RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636228.1

CLN3-246, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene CLN3, Length 1,224 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-246ENST00000636228 C15orf59Q2T9L4 293 aaPredicted RBP16.47■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 TMEM259Q4ZIN3 620 aa16.47■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 RETSATQ6NUM9 610 aa16.47■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 LRRC69Q6ZNQ3 347 aa16.47■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 BNIPLQ7Z465 357 aa16.47■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 ABI3BPQ7Z7G0 1075 aa16.47■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 DCBLD1Q8N8Z6 715 aa16.47■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 RFFLQ8WZ73 363 aa16.47■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 PPP1R16AQ96I34 528 aa16.47■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 HEPHQ9BQS7 1158 aa16.47■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 TM6SF2Q9BZW4 377 aa16.47■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 CLSTN2Q9H4D0 955 aa16.47■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 METTL5Q9NRN9 209 aaKnown RBP16.47■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 DNAJC28Q9NX36 388 aa16.47■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 FADS3Q9Y5Q0 445 aa16.47■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 NYNRINQ9P2P1 1898 aaKnown RBP16.47■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 ACACAQ13085 2346 aa16.47■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 IGSF10Q6WRI0 2623 aa16.46■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 FAM72CH0Y354 149 aa16.46■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 L1CAMP32004 1257 aa16.46■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 KLK7P49862 253 aa16.46■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 NOMO3P69849 1222 aa16.46■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 CCDC173Q0VFZ6 552 aa16.46■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 HS1BP3Q53T59 392 aa16.46■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 FAM72AQ5TYM5 149 aa16.46■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 SMYD5Q6GMV2 418 aa16.46■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 FAM72DQ6L9T8 149 aa16.46■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 PARS2Q7L3T8 475 aaKnown RBP16.46■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 FAM72BQ86X60 149 aa16.46■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 RYBPQ8N488 228 aaPredicted RBP16.46■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 EPS8L1Q8TE68 723 aa16.46■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 RXFP2Q8WXD0 754 aa16.46■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 FEM1CQ96JP0 617 aa16.46■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 APOLD1Q96LR9 279 aa16.46■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 STK33Q9BYT3 514 aa16.46■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 ZDHHC6Q9H6R6 413 aa16.46■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 TAB2Q9NYJ8 693 aa16.46■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 DNAI1Q9UI46 699 aa16.46■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 GGT7Q9UJ14 662 aa16.46■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 ITM2BQ9Y287 266 aa16.46■□□□□ 0.23
CLN3-246ENST00000636228 TP53BP1Q12888 1972 aaPredicted RBP16.46■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 LY6G6EA0A0G2JKS1 128 aa16.45■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 IGLON5A6NGN9 336 aa16.45■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 A6NNZ2 444 aa16.45■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 F8VZ95 297 aa16.45■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 RRP8O43159 456 aaKnown RBP16.45■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 OPA1O60313 960 aa16.45■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 GFPT2O94808 682 aa16.45■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 LSM8O95777 96 aaKnown RBP16.45■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 ITGB7P26010 798 aa16.45■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 E2F1Q01094 437 aa16.45■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 SLC20A2Q08357 652 aa16.45■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 FZD2Q14332 565 aa16.45■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 CCDC14Q49A88 953 aa16.45■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 TPRG1LQ5T0D9 272 aa16.45■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 RWDD4Q6NW29 188 aaKnown RBP16.45■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 ZNF783Q6ZMS7 281 aa16.45■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 PCDH20Q8N6Y1 951 aaKnown RBP16.45■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 NETO2Q8NC67 525 aa16.45■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 JOSD2Q8TAC2 188 aa16.45■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 SLC30A5Q8TAD4 765 aa16.45■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 FGF11Q92914 225 aa16.45■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 NAF1Q96HR8 494 aaKnown RBP16.45■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 CEP44Q9C0F1 390 aa16.45■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 PRORYQ9H606 182 aa16.45■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 PPARGC1AQ9UBK2 798 aaKnown RBP16.45■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 OR12D3Q9UGF7 316 aa16.45■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 KLF15Q9UIH9 416 aa16.45■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 HS3ST3A1Q9Y663 406 aa16.45■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 U3KQA8 63 aa16.45■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 K7ESM1 405 aa16.44■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 SCAMP1O15126 338 aa16.44■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 CKMT1AP12532 417 aa16.44■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 CHRNB2P17787 502 aa16.44■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 ERCC5P28715 1186 aaPredicted RBP16.44■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 ADRA1BP35368 520 aa16.44■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 ABL2P42684 1182 aa16.44■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 RPS21P63220 83 aaKnown RBP16.44■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 TCP11X2Q5H9J9 407 aa16.44■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 ACBD5Q5T8D3 534 aaPredicted RBP16.44■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 GPT2Q8TD30 523 aa16.44■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 C11orf70Q9BRQ4 267 aa16.44■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 VPS16Q9H269 839 aa16.44■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 NLGN3Q9NZ94 848 aa16.44■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 IPO11Q9UI26 975 aaKnown RBP16.44■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 NOCTQ9UK39 431 aaKnown RBP16.44■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 DOCK9Q9BZ29 2069 aa16.43■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 C16orf96A6NNT2 1141 aa16.43■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 SPINT1O43278 529 aa16.43■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 MPOP05164 745 aa16.43■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 ALPPL2P10696 532 aa16.43■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 FMO1Q01740 532 aa16.43■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 SGCGQ13326 291 aa16.43■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 PDE1CQ14123 709 aaPredicted RBP16.43■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 TBC1D25Q3MII6 688 aa16.43■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 LRRC73Q5JTD7 316 aa16.43■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 ATXN7L2Q5T6C5 722 aaPredicted RBP16.43■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 CDCP2Q5VXM1 449 aa16.43■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 KIAA1161Q6NSJ0 714 aa16.43■□□□□ 0.22
CLN3-246ENST00000636228 NLRP14Q86W24 1093 aa16.43■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 20 ms