RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000295718.6

PTPRN-201, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type N, humanhuman

APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRN, Length 3,784 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRN-201ENST00000295718 SNX21Q969T3 373 aa17.56■□□□□ 0.4
PTPRN-201ENST00000295718 TSPYL4Q9UJ04 414 aa17.56■□□□□ 0.4
PTPRN-201ENST00000295718 MBIPQ9NS73 344 aa17.56■□□□□ 0.4
PTPRN-201ENST00000295718 FYB1O15117 783 aa17.56■□□□□ 0.4
PTPRN-201ENST00000295718 SDSP20132 328 aa17.56■□□□□ 0.4
PTPRN-201ENST00000295718 NFE2L2Q16236 605 aa17.56■□□□□ 0.4
PTPRN-201ENST00000295718 INSRP06213 1382 aa17.55■□□□□ 0.4
PTPRN-201ENST00000295718 ADAMTS12P58397 1594 aa17.55■□□□□ 0.4
PTPRN-201ENST00000295718 RAPGEF3O95398 923 aa17.55■□□□□ 0.4
PTPRN-201ENST00000295718 TRAPPC8Q9Y2L5 1435 aa17.55■□□□□ 0.4
PTPRN-201ENST00000295718 ZRANB1Q9UGI0 708 aa17.55■□□□□ 0.4
PTPRN-201ENST00000295718 FCHSD2O94868 740 aa17.54■□□□□ 0.4
PTPRN-201ENST00000295718 RBM25P49756 843 aaKnown RBP17.54■□□□□ 0.4
PTPRN-201ENST00000295718 NME9Q86XW9 330 aa17.54■□□□□ 0.4
PTPRN-201ENST00000295718 NUTM2GQ5VZR2 741 aa17.54■□□□□ 0.4
PTPRN-201ENST00000295718 MBD3O95983 291 aa17.53■□□□□ 0.4
PTPRN-201ENST00000295718 C17orf53Q8N3J3 647 aaPredicted RBP17.53■□□□□ 0.4
PTPRN-201ENST00000295718 SMC3Q9UQE7 1217 aa17.53■□□□□ 0.4
PTPRN-201ENST00000295718 ZRSR1Q15695 479 aaKnown RBP17.53■□□□□ 0.4
PTPRN-201ENST00000295718 ITSN2Q9NZM3 1697 aa17.53■□□□□ 0.4
PTPRN-201ENST00000295718 MEIS3Q99687 375 aa17.53■□□□□ 0.4
PTPRN-201ENST00000295718 IGSF3O75054 1194 aa17.52■□□□□ 0.4
PTPRN-201ENST00000295718 AMPHP49418 695 aa17.52■□□□□ 0.4
PTPRN-201ENST00000295718 TTC12Q9H892 705 aaPredicted RBP17.52■□□□□ 0.4
PTPRN-201ENST00000295718 CWC22Q9HCG8 908 aaKnown RBP17.52■□□□□ 0.4
PTPRN-201ENST00000295718 NPHP1O15259 732 aa17.52■□□□□ 0.4
PTPRN-201ENST00000295718 ZBTB7BO15156 539 aaPredicted RBP17.52■□□□□ 0.39
PTPRN-201ENST00000295718 ALDH1L2Q3SY69 923 aa17.51■□□□□ 0.39
PTPRN-201ENST00000295718 SURF6O75683 361 aaKnown RBP17.51■□□□□ 0.39
PTPRN-201ENST00000295718 NUTM1Q86Y26 1132 aa17.51■□□□□ 0.39
PTPRN-201ENST00000295718 VAMP4O75379 141 aa17.51■□□□□ 0.39
PTPRN-201ENST00000295718 TTC22Q5TAA0 569 aa17.51■□□□□ 0.39
PTPRN-201ENST00000295718 FERMT3Q86UX7 667 aa17.51■□□□□ 0.39
PTPRN-201ENST00000295718 TXNDC2Q86VQ3 553 aa17.51■□□□□ 0.39
PTPRN-201ENST00000295718 IFT57Q9NWB7 429 aa17.51■□□□□ 0.39
PTPRN-201ENST00000295718 NUP160Q12769 1436 aa17.5■□□□□ 0.39
PTPRN-201ENST00000295718 PLEKHM2Q8IWE5 1019 aa17.5■□□□□ 0.39
PTPRN-201ENST00000295718 C14orf93Q9H972 538 aaKnown RBP17.5■□□□□ 0.39
PTPRN-201ENST00000295718 SPDYE4A6NLX3 237 aa17.5■□□□□ 0.39
PTPRN-201ENST00000295718 OFD1O75665 1012 aa17.5■□□□□ 0.39
PTPRN-201ENST00000295718 HCLS1P14317 486 aaPredicted RBP17.49■□□□□ 0.39
PTPRN-201ENST00000295718 MRPL50Q8N5N7 158 aaKnown RBP17.49■□□□□ 0.39
PTPRN-201ENST00000295718 TMX3Q96JJ7 454 aa17.49■□□□□ 0.39
PTPRN-201ENST00000295718 ZNF771Q7L3S4 317 aaPredicted RBP17.49■□□□□ 0.39
PTPRN-201ENST00000295718 DIAPH3Q9NSV4 1193 aa17.49■□□□□ 0.39
PTPRN-201ENST00000295718 IDI1Q13907 227 aa17.47■□□□□ 0.39
PTPRN-201ENST00000295718 CAMK4Q16566 473 aa17.47■□□□□ 0.39
PTPRN-201ENST00000295718 MAP7D2Q96T17 732 aa17.47■□□□□ 0.39
PTPRN-201ENST00000295718 KDM5DQ9BY66 1539 aa17.47■□□□□ 0.39
PTPRN-201ENST00000295718 CDK11BP21127 795 aaKnown RBP17.47■□□□□ 0.39
PTPRN-201ENST00000295718 HSP90B1P14625 803 aaKnown RBP17.47■□□□□ 0.39
PTPRN-201ENST00000295718 GSPT1P15170 499 aaKnown RBP17.47■□□□□ 0.39
PTPRN-201ENST00000295718 CEBPZQ03701 1054 aaKnown RBP17.47■□□□□ 0.39
PTPRN-201ENST00000295718 MAPK8IP2Q13387 824 aaPredicted RBP17.46■□□□□ 0.39
PTPRN-201ENST00000295718 TMEM63CQ9P1W3 806 aa17.46■□□□□ 0.39
