RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000333496.14

CLN3-201, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene CLN3, Length 1,608 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-201ENST00000333496 SPA17Q15506 151 aa16.01■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 SETMARQ53H47 684 aaPredicted RBP16.01■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 LRRC73Q5JTD7 316 aa16.01■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 TMCO4Q5TGY1 634 aa16.01■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 IL27RAQ6UWB1 636 aa16.01■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 ADAT2Q7Z6V5 191 aaKnown RBP16.01■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 PIP4P1Q86T03 277 aa16.01■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 SRLQ86TD4 932 aa16.01■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 MAP7D3Q8IWC1 876 aa16.01■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 PGBD5Q8N414 524 aa16.01■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 ATPAF2Q8N5M1 289 aa16.01■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 RAB7BQ96AH8 199 aa16.01■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 ZNF599Q96NL3 588 aa16.01■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 CINPQ9BW66 212 aaPredicted RBP16.01■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 CA5BQ9Y2D0 317 aa16.01■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 UPK3BL1B0FP48 263 aa16■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 UPK3BL2E5RIL1 263 aa16■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 GIPC1O14908 333 aa16■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 CER1O95813 267 aa16■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 TIMP2P16035 220 aa16■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 SLC1A1P43005 524 aa16■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 NOP2P46087 812 aaKnown RBP16■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 GALNT2Q10471 571 aa16■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 SLC10A2Q12908 348 aaPredicted RBP16■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 ZFYVE27Q5T4F4 411 aa16■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 LRRC38Q5VT99 294 aa16■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 TTC7BQ86TV6 843 aa16■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 ZSWIM9Q86XI8 627 aa16■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 CAMK1DQ8IU85 385 aa16■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 MFSD2AQ8NA29 543 aa16■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 TMEM145Q8NBT3 493 aa16■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 FEM1CQ96JP0 617 aa16■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 RNF157Q96PX1 679 aa16■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 SUV39H2Q9H5I1 410 aa16■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 FZD3Q9NPG1 666 aa16■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 SEPT3Q9UH03 358 aa16■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 ALG6Q9Y672 507 aa16■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 A0A0A6YYK5 440 aaPredicted RBP15.99■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 TSPAN11A1L157 253 aa15.99■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 TTC24A2A3L6 582 aaPredicted RBP15.99■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 LRRD1A4D1F6 860 aa15.99■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 PRAMEF26H0Y7S4 382 aa15.99■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 CR2P20023 1033 aa15.99■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 CSRP1P21291 193 aaKnown RBP15.99■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 GARSP41250 739 aaKnown RBP15.99■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 RPS21P63220 83 aaKnown RBP15.99■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 GBE1Q04446 702 aa15.99■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 SLC14A1Q13336 389 aa15.99■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 GRM3Q14832 879 aa15.99■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 ZNF423Q2M1K9 1284 aa15.99■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 KIAA1161Q6NSJ0 714 aa15.99■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 PSAPL1Q6NUJ1 521 aa15.99■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 DEFB124Q8NES8 71 aa15.99■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 TUBGCP5Q96RT8 1024 aa15.99■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 MYOCQ99972 504 aa15.99■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 TM7SF3Q9NS93 570 aa15.99■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 IMPACTQ9P2X3 320 aa15.99■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 DUSP10Q9Y6W6 482 aa15.99■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 ZNF487B1APH4 448 aa15.98■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 H0Y8X5 98 aa15.98■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 TLR4O00206 839 aa15.98■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 TSPAN6O43657 245 aa15.98■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 PAK4O96013 591 aaPredicted RBP15.98■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 ZNF883P0CG24 379 aa15.98■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 HNRNPA2B1P22626 353 aaKnown RBP15.98■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 SCNN1BP51168 640 aa15.98■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 NOVA1P51513 510 aaKnown RBP15.98■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 C21orf59P57076 290 aa15.98■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 PRAMEF14Q5SWL7 426 aa15.98■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 DBX2Q6ZNG2 339 aa15.98■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 SPATS2Q86XZ4 545 aaKnown RBP15.98■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 LRRC49Q8IUZ0 686 aa15.98■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 RHOT1Q8IXI2 618 aa15.98■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 PLD5Q8N7P1 536 aa15.98■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 ACRBPQ8NEB7 543 aa15.98■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 HCAR2Q8TDS4 363 aa15.98■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 LRRN4Q8WUT4 740 aa15.98■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 ZNF641Q96N77 438 aaPredicted RBP15.98■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 BAG1Q99933 345 aaPredicted RBP15.98■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 SLC17A9Q9BYT1 436 aa15.98■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 DTLQ9NZJ0 730 aa15.98■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 IGLON5A6NGN9 336 aa15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 TRAFD1O14545 582 aaPredicted RBP15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 SPOPO43791 374 aa15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 SH3BP5O60239 455 aa15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 TNNT1P13805 278 aa15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 ZNF235Q14590 738 aa15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 STAT4Q14765 748 aa15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 UGP2Q16851 508 aa15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 IQCHQ86VS3 1027 aa15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 VSIG1Q86XK7 387 aa15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 TEX26Q8N6G2 289 aa15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 RNF25Q96BH1 459 aaPredicted RBP15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 ECHDC3Q96DC8 303 aa15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 CAMK1GQ96NX5 476 aa15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 KLF6Q99612 283 aaPredicted RBP15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 MGME1Q9BQP7 344 aa15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 C1QTNF2Q9BXJ5 285 aa15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 LACRTQ9GZZ8 138 aa15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 ATP13A3Q9H7F0 1226 aa15.97■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 22.5 ms