RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000509638.5

LIMCH1-211, Transcript of LIM and calponin homology domains 1, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene LIMCH1, Length 1,570 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1-211ENST00000509638 SSH2Q76I76 1423 aa40.95■■■■■ 4.15
LIMCH1-211ENST00000509638 EDC4Q6P2E9 1401 aaKnown RBP40.95■■■■■ 4.15
LIMCH1-211ENST00000509638 SHPRHQ149N8 1683 aa40.94■■■■■ 4.14
LIMCH1-211ENST00000509638 BRD4O60885 1362 aaPredicted RBP40.93■■■■■ 4.14
LIMCH1-211ENST00000509638 PIK3C2AO00443 1686 aa40.93■■■■■ 4.14
LIMCH1-211ENST00000509638 PAK3O75914 559 aaPredicted RBP40.92■■■■■ 4.14
LIMCH1-211ENST00000509638 SPATA31A3Q5VYP0 1347 aa40.91■■■■■ 4.14
LIMCH1-211ENST00000509638 LRRC59Q96AG4 307 aaKnown RBP40.91■■■■■ 4.14
LIMCH1-211ENST00000509638 NSD3Q9BZ95 1437 aa40.88■■■■■ 4.13
LIMCH1-211ENST00000509638 ZNF316A6NFI3 1004 aaPredicted RBP40.87■■■■■ 4.13
LIMCH1-211ENST00000509638 COL22A1Q8NFW1 1626 aaPredicted RBP40.87■■■■■ 4.13
LIMCH1-211ENST00000509638 TTC21BQ7Z4L5 1316 aa40.87■■■■■ 4.13
LIMCH1-211ENST00000509638 PANK3Q9H999 370 aa40.86■■■■■ 4.13
LIMCH1-211ENST00000509638 KIF20BQ96Q89 1820 aa40.86■■■■■ 4.13
LIMCH1-211ENST00000509638 ARHGEF10O15013 1369 aa40.85■■■■■ 4.13
LIMCH1-211ENST00000509638 PNPLA6Q8IY17 1366 aa40.85■■■■■ 4.13
LIMCH1-211ENST00000509638 LMOD2Q6P5Q4 547 aa40.85■■■■■ 4.13
LIMCH1-211ENST00000509638 JCADQ9P266 1359 aa40.84■■■■■ 4.13
LIMCH1-211ENST00000509638 ILDR1Q86SU0 546 aaPredicted RBP40.84■■■■■ 4.13
LIMCH1-211ENST00000509638 SUGP2Q8IX01 1082 aaKnown RBP eCLIP40.83■■■■■ 4.13
LIMCH1-211ENST00000509638 CARD14Q9BXL6 1004 aa40.83■■■■■ 4.13
LIMCH1-211ENST00000509638 TTC21AQ8NDW8 1320 aa40.83■■■■■ 4.13
LIMCH1-211ENST00000509638 ABCA3Q99758 1704 aa40.82■■■■■ 4.12
LIMCH1-211ENST00000509638 MED1Q15648 1581 aaPredicted RBP40.81■■■■■ 4.12
LIMCH1-211ENST00000509638 MARF1Q9Y4F3 1742 aaKnown RBP40.81■■■■■ 4.12
LIMCH1-211ENST00000509638 CRYBG1Q9Y4K1 1723 aa40.81■■■■■ 4.12
LIMCH1-211ENST00000509638 USP54Q70EL1 1684 aa40.79■■■■■ 4.12
LIMCH1-211ENST00000509638 ABTB2Q8N961 1025 aa40.78■■■■■ 4.12
LIMCH1-211ENST00000509638 PHRF1Q9P1Y6 1649 aaKnown RBP40.76■■■■■ 4.12
