RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000468534.1

CCDC88A-210, Transcript of coiled-coil domain containing 88A, humanhuman

TSL 3

Gene CCDC88A, Length 536 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88A-210ENST00000468534 GTPBP1O00178 669 aaKnown RBP5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 TBX10O75333 385 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 DNAJB5O75953 348 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 ALDH2P05091 517 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 IL6RP08887 468 aaPredicted RBP5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 PIM1P11309 404 aaPredicted RBP5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 PDCP20941 246 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 IL10P22301 178 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 KCNA5P22460 613 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 THPOP40225 353 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 MLH1P40692 756 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 EPS15P42566 896 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 DPP6P42658 865 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 CCR9P51686 369 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 ZNF41P51814 821 aaPredicted RBP5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 HK3P52790 923 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 LILRA4P59901 499 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 MC1RQ01726 317 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 YWHAHQ04917 246 aaPredicted RBP5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 KIF5AQ12840 1032 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 TCF15Q12870 199 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 CHAF1BQ13112 559 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 CUL4BQ13620 913 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 LASP1Q14847 261 aaKnown RBP5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 ADCK5Q3MIX3 580 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 CCDC157Q569K6 752 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 SLC9C2Q5TAH2 1124 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 ARHGAP40Q5TG30 622 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 AADACL4Q5VUY2 407 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 TTC19Q6DKK2 380 aaPredicted RBP5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 PM20D1Q6GTS8 502 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 TANGO2Q6ICL3 276 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 SLC22A25Q6T423 547 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 DTX2Q86UW9 622 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 C2CD5Q86YS7 1000 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 PEX5LQ8IYB4 626 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 C10orf53Q8N6V4 93 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 FAM71DQ8N9W8 422 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 STT3BQ8TCJ2 826 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 DDX17Q92841 729 aaKnown RBP5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 CASP10Q92851 521 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 ATP6V0A1Q93050 837 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 LRRC59Q96AG4 307 aaKnown RBP5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 C18orf8Q96DM3 657 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 CALML4Q96GE6 196 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 LENG8Q96PV6 779 aaPredicted RBP5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 CITED2Q99967 270 aaPredicted RBP5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 B3GNT4Q9C0J1 378 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 SPRTNQ9H040 489 aaPredicted RBP5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 TASP1Q9H6P5 420 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 SYNCQ9H7C4 482 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 COPS7BQ9H9Q2 264 aaPredicted RBP5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 DUSP22Q9NRW4 184 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 GLRX2Q9NS18 164 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 NMRK1Q9NWW6 199 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 IL20Q9NYY1 176 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 SUCLA2Q9P2R7 463 aaPredicted RBP5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 CACNG4Q9UBN1 327 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 HESX1Q9UBX0 185 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 FAM153AQ9UHL3 310 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 FEM1BQ9UK73 627 aa5.06□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 SH2B2O14492 632 aaPredicted RBP5.05□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 APOL1O14791 398 aa5.05□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 PSMA7O14818 248 aa5.05□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 DCLK1O15075 740 aa5.05□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 MOSPD3O75425 235 aa5.05□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 TSPAN9O75954 239 aa5.05□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 CSPG5O95196 566 aa5.05□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 SMC2O95347 1197 aa5.05□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 AFPP02771 609 aaKnown RBP5.05□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 A1BGP04217 495 aa5.05□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 TUBB4AP04350 444 aa5.05□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 S100A6P06703 90 aa5.05□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 AKT1P31749 480 aa5.05□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 RFC4P35249 363 aa5.05□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 TCF7P36402 384 aaPredicted RBP5.05□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 ACAA2P42765 397 aaKnown RBP5.05□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 MMP13P45452 471 aa5.05□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 PXNP49023 591 aaPredicted RBP5.05□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 MAP2K6P52564 334 aa5.05□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 ACY1Q03154 408 aa5.05□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 DDR1Q08345 913 aa5.05□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 FRG1Q14331 258 aaKnown RBP5.05□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 TRADDQ15628 312 aa5.05□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 STK11Q15831 433 aa5.05□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 ZSCAN26Q16670 478 aa5.05□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 PGS1Q32NB8 556 aa5.05□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 XKR9Q5GH70 373 aa5.05□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 TOR1AIP1Q5JTV8 583 aa5.05□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 SFRP4Q6FHJ7 346 aaPredicted RBP5.05□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 WDR93Q6P2C0 686 aa5.05□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 DENND5BQ6ZUT9 1274 aa5.05□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 ARMC9Q7Z3E5 817 aa5.05□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 SZRD1Q7Z422 152 aa5.05□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 BNIPLQ7Z465 357 aa5.05□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 WDR53Q7Z5U6 358 aaPredicted RBP5.05□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 GLRX5Q86SX6 157 aa5.05□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 CHSY1Q86X52 802 aa5.05□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 OR56B2PQ8NGI1 322 aa5.05□□□□□ -1.6
CCDC88A-210ENST00000468534 RFWD2Q8NHY2 731 aa5.05□□□□□ -1.6
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 24.3 ms