 aa		11.16	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	ZSCAN5C	A6NGD5	496 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	PPP1R3G	B7ZBB8	358 aa		11.16	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	POLR1C	O15160	346 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	CBX6	O95503	412 aa		11.16	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	RECK	O95980	971 aa		11.16	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	MYCLP1	P12525	358 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	PRKCSH	P14314	528 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	RGR	P47804	291 aa		11.16	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	FASLG	P48023	281 aa		11.16	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	STX17	P56962	302 aa		11.16	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	GPLD1	P80108	840 aa		11.16	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	PTK2	Q05397	1052 aa		11.16	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	ILF3	Q12906	894 aa	Known RBP eCLIP	11.16	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	CHCHD2P9	Q5T1J5	151 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	ERAP2	Q6P179	960 aa		11.16	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	WDR74	Q6RFH5	385 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	GBP6	Q6ZN66	633 aa		11.16	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	SLC47A2	Q86VL8	602 aa		11.16	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	CREBRF	Q8IUR6	639 aa		11.16	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	CASKIN2	Q8WXE0	1202 aa		11.16	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	SHC3	Q92529	594 aa		11.16	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	ECHDC3	Q96DC8	303 aa		11.16	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	C19orf60	Q96EN9	201 aa		11.16	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	SCARF2	Q96GP6	870 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	COQ10A	Q96MF6	247 aa		11.16	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	ZNF641	Q96N77	438 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	CRACR2A	Q9BSW2	395 aa		11.16	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	RETREG1	Q9H6L5	497 aa		11.16	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	WDR26	Q9H7D7	661 aa		11.16	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	KCND3	Q9UK17	655 aa		11.16	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	PIPSL	A2A3N6	862 aa		11.15	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	FOXN3	O00409	490 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	BIN1	O00499	593 aa		11.15	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	KRT86	O43790	486 aa		11.15	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	KATNA1	O75449	491 aa		11.15	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	CREG1	O75629	220 aa		11.15	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	PNMA6A	P0CW24	399 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	CDH5	P33151	784 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	SCNN1A	P37088	669 aa		11.15	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	ATP11A	P98196	1134 aa		11.15	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	RAPGEF1	Q13905	1077 aa		11.15	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	TPD52L1	Q16890	204 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	FAM102A	Q5T9C2	384 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	PAPD7	Q5XG87	772 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	CPZ	Q66K79	652 aa		11.15	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	BRAT1	Q6PJG6	821 aa		11.15	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	C6orf15	Q6UXA7	325 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	DPPA4	Q7L190	304 aa		11.15	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	GALNT6	Q8NCL4	622 aa		11.15	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	SLC37A2	Q8TED4	501 aa		11.15	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	NCSTN	Q92542	709 aa		11.15	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	C18orf8	Q96DM3	657 aa		11.15	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	RUFY1	Q96T51	708 aa		11.15	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	SYNC	Q9H7C4	482 aa		11.15	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	AKIRIN1	Q9H9L7	192 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	LUZP4	Q9P127	313 aa		11.15	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	RCOR3	Q9P2K3	495 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	SLC17A4	Q9Y2C5	497 aa		11.15	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	PCDHGA6	Q9Y5G7	932 aa		11.15	□□□□□ -0.62
RNF4-218	ENST00000513284	GTPBP10	A4D1E9	387 aa	Known RBP	11.14	□□□□□ -0.63
RNF4-218	ENST00000513284		J3KR12	359 aa		11.14	□□□□□ -0.63
RNF4-218	ENST00000513284	PDE2A	O00408	941 aa	Predicted RBP	11.14	□□□□□ -0.63
RNF4-218	ENST00000513284	PLEK	P08567	350 aa	Predicted RBP	11.14	□□□□□ -0.63
RNF4-218	ENST00000513284	KRT9	P35527	623 aa		11.14	□□□□□ -0.63
RNF4-218	ENST00000513284	CHAF1B	Q13112	559 aa		11.14	□□□□□ -0.63
RNF4-218	ENST00000513284	BIRC2	Q13490	618 aa		11.14	□□□□□ -0.63
RNF4-218	ENST00000513284	EXOC3L4	Q17RC7	722 aa		11.14	□□□□□ -0.63
RNF4-218	ENST00000513284	C15orf59	Q2T9L4	293 aa	Predicted RBP	11.14	□□□□□ -0.63
RNF4-218	ENST00000513284	JMJD6	Q6NYC1	403 aa	Predicted RBP	11.14	□□□□□ -0.63
RNF4-218	ENST00000513284	TRIM65	Q6PJ69	517 aa		11.14	□□□□□ -0.63
RNF4-218	ENST00000513284	DNAAF5	Q86Y56	855 aa		11.14	□□□□□ -0.63
RNF4-218	ENST00000513284	SFRP1	Q8N474	314 aa		11.14	□□□□□ -0.63
RNF4-218	ENST00000513284	EMC1	Q8N766	993 aa		11.14	□□□□□ -0.63
RNF4-218	ENST00000513284	RANBP9	Q96S59	729 aa		11.14	□□□□□ -0.63
RNF4-218	ENST00000513284	SLC38A3	Q99624	504 aa		11.14	□□□□□ -0.63
RNF4-218	ENST00000513284	TWSG1	Q9GZX9	223 aa		11.14	□□□□□ -0.63
RNF4-218	ENST00000513284	PDCL3	Q9H2J4	239 aa		11.14	□□□□□ -0.63
RNF4-218	ENST00000513284	PDF	Q9HBH1	243 aa		11.14	□□□□□ -0.63
RNF4-218	ENST00000513284	APEX2	Q9UBZ4	518 aa		11.14	□□□□□ -0.63
RNF4-218	ENST00000513284	RWDD2A	Q9UIY3	292 aa		11.14	□□□□□ -0.63
RNF4-218	ENST00000513284	PCYT1B	Q9Y5K3	369 aa	Predicted RBP	11.14	□□□□□ -0.63
RNF4-218	ENST00000513284	RASA4B	C9J798	803 aa		11.13	□□□□□ -0.63
RNF4-218	ENST00000513284	GOLGA8S	H3BPF8	625 aa		11.13	□□□□□ -0.63
RNF4-218	ENST00000513284	TRAFD1	O14545	582 aa	Predicted RBP	11.13	□□□□□ -0.63

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