LIMCH1-211ENST00000509638 NUTM2GQ5VZR2 741 aa40.75■■■■■ 4.11
LIMCH1-211ENST00000509638 NME9Q86XW9 330 aa40.74■■■■■ 4.11
LIMCH1-211ENST00000509638 ANKRD26Q9UPS8 1709 aa40.7■■■■■ 4.11
LIMCH1-211ENST00000509638 PLEKHG5O94827 1062 aa40.69■■■■■ 4.11
LIMCH1-211ENST00000509638 CGNL1Q0VF96 1302 aa40.69■■■■■ 4.1
LIMCH1-211ENST00000509638 OVOS2A0A0J9YW53 1432 aa40.68■■■■■ 4.1
LIMCH1-211ENST00000509638 OVOS2Q6IE36 1432 aa40.68■■■■■ 4.1
LIMCH1-211ENST00000509638 NLRP6P59044 892 aa40.67■■■■■ 4.1
LIMCH1-211ENST00000509638 DDX10Q13206 875 aaKnown RBP40.66■■■■■ 4.1
LIMCH1-211ENST00000509638 KNSTRNQ9Y448 316 aa40.66■■■■■ 4.1
LIMCH1-211ENST00000509638 USP31Q70CQ4 1352 aa40.66■■■■■ 4.1
LIMCH1-211ENST00000509638 ZRANB1Q9UGI0 708 aa40.65■■■■■ 4.1
LIMCH1-211ENST00000509638 SLIT3O75094 1523 aa40.65■■■■■ 4.1
LIMCH1-211ENST00000509638 USP19O94966 1318 aa40.65■■■■■ 4.1
LIMCH1-211ENST00000509638 SPATA31A6Q5VVP1 1343 aa40.64■■■■■ 4.1
LIMCH1-211ENST00000509638 NLRP13Q86W25 1043 aa40.64■■■■■ 4.1
LIMCH1-211ENST00000509638 CABLES1Q8TDN4 633 aa40.64■■■■■ 4.1
LIMCH1-211ENST00000509638 FYB1O15117 783 aa40.63■■■■■ 4.09
LIMCH1-211ENST00000509638 PER1O15534 1290 aaPredicted RBP40.62■■■■■ 4.09
LIMCH1-211ENST00000509638 GGNBP2Q9H3C7 697 aa40.61■■■■■ 4.09
LIMCH1-211ENST00000509638 LRP6O75581 1613 aa40.61■■■■■ 4.09
LIMCH1-211ENST00000509638 NUTM2BA6NNL0 878 aaPredicted RBP40.57■■■■■ 4.09
LIMCH1-211ENST00000509638 NUTM2EB1AL46 878 aaPredicted RBP40.57■■■■■ 4.09
LIMCH1-211ENST00000509638 NUTM2AQ8IVF1 878 aaPredicted RBP40.57■■■■■ 4.09
LIMCH1-211ENST00000509638 NSD2O96028 1365 aa40.57■■■■■ 4.09
LIMCH1-211ENST00000509638 HAP1P54257 671 aaPredicted RBP40.57■■■■■ 4.08
LIMCH1-211ENST00000509638 COG3Q96JB2 828 aa40.57■■■■■ 4.08
LIMCH1-211ENST00000509638 AMER1Q5JTC6 1135 aaPredicted RBP40.56■■■■■ 4.08
LIMCH1-211ENST00000509638 NFAT5O94916 1531 aa40.55■■■■■ 4.08
LIMCH1-211ENST00000509638 SOX12O15370 315 aa40.49■■■■■ 4.07
LIMCH1-211ENST00000509638 LTN1O94822 1766 aa40.49■■■■■ 4.07
LIMCH1-211ENST00000509638 GCP02774 474 aa40.48■■■■■ 4.07
LIMCH1-211ENST00000509638 NPC1L1Q9UHC9 1359 aa40.48■■■■■ 4.07
LIMCH1-211ENST00000509638 ADAMTS2O95450 1211 aa40.46■■■■■ 4.07
LIMCH1-211ENST00000509638 CC2D1BQ5T0F9 858 aaKnown RBP40.45■■■■■ 4.07
