RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000631023.2

CLN3-240, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 5 BASIC

Gene CLN3, Length 1,586 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-240	ENST00000631023	AKAP12	Q02952	1782 aa		29.02	■■■□□ 2.24
CLN3-240	ENST00000631023	NGLY1	Q96IV0	654 aa		29.02	■■■□□ 2.24
CLN3-240	ENST00000631023	ZNF772	Q68DY9	489 aa	Predicted RBP	29.01	■■■□□ 2.24
CLN3-240	ENST00000631023	PLEKHG5	O94827	1062 aa		29.01	■■■□□ 2.23
CLN3-240	ENST00000631023	TMC1	Q8TDI8	760 aa		29.01	■■■□□ 2.23
CLN3-240	ENST00000631023	CABLES1	Q8TDN4	633 aa		29	■■■□□ 2.23
CLN3-240	ENST00000631023	ABCA3	Q99758	1704 aa		28.99	■■■□□ 2.23
CLN3-240	ENST00000631023	EIF4G2	P78344	907 aa	Known RBP eCLIP	28.99	■■■□□ 2.23	1e-9	■■■■□ 22.4
CLN3-240	ENST00000631023	USP6	P35125	1406 aa		28.99	■■■□□ 2.23
CLN3-240	ENST00000631023	CDCA8	Q53HL2	280 aa		28.98	■■■□□ 2.23
CLN3-240	ENST00000631023	ABTB2	Q8N961	1025 aa		28.98	■■■□□ 2.23
CLN3-240	ENST00000631023	AFF2	P51816	1311 aa		28.98	■■■□□ 2.23
CLN3-240	ENST00000631023	ILDR2	Q71H61	639 aa		28.96	■■■□□ 2.23
CLN3-240	ENST00000631023	SLC12A5	Q9H2X9	1139 aa		28.95	■■■□□ 2.22
CLN3-240	ENST00000631023	CPSF1	Q10570	1443 aa	Known RBP	28.94	■■■□□ 2.22
CLN3-240	ENST00000631023	NINL	Q9Y2I6	1382 aa		28.94	■■■□□ 2.22
CLN3-240	ENST00000631023	POTEA	Q6S8J7	498 aa		28.93	■■■□□ 2.22
CLN3-240	ENST00000631023	HDGFL2	Q7Z4V5	671 aa	Predicted RBP	28.93	■■■□□ 2.22
CLN3-240	ENST00000631023	TERF2IP	Q9NYB0	399 aa		28.93	■■■□□ 2.22
CLN3-240	ENST00000631023	KTN1	Q86UP2	1357 aa	Known RBP	28.93	■■■□□ 2.22
CLN3-240	ENST00000631023	NUTM2G	Q5VZR2	741 aa		28.92	■■■□□ 2.22
CLN3-240	ENST00000631023	MON2	Q7Z3U7	1717 aa		28.92	■■■□□ 2.22
CLN3-240	ENST00000631023	CRYBG1	Q9Y4K1	1723 aa		28.92	■■■□□ 2.22
CLN3-240	ENST00000631023	FNBP4	Q8N3X1	1017 aa	Predicted RBP	28.92	■■■□□ 2.22
CLN3-240	ENST00000631023	NLRP13	Q86W25	1043 aa		28.91	■■■□□ 2.22
CLN3-240	ENST00000631023	HSPA5	P11021	654 aa	Known RBP	28.9	■■■□□ 2.22
CLN3-240	ENST00000631023	SSH2	Q76I76	1423 aa		28.9	■■■□□ 2.22
CLN3-240	ENST00000631023	USP21	Q9UK80	565 aa		28.89	■■■□□ 2.22
CLN3-240	ENST00000631023	TTC21B	Q7Z4L5	1316 aa		28.88	■■■□□ 2.21
CLN3-240	ENST00000631023	TTC21A	Q8NDW8	1320 aa		28.88	■■■□□ 2.21
CLN3-240	ENST00000631023	CD163L1	Q9NR16	1453 aa		28.87	■■■□□ 2.21
