RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000567271.1

NME3-210, Transcript of NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 3, human

TSL 2

Gene NME3, Length 752 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NME3-210	ENST00000567271	PLEKHG5	O94827	1062 aa		30.37	■■■□□ 2.45
NME3-210	ENST00000567271	ZNF772	Q68DY9	489 aa	Predicted RBP	30.37	■■■□□ 2.45
NME3-210	ENST00000567271	ZNF692	Q9BU19	519 aa	Predicted RBP	30.37	■■■□□ 2.45
NME3-210	ENST00000567271	AFF2	P51816	1311 aa		30.37	■■■□□ 2.45
NME3-210	ENST00000567271	TMF1	P82094	1093 aa		30.36	■■■□□ 2.45
NME3-210	ENST00000567271	USP6	P35125	1406 aa		30.36	■■■□□ 2.45
NME3-210	ENST00000567271	HAP1	P54257	671 aa	Predicted RBP	30.35	■■■□□ 2.45
NME3-210	ENST00000567271	CPSF1	Q10570	1443 aa	Known RBP	30.34	■■■□□ 2.45
NME3-210	ENST00000567271	TMC1	Q8TDI8	760 aa		30.34	■■■□□ 2.45
NME3-210	ENST00000567271	SSH2	Q76I76	1423 aa		30.32	■■■□□ 2.44
NME3-210	ENST00000567271	ABTB2	Q8N961	1025 aa		30.32	■■■□□ 2.44
NME3-210	ENST00000567271	SLC12A5	Q9H2X9	1139 aa		30.32	■■■□□ 2.44
NME3-210	ENST00000567271	EIF4G2	P78344	907 aa	Known RBP eCLIP	30.31	■■■□□ 2.44
NME3-210	ENST00000567271	FNBP4	Q8N3X1	1017 aa	Predicted RBP	30.31	■■■□□ 2.44
NME3-210	ENST00000567271	MARF1	Q9Y4F3	1742 aa	Known RBP	30.3	■■■□□ 2.44
NME3-210	ENST00000567271	NUTM2G	Q5VZR2	741 aa		30.3	■■■□□ 2.44
NME3-210	ENST00000567271	ABCA3	Q99758	1704 aa		30.3	■■■□□ 2.44
NME3-210	ENST00000567271	AKAP12	Q02952	1782 aa		30.28	■■■□□ 2.44
NME3-210	ENST00000567271	CD163L1	Q9NR16	1453 aa		30.28	■■■□□ 2.44
NME3-210	ENST00000567271	KTN1	Q86UP2	1357 aa	Known RBP	30.28	■■■□□ 2.44
NME3-210	ENST00000567271	HSPA5	P11021	654 aa	Known RBP	30.27	■■■□□ 2.44
NME3-210	ENST00000567271	CDCA8	Q53HL2	280 aa		30.27	■■■□□ 2.44
NME3-210	ENST00000567271	TTC21B	Q7Z4L5	1316 aa		30.26	■■■□□ 2.44
NME3-210	ENST00000567271	USP21	Q9UK80	565 aa		30.26	■■■□□ 2.43
NME3-210	ENST00000567271	CRYBG1	Q9Y4K1	1723 aa		30.26	■■■□□ 2.43
NME3-210	ENST00000567271	NINL	Q9Y2I6	1382 aa		30.26	■■■□□ 2.43
NME3-210	ENST00000567271	HDGFL2	Q7Z4V5	671 aa	Predicted RBP	30.25	■■■□□ 2.43
NME3-210	ENST00000567271	NLRP13	Q86W25	1043 aa		30.25	■■■□□ 2.43
NME3-210	ENST00000567271	TERF2IP	Q9NYB0	399 aa		30.24	■■■□□ 2.43
NME3-210	ENST00000567271	QTRT2	Q9H974	415 aa	Known RBP	30.23	■■■□□ 2.43
