RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000474426.1

UBR3-208, Transcript of ubiquitin protein ligase E3 component n-recognin 3, human

TSL 1 (best)

Gene UBR3, Length 4,066 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
UBR3-208	ENST00000474426	CHERP	Q8IWX8	916 aa	Known RBP	3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	SRRM1	Q8IYB3	904 aa	Known RBP	3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	ELMOD2	Q8IZ81	293 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	PNMA1	Q8ND90	353 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	C1orf162	Q8NEQ5	155 aa	Predicted RBP	3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	RDM1	Q8NG50	284 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	DEPDC1B	Q8WUY9	529 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	CYFIP2	Q96F07	1278 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	MAP6	Q96JE9	813 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	KCNJ15	Q99712	375 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	ZFYVE21	Q9BQ24	234 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	ZBED2	Q9BTP6	218 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	APOL6	Q9BWW8	343 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	ITPA	Q9BY32	194 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	TRIM54	Q9BYV2	358 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	OSBPL6	Q9BZF3	934 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	CD244	Q9BZW8	370 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	MRPL44	Q9H9J2	332 aa	Known RBP	3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	JMJD4	Q9H9V9	463 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	APPL1	Q9UKG1	709 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	SRPK3	Q9UPE1	567 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	TDRKH	Q9Y2W6	561 aa	Known RBP	3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	SLC22A7	Q9Y694	548 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	URAD	A6NGE7	173 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	TRIM38	O00635	465 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	SLC16A6	O15403	523 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	SEC14L5	O43304	696 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	UFL1	O94874	794 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	ASS1	P00966	412 aa	Known RBP	3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	CAPN1	P07384	714 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	PLEK	P08567	350 aa	Predicted RBP	3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	CYC1	P08574	325 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	CYP21A2	P08686	494 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	HOXD8	P13378	290 aa	Predicted RBP	3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	IL1R1	P14778	569 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	SP100	P23497	879 aa	Predicted RBP	3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	PEX2	P28328	305 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	MAT2A	P31153	395 aa	Known RBP	3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	LEPR	P48357	1165 aa	Known RBP	3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	ARSE	P51690	589 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	MAPK10	P53779	464 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	GLO1	Q04760	184 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	BTK	Q06187	659 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	CHRND	Q07001	517 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	CHAF1B	Q13112	559 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	MADCAM1	Q13477	382 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	ART3	Q13508	389 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	PUM1	Q14671	1186 aa	Known RBP eCLIP	3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	LACTB2	Q53H82	288 aa	Predicted RBP	3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	ATXN7L2	Q5T6C5	722 aa	Predicted RBP	3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	FAM69A	Q5T7M9	428 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	STRIP1	Q5VSL9	837 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	PSRC1	Q6PGN9	363 aa	Predicted RBP	3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	TRAF7	Q6Q0C0	670 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	USP17L6P	Q6QN14	398 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	METAP1D	Q6UB28	335 aa	Predicted RBP	3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	ZSCAN2	Q7Z7L9	614 aa	Predicted RBP	3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	MON1A	Q86VX9	555 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	RALGPS2	Q86X27	583 aa	Predicted RBP	3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	FAM131B	Q86XD5	332 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	SRBD1	Q8N5C6	995 aa	Known RBP	3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	OR10H5	Q8NGA6	315 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	OR2T34	Q8NGX1	318 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	UBA3	Q8TBC4	463 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	FNDC8	Q8TC99	324 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	MCOLN3	Q8TDD5	553 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	AUTS2	Q8WXX7	1259 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	DUS3L	Q96G46	650 aa	Known RBP	3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	ZDHHC12	Q96GR4	267 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	NEURL2	Q9BR09	285 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	KLHL25	Q9H0H3	589 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	NOL6	Q9H6R4	1146 aa	Known RBP	3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	PHAX	Q9H814	394 aa	Known RBP	3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	TMEM160	Q9NX00	188 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	AGO1	Q9UL18	857 aa	Known RBP	3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	PACSIN2	Q9UNF0	486 aa	Predicted RBP	3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	PLAGL2	Q9UPG8	496 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	EIF3L	Q9Y262	564 aa	Known RBP	3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	NPFFR2	Q9Y5X5	522 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	MIA2	Q96PC5	1412 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	LTBP3	Q9NS15	1303 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	FAM47DP	A6NHR8	397 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	SH2B2	O14492	632 aa	Predicted RBP	3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	TERT	O14746	1132 aa	Known RBP	3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	MTX2	O75431	263 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	TMEM63A	O94886	807 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	CDK14	O94921	469 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	NSA2	O95478	260 aa	Known RBP	3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	TFRC	P02786	760 aa	Known RBP	3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	CSH1	P0DML2	217 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	CSH2	P0DML3	217 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	FGFR1	P11362	822 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	NPR1	P16066	1061 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	CYP2B6	P20813	491 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	PTPN6	P29350	595 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	HOXA7	P31268	230 aa	Predicted RBP	3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	HMGCL	P35914	325 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	CCR4	P51679	360 aa		3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	KIF23	Q02241	960 aa	Predicted RBP	3.55	□□□□□ -1.84
UBR3-208	ENST00000474426	SEC23B	Q15437	767 aa		3.55	□□□□□ -1.84

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