CLN3-240	ENST00000631023	PHRF1	Q9P1Y6	1649 aa	Known RBP	28.87	■■■□□ 2.21
CLN3-240	ENST00000631023	NLRP6	P59044	892 aa		28.86	■■■□□ 2.21
CLN3-240	ENST00000631023	QTRT2	Q9H974	415 aa	Known RBP	28.85	■■■□□ 2.21
CLN3-240	ENST00000631023	NRK	Q7Z2Y5	1582 aa		28.85	■■■□□ 2.21
CLN3-240	ENST00000631023	PIK3C2A	O00443	1686 aa		28.84	■■■□□ 2.21
CLN3-240	ENST00000631023	NWD2	Q9ULI1	1742 aa		28.83	■■■□□ 2.21
CLN3-240	ENST00000631023		A0A1W2PP64	1363 aa		28.82	■■■□□ 2.2
CLN3-240	ENST00000631023	USP19	O94966	1318 aa		28.82	■■■□□ 2.2
CLN3-240	ENST00000631023	PLCH1	Q4KWH8	1693 aa		28.82	■■■□□ 2.2
CLN3-240	ENST00000631023	FAM83G	A6ND36	823 aa		28.82	■■■□□ 2.2
CLN3-240	ENST00000631023	RXRB	P28702	533 aa		28.82	■■■□□ 2.2
CLN3-240	ENST00000631023	TRPC5	Q9UL62	973 aa	Predicted RBP	28.82	■■■□□ 2.2
CLN3-240	ENST00000631023	SLIT2	O94813	1529 aa		28.81	■■■□□ 2.2
CLN3-240	ENST00000631023	SUGP2	Q8IX01	1082 aa	Known RBP eCLIP	28.81	■■■□□ 2.2
CLN3-240	ENST00000631023	TNKS1BP1	Q9C0C2	1729 aa	Known RBP	28.81	■■■□□ 2.2
CLN3-240	ENST00000631023	COL14A1	Q05707	1796 aa	Known RBP	28.81	■■■□□ 2.2
CLN3-240	ENST00000631023	EDC4	Q6P2E9	1401 aa	Known RBP	28.81	■■■□□ 2.2
CLN3-240	ENST00000631023	BCL9L	Q86UU0	1499 aa		28.8	■■■□□ 2.2
CLN3-240	ENST00000631023	UNC5CL	Q8IV45	518 aa		28.79	■■■□□ 2.2
CLN3-240	ENST00000631023	PRDM11	Q9NQV5	511 aa		28.79	■■■□□ 2.2
CLN3-240	ENST00000631023	ANKRD36B	Q8N2N9	1353 aa		28.79	■■■□□ 2.2
CLN3-240	ENST00000631023	GC	P02774	474 aa		28.79	■■■□□ 2.2
CLN3-240	ENST00000631023	ZC3H6	P61129	1189 aa	Known RBP	28.78	■■■□□ 2.2
CLN3-240	ENST00000631023	RBM6	P78332	1123 aa	Known RBP	28.78	■■■□□ 2.2
CLN3-240	ENST00000631023	KIAA0232	Q92628	1395 aa		28.76	■■■□□ 2.2
CLN3-240	ENST00000631023	ATRN	O75882	1429 aa		28.75	■■■□□ 2.19
CLN3-240	ENST00000631023	POLR3GL	Q9BT43	218 aa		28.75	■■■□□ 2.19
CLN3-240	ENST00000631023	MYOM1	P52179	1685 aa		28.74	■■■□□ 2.19
CLN3-240	ENST00000631023	KCNH5	Q8NCM2	988 aa		28.74	■■■□□ 2.19
CLN3-240	ENST00000631023	SLIT3	O75094	1523 aa		28.74	■■■□□ 2.19
CLN3-240	ENST00000631023	BTG4	Q9NY30	223 aa		28.73	■■■□□ 2.19
CLN3-240	ENST00000631023	CPD	O75976	1380 aa		28.73	■■■□□ 2.19
CLN3-240	ENST00000631023	USP31	Q70CQ4	1352 aa		28.72	■■■□□ 2.19
CLN3-240	ENST00000631023	NME9	Q86XW9	330 aa		28.71	■■■□□ 2.19
CLN3-240	ENST00000631023	USP54	Q70EL1	1684 aa		28.71	■■■□□ 2.19
