RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000468534.1

CCDC88A-210, Transcript of coiled-coil domain containing 88A, humanhuman

TSL 3

Gene CCDC88A, Length 536 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88A-210ENST00000468534 CXorf36Q9H7Y0 433 aa4.96□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 TMEM165Q9HC07 324 aa4.96□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 TSPYL4Q9UJ04 414 aa4.96□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 NAALADL1Q9UQQ1 740 aa4.96□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 LOC100653049A0A140TA62 436 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 A0A1W2PRV1 198 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 XKRY2A2RUG3 117 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 LRRD1A4D1F6 860 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 ISM1B1AKI9 464 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 H7C1Q1 480 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 MYO1CO00159 1063 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 PSMD9O00233 223 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 TLR2O60603 784 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 KCNJ13O60928 360 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 BCAR3O75815 825 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 KRT34O76011 436 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 GGPS1O95749 300 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 FTCDO95954 541 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 TK1P04183 234 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 CSF1RP07333 972 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 HMOX1P09601 288 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 TROVE2P10155 538 aaKnown RBP eCLIP4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 CYP11B2P19099 503 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 HOXC8P31273 242 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 VIPR2P41587 438 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 MAGEA4P43358 317 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 OR1G1P47890 313 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 ATXN3P54252 364 aaPredicted RBP4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 PNLIPRP1P54315 467 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 YWHAZP63104 245 aaKnown RBP4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 E2F1Q01094 437 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 KHDRBS1Q07666 443 aaKnown RBP eCLIP4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 GALNT2Q10471 571 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 ZNF268Q14587 947 aaPredicted RBP4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 EFTUD2Q15029 972 aaKnown RBP eCLIP4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 RCN1Q15293 331 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 FUT11Q495W5 492 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 SHC4Q6S5L8 630 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 OTOAQ7RTW8 1153 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 CACNA2D4Q7Z3S7 1137 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 ADGRA1Q86SQ6 560 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 CCDC105Q8IYK2 499 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 METTL21AQ8WXB1 218 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 SOCS4Q8WXH5 440 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 MR1Q95460 341 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 NCLNQ969V3 563 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 MTFMTQ96DP5 389 aaKnown RBP4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 C11orf24Q96F05 449 aaPredicted RBP4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 TTC25Q96NG3 672 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 FAM111AQ96PZ2 611 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 RAB3IPQ96QF0 476 aaPredicted RBP4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 TEX12Q9BXU0 123 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 USP44Q9H0E7 712 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 TRPV6Q9H1D0 765 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 MUC13Q9H3R2 512 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 DENND2DQ9H6A0 471 aaPredicted RBP4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 TMEM8AQ9HCN3 771 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 RPRD1BQ9NQG5 326 aaKnown RBP4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 DDX43Q9NXZ2 648 aaKnown RBP4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 APPL1Q9UKG1 709 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 TNFSF13BQ9Y275 285 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 MAN2B2Q9Y2E5 1009 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 LYVE1Q9Y5Y7 322 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 POMT1Q9Y6A1 747 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 IGSF1Q8N6C5 1336 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 MYO3BQ8WXR4 1341 aa4.95□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 LMTK3Q96Q04 1460 aa4.94□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 CFAP65Q6ZU64 1925 aaKnown RBP4.94□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 hCG_1809904A0A1W2PP81 198 aa4.94□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 A0A1W2PPE2 198 aa4.94□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 A0A1W2PR64 198 aa4.94□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 EME2A4GXA9 379 aaPredicted RBP4.94□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 HMX3A6NHT5 357 aa4.94□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 NCF1BA6NI72 391 aaPredicted RBP4.94□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 NCF1CA8MVU1 366 aaPredicted RBP4.94□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 E5RJQ4 531 aa4.94□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 H0YIN7 160 aa4.94□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 UBE2Q2LH0YL09 131 aa4.94□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 STMND1H3BQB6 276 aa4.94□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 NDUFS8O00217 210 aa4.94□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 PODXLO00592 558 aa4.94□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 CXCL11O14625 94 aa4.94□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 ADAM10O14672 748 aa4.94□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 ZNF263O14978 683 aa4.94□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 WDR46O15213 610 aaKnown RBP4.94□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 SPAG6O75602 509 aa4.94□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 ANXA6P08133 673 aa4.94□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 HPGDP15428 266 aa4.94□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 GALP22466 123 aa4.94□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 IL1R2P27930 398 aa4.94□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 TNFRSF8P28908 595 aa4.94□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 LRPAP1P30533 357 aa4.94□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 CCR1P32246 355 aa4.94□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 CSTF2P33240 577 aaKnown RBP eCLIP4.94□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 NF2P35240 595 aa4.94□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 WNT5AP41221 380 aa4.94□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 CASP3P42574 277 aa4.94□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 PLTPP55058 493 aa4.94□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 VCPP55072 806 aaKnown RBP4.94□□□□□ -1.62
CCDC88A-210ENST00000468534 YPEL5P62699 121 aa4.94□□□□□ -1.62
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 21.9 ms