LIMCH1-211ENST00000509638 KCNH5Q8NCM2 988 aa40.45■■■■■ 4.07
LIMCH1-211ENST00000509638 CNGB1Q14028 1251 aaPredicted RBP40.43■■■■■ 4.06
LIMCH1-211ENST00000509638 KIAA0232Q92628 1395 aa40.42■■■■■ 4.06
LIMCH1-211ENST00000509638 ZC3H6P61129 1189 aaKnown RBP40.41■■■■■ 4.06
LIMCH1-211ENST00000509638 PLCH1Q4KWH8 1693 aa40.41■■■■■ 4.06
LIMCH1-211ENST00000509638 CPDO75976 1380 aa40.4■■■■■ 4.06
LIMCH1-211ENST00000509638 COL14A1Q05707 1796 aaKnown RBP40.4■■■■■ 4.06
LIMCH1-211ENST00000509638 MEX3CQ5U5Q3 659 aaKnown RBP40.39■■■■■ 4.06
LIMCH1-211ENST00000509638 MORC1Q86VD1 984 aa40.38■■■■■ 4.05
LIMCH1-211ENST00000509638 MAP2P11137 1827 aaKnown RBP40.36■■■■■ 4.05
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LIMCH1-211ENST00000509638 TNNT2P45379 298 aaPredicted RBP40.35■■■■■ 4.05
LIMCH1-211ENST00000509638 FBLN1P23142 703 aa40.34■■■■■ 4.05
LIMCH1-211ENST00000509638 LMO7Q8WWI1 1683 aa40.34■■■■■ 4.05
LIMCH1-211ENST00000509638 ZBTB7CA1YPR0 619 aa40.33■■■■■ 4.05
LIMCH1-211ENST00000509638 C8orf37Q96NL8 207 aa40.33■■■■■ 4.05
LIMCH1-211ENST00000509638 COL18A1P39060 1754 aa40.32■■■■■ 4.05
LIMCH1-211ENST00000509638 NWD2Q9ULI1 1742 aa40.3■■■■■ 4.04
LIMCH1-211ENST00000509638 AATKQ6ZMQ8 1374 aa40.3■■■■■ 4.04
LIMCH1-211ENST00000509638 CHRNA2Q15822 529 aa40.3■■■■■ 4.04
LIMCH1-211ENST00000509638 ARHGEF25Q86VW2 580 aa40.3■■■■■ 4.04
LIMCH1-211ENST00000509638 ABCC6O95255 1503 aa40.3■■■■■ 4.04
LIMCH1-211ENST00000509638 PEAK1Q9H792 1746 aa40.29■■■■■ 4.04
LIMCH1-211ENST00000509638 RGPD5Q99666 1765 aa40.29■■■■■ 4.04
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LIMCH1-211ENST00000509638 NRAPQ86VF7 1730 aa40.26■■■■■ 4.04
LIMCH1-211ENST00000509638 SLIT2O94813 1529 aa40.24■■■■■ 4.03
LIMCH1-211ENST00000509638 PARD3Q8TEW0 1356 aa40.24■■■■■ 4.03
LIMCH1-211ENST00000509638 NGLY1Q96IV0 654 aa40.24■■■■■ 4.03
LIMCH1-211ENST00000509638 RTL1A6NKG5 1358 aa40.22■■■■■ 4.03
LIMCH1-211ENST00000509638 CAMTA1Q9Y6Y1 1673 aa40.22■■■■■ 4.03
LIMCH1-211ENST00000509638 TNKS1BP1Q9C0C2 1729 aaKnown RBP40.21■■■■■ 4.03
LIMCH1-211ENST00000509638 SMG6Q86US8 1419 aaKnown RBP40.21■■■■■ 4.03
LIMCH1-211ENST00000509638 EMILIN1Q9Y6C2 1016 aa40.21■■■■■ 4.03
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