NME3-210	ENST00000567271	FAM83G	A6ND36	823 aa		30.22	■■■□□ 2.43
NME3-210	ENST00000567271	USP19	O94966	1318 aa		30.22	■■■□□ 2.43
NME3-210	ENST00000567271	TTC21A	Q8NDW8	1320 aa		30.22	■■■□□ 2.43
NME3-210	ENST00000567271	BCL9L	Q86UU0	1499 aa		30.21	■■■□□ 2.43
NME3-210	ENST00000567271	NLRP6	P59044	892 aa		30.21	■■■□□ 2.43
NME3-210	ENST00000567271	MON2	Q7Z3U7	1717 aa		30.21	■■■□□ 2.43
NME3-210	ENST00000567271	SLIT2	O94813	1529 aa		30.21	■■■□□ 2.43
NME3-210	ENST00000567271		A0A1W2PP64	1363 aa		30.2	■■■□□ 2.43
NME3-210	ENST00000567271	NRK	Q7Z2Y5	1582 aa		30.19	■■■□□ 2.42
NME3-210	ENST00000567271	PHRF1	Q9P1Y6	1649 aa	Known RBP	30.18	■■■□□ 2.42
NME3-210	ENST00000567271	RXRB	P28702	533 aa		30.18	■■■□□ 2.42
NME3-210	ENST00000567271	TRPC5	Q9UL62	973 aa	Predicted RBP	30.18	■■■□□ 2.42
NME3-210	ENST00000567271	PIK3C2A	O00443	1686 aa		30.17	■■■□□ 2.42
NME3-210	ENST00000567271	UNC5CL	Q8IV45	518 aa		30.16	■■■□□ 2.42
NME3-210	ENST00000567271	SUGP2	Q8IX01	1082 aa	Known RBP eCLIP	30.16	■■■□□ 2.42
NME3-210	ENST00000567271	EDC4	Q6P2E9	1401 aa	Known RBP	30.15	■■■□□ 2.42
NME3-210	ENST00000567271	GC	P02774	474 aa		30.15	■■■□□ 2.42
NME3-210	ENST00000567271	ATRN	O75882	1429 aa		30.14	■■■□□ 2.42
NME3-210	ENST00000567271	ZC3H6	P61129	1189 aa	Known RBP	30.14	■■■□□ 2.42
NME3-210	ENST00000567271	KIAA0232	Q92628	1395 aa		30.14	■■■□□ 2.41
NME3-210	ENST00000567271	RBM6	P78332	1123 aa	Known RBP	30.13	■■■□□ 2.41
NME3-210	ENST00000567271	PRDM11	Q9NQV5	511 aa		30.13	■■■□□ 2.41
NME3-210	ENST00000567271	ANKRD36B	Q8N2N9	1353 aa		30.13	■■■□□ 2.41
NME3-210	ENST00000567271	PLCH1	Q4KWH8	1693 aa		30.11	■■■□□ 2.41
NME3-210	ENST00000567271	COL14A1	Q05707	1796 aa	Known RBP	30.11	■■■□□ 2.41
NME3-210	ENST00000567271	SLIT3	O75094	1523 aa		30.11	■■■□□ 2.41
NME3-210	ENST00000567271	NME9	Q86XW9	330 aa		30.1	■■■□□ 2.41
NME3-210	ENST00000567271	BTG4	Q9NY30	223 aa		30.1	■■■□□ 2.41
NME3-210	ENST00000567271	CPD	O75976	1380 aa		30.1	■■■□□ 2.41
NME3-210	ENST00000567271	TNKS1BP1	Q9C0C2	1729 aa	Known RBP	30.1	■■■□□ 2.41
NME3-210	ENST00000567271	NWD2	Q9ULI1	1742 aa		30.1	■■■□□ 2.41
NME3-210	ENST00000567271	USP31	Q70CQ4	1352 aa		30.09	■■■□□ 2.41
NME3-210	ENST00000567271	ZRANB1	Q9UGI0	708 aa		30.09	■■■□□ 2.41
NME3-210	ENST00000567271	CHRNA2	Q15822	529 aa		30.08	■■■□□ 2.41
NME3-210	ENST00000567271	SOCS7	O14512	581 aa		30.07	■■■□□ 2.4
NME3-210	ENST00000567271	KCNH5	Q8NCM2	988 aa		30.06	■■■□□ 2.4