CLN3-240	ENST00000631023	CHRNA2	Q15822	529 aa		28.7	■■■□□ 2.18
CLN3-240	ENST00000631023	NRAP	Q86VF7	1730 aa		28.69	■■■□□ 2.18
CLN3-240	ENST00000631023	CDK12	Q9NYV4	1490 aa	Predicted RBP	28.69	■■■□□ 2.18
CLN3-240	ENST00000631023	GJD4	Q96KN9	370 aa	Predicted RBP	28.69	■■■□□ 2.18
CLN3-240	ENST00000631023	VPS72	Q15906	364 aa		28.68	■■■□□ 2.18
CLN3-240	ENST00000631023	ZRANB1	Q9UGI0	708 aa		28.67	■■■□□ 2.18
CLN3-240	ENST00000631023	SOCS7	O14512	581 aa		28.67	■■■□□ 2.18
CLN3-240	ENST00000631023	CCDC9	Q9Y3X0	531 aa	Known RBP	28.67	■■■□□ 2.18
CLN3-240	ENST00000631023	SOX12	O15370	315 aa		28.65	■■■□□ 2.18
CLN3-240	ENST00000631023	ZBTB7C	A1YPR0	619 aa		28.64	■■■□□ 2.18
CLN3-240	ENST00000631023	EVA1C	P58658	441 aa		28.63	■■■□□ 2.17
CLN3-240	ENST00000631023	C11orf95	C9JLR9	678 aa	Predicted RBP	28.62	■■■□□ 2.17
CLN3-240	ENST00000631023	COG3	Q96JB2	828 aa		28.62	■■■□□ 2.17
CLN3-240	ENST00000631023	LMO7	Q8WWI1	1683 aa		28.62	■■■□□ 2.17
CLN3-240	ENST00000631023	AATK	Q6ZMQ8	1374 aa		28.61	■■■□□ 2.17
CLN3-240	ENST00000631023	KIF20B	Q96Q89	1820 aa		28.61	■■■□□ 2.17
CLN3-240	ENST00000631023	ARHGEF25	Q86VW2	580 aa		28.61	■■■□□ 2.17
CLN3-240	ENST00000631023	OVOS2	A0A0J9YW53	1432 aa		28.6	■■■□□ 2.17
CLN3-240	ENST00000631023	OVOS2	Q6IE36	1432 aa		28.6	■■■□□ 2.17
CLN3-240	ENST00000631023	NFAT5	O94916	1531 aa		28.6	■■■□□ 2.17
CLN3-240	ENST00000631023	CARD14	Q9BXL6	1004 aa		28.6	■■■□□ 2.17
CLN3-240	ENST00000631023	STRN4	Q9NRL3	753 aa		28.6	■■■□□ 2.17
CLN3-240	ENST00000631023	CAMTA1	Q9Y6Y1	1673 aa		28.6	■■■□□ 2.17
CLN3-240	ENST00000631023	GLI3	P10071	1580 aa		28.59	■■■□□ 2.17
CLN3-240	ENST00000631023	FYB1	O15117	783 aa		28.58	■■■□□ 2.17
CLN3-240	ENST00000631023	LTN1	O94822	1766 aa		28.58	■■■□□ 2.17
CLN3-240	ENST00000631023	COL18A1	P39060	1754 aa		28.58	■■■□□ 2.17
CLN3-240	ENST00000631023	RGPD5	Q99666	1765 aa		28.57	■■■□□ 2.16
CLN3-240	ENST00000631023	RGS12	O14924	1447 aa		28.57	■■■□□ 2.16
CLN3-240	ENST00000631023	NSD3	Q9BZ95	1437 aa		28.57	■■■□□ 2.16
CLN3-240	ENST00000631023	KIF7	Q2M1P5	1343 aa		28.56	■■■□□ 2.16
CLN3-240	ENST00000631023	PANK3	Q9H999	370 aa		28.55	■■■□□ 2.16
CLN3-240	ENST00000631023	SPATA31A5	Q5VU36	1347 aa		28.55	■■■□□ 2.16
CLN3-240	ENST00000631023	SPATA31A7	Q8IWB4	1347 aa		28.55	■■■□□ 2.16

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 14.1 ms