RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000565236.1

CLN3-215, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 3

Gene CLN3, Length 582 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-215ENST00000565236 CNTN5O94779 1100 aa23.1■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 ZNF883P0CG24 379 aa23.1■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 VAV1P15498 845 aa23.1■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 GOT1P17174 413 aa23.1■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 FLT3P36888 993 aa23.1■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 GRIA4P48058 902 aa23.1■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 VASPP50552 380 aaPredicted RBP23.1■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 NOMO3P69849 1222 aa23.1■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 ACBD5Q5T8D3 534 aaPredicted RBP23.1■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 NCEH1Q6PIU2 408 aa23.1■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 OR2T34Q8NGX1 318 aa23.1■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 FRS2Q8WU20 508 aa23.1■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 C1orf74Q96LT6 269 aa23.1■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 SPAG5Q96R06 1193 aa23.1■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 SCNM1Q9BWG6 230 aa23.1■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 NLRC4Q9NPP4 1024 aa23.1■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 ANLNQ9NQW6 1124 aa23.1■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 ANKRD6Q9Y2G4 727 aa23.1■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 IGHV4-34P06331 123 aa23.09■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 SOX5P35711 763 aa23.09■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 CDR2Q01850 454 aa23.09■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 KIF19Q2TAC6 998 aa23.09■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 ADAT2Q7Z6V5 191 aaKnown RBP23.09■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 DSG4Q86SJ6 1040 aa23.09■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 AADATQ8N5Z0 425 aa23.09■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 SETD7Q8WTS6 366 aaKnown RBP23.09■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 SLC20A1Q8WUM9 679 aa23.09■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 PCMTD1Q96MG8 357 aaPredicted RBP23.09■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 TMEM59LQ9UK28 342 aa23.09■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 NOCTQ9UK39 431 aaKnown RBP23.09■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 FNDC3AQ9Y2H6 1198 aaKnown RBP23.09■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 DAAM1Q9Y4D1 1078 aa23.09■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 OR51B4Q9Y5P0 310 aa23.09■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 SNX11Q9Y5W9 270 aa23.09■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 SNX10Q9Y5X0 201 aa23.09■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 FRYQ5TBA9 3013 aa23.08■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 I6L893 689 aaPredicted RBP23.08■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 ATP9BO43861 1147 aa23.08■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 TRIM16O95361 564 aa23.08■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 RHOCP08134 193 aa23.08■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 COPB1P53618 953 aaKnown RBP23.08■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 KRT83P78385 493 aa23.08■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 DLG2Q15700 870 aa23.08■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 STX1AQ16623 288 aa23.08■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 ALFQ53S48 1182 aa23.08■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 ARCQ7LC44 396 aa23.08■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 OR14C36Q8NHC7 312 aa23.08■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 OR8D1Q8WZ84 308 aa23.08■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 CFAP57Q96MR6 1250 aa23.08■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 ORAI3Q9BRQ5 295 aa23.08■■□□□ 1.29
CLN3-215ENST00000565236 KMT2BQ9UMN6 2715 aaPredicted RBP23.08■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 CABIN1Q9Y6J0 2220 aa23.07■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 A0A1W2PPC4 97 aa23.07■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 DRGXA6NNA5 263 aa23.07■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 HYAL3O43820 417 aaPredicted RBP23.07■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 CDK11BP21127 795 aaKnown RBP23.07■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 STAT1P42224 750 aa23.07■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 JAM2P57087 298 aa23.07■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 RACK1P63244 317 aaKnown RBP23.07■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 MYL5Q02045 173 aa23.07■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 SUZ12Q15022 739 aaKnown RBP23.07■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 SYCP1Q15431 976 aa23.07■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 ZNF423Q2M1K9 1284 aa23.07■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 FAM46CQ5VWP2 391 aa23.07■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 RAB11FIP1Q6WKZ4 1283 aaPredicted RBP23.07■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 ZNF683Q8IZ20 524 aa23.07■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 HAPLN3Q96S86 360 aa23.07■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 C2orf49Q9BVC5 232 aaPredicted RBP23.07■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 TMPRSS4Q9NRS4 437 aa23.07■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 LIMA1Q9UHB6 759 aaKnown RBP23.07■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 SIK3Q9Y2K2 1263 aa23.07■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 PCDHGB2Q9Y5G2 931 aa23.07■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 TBC1D3DA0A087WVF3 549 aa23.06■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 TBC1D3IA0A087WXS9 549 aa23.06■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 TBC1D3EA0A087X179 549 aa23.06■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 TBC1D3KA0A087X1G2 549 aa23.06■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 TBC1D3FA6NER0 549 aaPredicted RBP23.06■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 TBC1D3LB9A6J9 549 aa23.06■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 EPHB6O15197 1021 aa23.06■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 SRGAP2O75044 1071 aa23.06■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 CYP1A1P04798 512 aaPredicted RBP23.06■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 TBC1D3HP0C7X1 549 aa23.06■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 CHRNB2P17787 502 aa23.06■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 CCR5P51681 352 aa23.06■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 C21orf59P57076 290 aa23.06■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 FMO1Q01740 532 aa23.06■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 TBC1D3GQ6DHY5 549 aa23.06■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 TBC1D3CQ6IPX1 549 aa23.06■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 TRNP1Q6NT89 227 aa23.06■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 LAYNQ6UX15 382 aa23.06■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 UNQ6494/PRO21346Q6UXR6 183 aa23.06■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 SETD3Q86TU7 594 aaPredicted RBP23.06■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 TBC1D3Q8IZP1 549 aaPredicted RBP23.06■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 SH2D3CQ8N5H7 860 aa23.06■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 NEK11Q8NG66 645 aa23.06■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 SKA1Q96BD8 255 aa23.06■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 ACE2Q9BYF1 805 aaPredicted RBP23.06■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 METTL5Q9NRN9 209 aaKnown RBP23.06■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 MPP6Q9NZW5 540 aa23.06■■□□□ 1.28
CLN3-215ENST00000565236 PCOLCE2Q9UKZ9 415 aa23.06■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 45.7 ms