NME3-210	ENST00000567271	GJD4	Q96KN9	370 aa	Predicted RBP	30.06	■■■□□ 2.4
NME3-210	ENST00000567271	VPS72	Q15906	364 aa		30.05	■■■□□ 2.4
NME3-210	ENST00000567271	POLR3GL	Q9BT43	218 aa		30.05	■■■□□ 2.4
NME3-210	ENST00000567271	CDK12	Q9NYV4	1490 aa	Predicted RBP	30.05	■■■□□ 2.4
NME3-210	ENST00000567271	MYOM1	P52179	1685 aa		30.04	■■■□□ 2.4
NME3-210	ENST00000567271	C11orf95	C9JLR9	678 aa	Predicted RBP	30.04	■■■□□ 2.4
NME3-210	ENST00000567271	NRAP	Q86VF7	1730 aa		30.01	■■■□□ 2.39
NME3-210	ENST00000567271	USP54	Q70EL1	1684 aa		30.01	■■■□□ 2.39
NME3-210	ENST00000567271	CARD14	Q9BXL6	1004 aa		30	■■■□□ 2.39
NME3-210	ENST00000567271	SOX12	O15370	315 aa		29.99	■■■□□ 2.39
NME3-210	ENST00000567271	OVOS2	A0A0J9YW53	1432 aa		29.98	■■■□□ 2.39
NME3-210	ENST00000567271	RGS12	O14924	1447 aa		29.98	■■■□□ 2.39
NME3-210	ENST00000567271	OVOS2	Q6IE36	1432 aa		29.98	■■■□□ 2.39
NME3-210	ENST00000567271	ARHGEF25	Q86VW2	580 aa		29.98	■■■□□ 2.39
NME3-210	ENST00000567271	ZBTB7C	A1YPR0	619 aa		29.97	■■■□□ 2.39
NME3-210	ENST00000567271	CCDC9	Q9Y3X0	531 aa	Known RBP	29.97	■■■□□ 2.39
NME3-210	ENST00000567271	AATK	Q6ZMQ8	1374 aa		29.97	■■■□□ 2.39
NME3-210	ENST00000567271	GLI3	P10071	1580 aa		29.97	■■■□□ 2.39
NME3-210	ENST00000567271	CAMTA1	Q9Y6Y1	1673 aa		29.97	■■■□□ 2.39
NME3-210	ENST00000567271	NFAT5	O94916	1531 aa		29.96	■■■□□ 2.39
NME3-210	ENST00000567271	LMO7	Q8WWI1	1683 aa		29.96	■■■□□ 2.39
NME3-210	ENST00000567271	FYB1	O15117	783 aa		29.95	■■■□□ 2.39
NME3-210	ENST00000567271	STRN4	Q9NRL3	753 aa		29.95	■■■□□ 2.39
NME3-210	ENST00000567271	COG3	Q96JB2	828 aa		29.94	■■■□□ 2.38
NME3-210	ENST00000567271	EVA1C	P58658	441 aa		29.93	■■■□□ 2.38
NME3-210	ENST00000567271	SPATA31A5	Q5VU36	1347 aa		29.93	■■■□□ 2.38
NME3-210	ENST00000567271	SPATA31A7	Q8IWB4	1347 aa		29.93	■■■□□ 2.38
NME3-210	ENST00000567271	NSD3	Q9BZ95	1437 aa		29.92	■■■□□ 2.38
NME3-210	ENST00000567271	KIF7	Q2M1P5	1343 aa		29.92	■■■□□ 2.38
NME3-210	ENST00000567271	GGNBP2	Q9H3C7	697 aa		29.91	■■■□□ 2.38
NME3-210	ENST00000567271	COL18A1	P39060	1754 aa		29.9	■■■□□ 2.38
NME3-210	ENST00000567271	ONECUT3	O60422	494 aa	Predicted RBP	29.9	■■■□□ 2.38
NME3-210	ENST00000567271	AXIN2	Q9Y2T1	843 aa		29.9	■■■□□ 2.38
NME3-210	ENST00000567271	PANK3	Q9H999	370 aa		29.88	■■■□□ 2.37

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