PTPRN-201ENST00000295718 ZKSCAN5Q9Y2L8 839 aa17.46■□□□□ 0.39
PTPRN-201ENST00000295718 SHANK2Q9UPX8 1470 aa17.46■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 GOLGA6L6A8MZA4 724 aa17.45■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 AEBP1Q8IUX7 1158 aa17.45■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 CWC27Q6UX04 472 aaKnown RBP17.45■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 NGDNQ8NEJ9 315 aaKnown RBP17.45■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 BICD2Q8TD16 824 aa17.45■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 LRSAM1Q6UWE0 723 aa17.45■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 USP26Q9BXU7 913 aa17.45■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 LMBRD1Q9NUN5 540 aa17.45■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 LRRCC1Q9C099 1032 aa17.44■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 GNAI2P04899 355 aa17.44■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 STK3Q13188 491 aa17.44■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 NCKAP5LQ9HCH0 1330 aa17.44■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 SASS6Q6UVJ0 657 aa17.44■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 RPAP2Q8IXW5 612 aaPredicted RBP17.44■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa17.44■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 GIMAP6Q6P9H5 292 aa17.43■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 ABCC11Q96J66 1382 aa17.43■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 ADCY5O95622 1261 aa17.43■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 UBTFL1P0CB47 393 aaPredicted RBP17.43■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 NPC1L1Q9UHC9 1359 aa17.43■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 JARID2Q92833 1246 aaPredicted RBP17.42■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 TRIM5Q9C035 493 aa17.42■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 FBXO31Q5XUX0 539 aaPredicted RBP17.42■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 POLKQ9UBT6 870 aa17.42■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 NSFL1CQ9UNZ2 370 aaKnown RBP17.42■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 CCDC83Q8IWF9 413 aa17.42■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 SPG7Q9UQ90 795 aa17.41■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 ATP6V1DQ9Y5K8 247 aa17.41■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 PTPRTO14522 1441 aa17.41■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 CEP170Q5SW79 1584 aa17.41■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 GPT2Q8TD30 523 aa17.4■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 CNPY2Q9Y2B0 182 aa17.4■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 IGF2BP2Q9Y6M1 599 aaKnown RBP eCLIP17.4■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 WDR33Q9C0J8 1336 aaKnown RBP17.4■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 PPFIA3O75145 1194 aa17.4■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 CPA1P15085 419 aa17.4■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 MX1P20591 662 aa17.4■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 USP48Q86UV5 1035 aa17.4■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 A0A1W2PP64 1363 aa17.4■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 GADD45BO75293 160 aaPredicted RBP17.4■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 ABCC10Q5T3U5 1492 aa17.4■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 CFAP65Q6ZU64 1925 aaKnown RBP17.4■□□□□ 0.38
PTPRN-201ENST00000295718 SIRT2Q8IXJ6 389 aa17.4■□□□□ 0.38
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 24.2 ms