RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000433888.5

PTPN4-205, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, human

TSL 3

Gene PTPN4, Length 954 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPN4-205	ENST00000433888	PHF7	Q9BWX1	381 aa	Predicted RBP	3.56	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	NUF2	Q9BZD4	464 aa		3.56	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	MAGEE1	Q9HCI5	957 aa		3.56	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	PEMT	Q9UBM1	199 aa		3.56	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	CTNNAL1	Q9UBT7	734 aa		3.56	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	FAF1	Q9UNN5	650 aa	Predicted RBP	3.56	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	DAAM1	Q9Y4D1	1078 aa		3.56	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	RIPOR2	Q9Y4F9	1068 aa		3.56	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	LSM4	Q9Y4Z0	139 aa	Known RBP	3.56	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	TMEM202	A6NGA9	273 aa		3.55	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	WDR1	O75083	606 aa		3.55	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	CRLF1	O75462	422 aa		3.55	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	INHBA	P08476	426 aa		3.55	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	DDX5	P17844	614 aa	Known RBP	3.55	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	NOV	P48745	357 aa		3.55	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	PDE1B	Q01064	536 aa		3.55	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	PRKG1	Q13976	671 aa		3.55	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	TRIM14	Q14142	442 aa		3.55	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	FBXO46	Q6PJ61	603 aa	Predicted RBP	3.55	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	GPAT4	Q86UL3	456 aa		3.55	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	TMTC1	Q8IUR5	882 aa		3.55	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	SUGP1	Q8IWZ8	645 aa	Known RBP	3.55	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	SPICE1	Q8N0Z3	855 aa		3.55	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	TMEM190	Q8WZ59	177 aa		3.55	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	PYGO2	Q9BRQ0	406 aa		3.55	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	PAGR1	Q9BTK6	254 aa		3.55	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	POLR3C	Q9BUI4	534 aa	Predicted RBP	3.55	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	ALKBH4	Q9NXW9	302 aa		3.55	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	BLOC1S5-TXNDC5	H3BN57	136 aa		3.54	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	TAF4	O00268	1085 aa		3.54	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	DVL1	O14640	695 aa		3.54	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	PLIN1	O60240	522 aa		3.54	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	PCDH7	O60245	1069 aa		3.54	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	MT-CYB	P00156	380 aa	Predicted RBP	3.54	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	RRM1	P23921	792 aa		3.54	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	CHKA	P35790	457 aa		3.54	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	GNL1	P36915	607 aa	Predicted RBP	3.54	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	EFNA5	P52803	228 aa		3.54	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	DVL1P1	P54792	670 aa	Predicted RBP	3.54	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	KRT72	Q14CN4	511 aa		3.54	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	ANKRD1	Q15327	319 aa		3.54	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	TAF11	Q15544	211 aa		3.54	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	SLC1A5	Q15758	541 aa		3.54	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	KCTD18	Q6PI47	426 aa	Predicted RBP	3.54	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	TADA2B	Q86TJ2	420 aa		3.54	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	APLF	Q8IW19	511 aa	Predicted RBP	3.54	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	DHX40	Q8IX18	779 aa	Known RBP	3.54	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	SPATA6L	Q8N4H0	392 aa		3.54	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	SRBD1	Q8N5C6	995 aa	Known RBP	3.54	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	PLD5	Q8N7P1	536 aa		3.54	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	RUFY2	Q8WXA3	655 aa		3.54	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	SCRN2	Q96FV2	425 aa		3.54	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	ST6GAL2	Q96JF0	529 aa		3.54	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	COG8	Q96MW5	612 aa		3.54	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	EYA3	Q99504	573 aa		3.54	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	MTERF1	Q99551	399 aa	Known RBP	3.54	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	CMKLR1	Q99788	373 aa		3.54	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	EGFL8	Q99944	293 aa		3.54	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	SH3GL2	Q99962	352 aa		3.54	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	FBXO9	Q9UK97	447 aa	Predicted RBP	3.54	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	KCNK7	Q9Y2U2	307 aa		3.54	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	ARID4B	Q4LE39	1312 aa	Predicted RBP	3.53	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	SMIM1	B2RUZ4	78 aa		3.53	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	TEX22	C9J3V5	150 aa		3.53	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	NR5A2	O00482	541 aa		3.53	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	BCAT2	O15382	392 aa	Predicted RBP	3.53	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	PRKN	O60260	465 aa	Predicted RBP	3.53	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	IGHV4-39	P01824	125 aa		3.53	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	EEF1A1	P68104	462 aa	Known RBP	3.53	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	RPL24	P83731	157 aa	Known RBP	3.53	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	GAGE5	Q13069	117 aa		3.53	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	GAGE6	Q13070	117 aa		3.53	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	MORC3	Q14149	939 aa		3.53	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	EFR3A	Q14156	821 aa		3.53	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	ZNF234	Q14588	700 aa		3.53	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	SLC45A4	Q5BKX6	768 aa		3.53	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	SIRPB2	Q5JXA9	342 aa		3.53	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	EEF1A1P5	Q5VTE0	462 aa		3.53	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	ADGRG6	Q86SQ4	1221 aa		3.53	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	ZBTB2	Q8N680	514 aa		3.53	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	MYCT1	Q8N699	235 aa		3.53	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	VPS37A	Q8NEZ2	397 aa		3.53	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	STAM	Q92783	540 aa		3.53	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	ELP4	Q96EB1	424 aa		3.53	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	ASCL2	Q99929	193 aa		3.53	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	REEP2	Q9BRK0	252 aa		3.53	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	FSD1	Q9BTV5	496 aa		3.53	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	PLEKHA4	Q9H4M7	779 aa		3.53	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	IL1RAPL1	Q9NZN1	696 aa		3.53	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	ZNF624	Q9P2J8	865 aa	Predicted RBP	3.53	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	TAGLN3	Q9UI15	199 aa		3.53	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	PRSS21	Q9Y6M0	314 aa		3.53	□□□□□ -1.84
PTPN4-205	ENST00000433888	GOLGA6L10	A0A0M3HER8	536 aa		3.52	□□□□□ -1.85
PTPN4-205	ENST00000433888	IFNL4	K9M1U5	179 aa		3.52	□□□□□ -1.85
PTPN4-205	ENST00000433888	ERVK-10	P10266	1014 aa		3.52	□□□□□ -1.85
PTPN4-205	ENST00000433888	BDKRB2	P30411	391 aa		3.52	□□□□□ -1.85
PTPN4-205	ENST00000433888	DRG2	P55039	364 aa	Known RBP	3.52	□□□□□ -1.85
PTPN4-205	ENST00000433888	CCDC96	Q2M329	555 aa		3.52	□□□□□ -1.85
PTPN4-205	ENST00000433888	TCTN1	Q2MV58	587 aa		3.52	□□□□□ -1.85
PTPN4-205	ENST00000433888	ADCK5	Q3MIX3	580 aa		3.52	□□□□□ -1.85

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