RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000476739.5

HDAC3-208, Transcript of histone deacetylase 3, human

TSL 3

Gene HDAC3, Length 422 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
HDAC3-208	ENST00000476739	HSPA5	P11021	654 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
HDAC3-208	ENST00000476739	NUTM2G	Q5VZR2	741 aa		13.62	□□□□□ -0.23
HDAC3-208	ENST00000476739	POTEA	Q6S8J7	498 aa		13.62	□□□□□ -0.23
HDAC3-208	ENST00000476739	TMC1	Q8TDI8	760 aa		13.62	□□□□□ -0.23
HDAC3-208	ENST00000476739	USP6	P35125	1406 aa		13.62	□□□□□ -0.23
HDAC3-208	ENST00000476739	SSH2	Q76I76	1423 aa		13.62	□□□□□ -0.23
HDAC3-208	ENST00000476739	CRYBG1	Q9Y4K1	1723 aa		13.61	□□□□□ -0.23
HDAC3-208	ENST00000476739	TMF1	P82094	1093 aa		13.61	□□□□□ -0.23
HDAC3-208	ENST00000476739	CPSF1	Q10570	1443 aa	Known RBP	13.61	□□□□□ -0.23
HDAC3-208	ENST00000476739	MARF1	Q9Y4F3	1742 aa	Known RBP	13.61	□□□□□ -0.23
HDAC3-208	ENST00000476739	EIF4G2	P78344	907 aa	Known RBP eCLIP	13.6	□□□□□ -0.23
HDAC3-208	ENST00000476739	PUS7	Q96PZ0	661 aa	Known RBP	13.6	□□□□□ -0.23
HDAC3-208	ENST00000476739	AFF2	P51816	1311 aa		13.6	□□□□□ -0.23
HDAC3-208	ENST00000476739	ABTB2	Q8N961	1025 aa		13.59	□□□□□ -0.23
HDAC3-208	ENST00000476739	NGLY1	Q96IV0	654 aa		13.59	□□□□□ -0.23
HDAC3-208	ENST00000476739	NRK	Q7Z2Y5	1582 aa		13.58	□□□□□ -0.23
HDAC3-208	ENST00000476739	MON2	Q7Z3U7	1717 aa		13.58	□□□□□ -0.24
HDAC3-208	ENST00000476739		A0A1W2PP64	1363 aa		13.58	□□□□□ -0.24
HDAC3-208	ENST00000476739	KTN1	Q86UP2	1357 aa	Known RBP	13.58	□□□□□ -0.24
HDAC3-208	ENST00000476739	PIK3C2A	O00443	1686 aa		13.57	□□□□□ -0.24
HDAC3-208	ENST00000476739	SLC24A1	O60721	1099 aa		13.57	□□□□□ -0.24
HDAC3-208	ENST00000476739	HAP1	P54257	671 aa	Predicted RBP	13.57	□□□□□ -0.24
HDAC3-208	ENST00000476739	ZNF692	Q9BU19	519 aa	Predicted RBP	13.57	□□□□□ -0.24
HDAC3-208	ENST00000476739	TTC21B	Q7Z4L5	1316 aa		13.57	□□□□□ -0.24
HDAC3-208	ENST00000476739	PHRF1	Q9P1Y6	1649 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
HDAC3-208	ENST00000476739	C11orf95	C9JLR9	678 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24
HDAC3-208	ENST00000476739	FNBP4	Q8N3X1	1017 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24
HDAC3-208	ENST00000476739	FAM83G	A6ND36	823 aa		13.55	□□□□□ -0.24
HDAC3-208	ENST00000476739	ZNF772	Q68DY9	489 aa	Predicted RBP	13.55	□□□□□ -0.24
HDAC3-208	ENST00000476739	SUGP2	Q8IX01	1082 aa	Known RBP eCLIP	13.55	□□□□□ -0.24
HDAC3-208	ENST00000476739	ZRANB1	Q9UGI0	708 aa		13.55	□□□□□ -0.24
HDAC3-208	ENST00000476739	USP21	Q9UK80	565 aa		13.55	□□□□□ -0.24
HDAC3-208	ENST00000476739	MYOM1	P52179	1685 aa		13.55	□□□□□ -0.24
HDAC3-208	ENST00000476739	BRD4	O60885	1362 aa	Predicted RBP	13.55	□□□□□ -0.24
HDAC3-208	ENST00000476739	BCL9L	Q86UU0	1499 aa		13.55	□□□□□ -0.24
HDAC3-208	ENST00000476739	NLRP6	P59044	892 aa		13.54	□□□□□ -0.24
HDAC3-208	ENST00000476739	HDGFL2	Q7Z4V5	671 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
HDAC3-208	ENST00000476739	USP19	O94966	1318 aa		13.54	□□□□□ -0.24
HDAC3-208	ENST00000476739	SLIT2	O94813	1529 aa		13.54	□□□□□ -0.24
HDAC3-208	ENST00000476739	ZC3H6	P61129	1189 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
HDAC3-208	ENST00000476739	NLRP13	Q86W25	1043 aa		13.53	□□□□□ -0.24
HDAC3-208	ENST00000476739	NME9	Q86XW9	330 aa		13.53	□□□□□ -0.24
HDAC3-208	ENST00000476739	TERF2IP	Q9NYB0	399 aa		13.53	□□□□□ -0.24
HDAC3-208	ENST00000476739	TTC21A	Q8NDW8	1320 aa		13.53	□□□□□ -0.24
HDAC3-208	ENST00000476739	NINL	Q9Y2I6	1382 aa		13.53	□□□□□ -0.24
HDAC3-208	ENST00000476739	PLCH1	Q4KWH8	1693 aa		13.53	□□□□□ -0.24
HDAC3-208	ENST00000476739	CDCA8	Q53HL2	280 aa		13.52	□□□□□ -0.25
HDAC3-208	ENST00000476739	POLR3GL	Q9BT43	218 aa		13.52	□□□□□ -0.25
HDAC3-208	ENST00000476739	QTRT2	Q9H974	415 aa	Known RBP	13.52	□□□□□ -0.25
HDAC3-208	ENST00000476739	ANKRD36B	Q8N2N9	1353 aa		13.52	□□□□□ -0.25
HDAC3-208	ENST00000476739	KIAA0232	Q92628	1395 aa		13.52	□□□□□ -0.25
HDAC3-208	ENST00000476739	SLIT3	O75094	1523 aa		13.51	□□□□□ -0.25
HDAC3-208	ENST00000476739	EDC4	Q6P2E9	1401 aa	Known RBP	13.51	□□□□□ -0.25
HDAC3-208	ENST00000476739	GC	P02774	474 aa		13.51	□□□□□ -0.25
HDAC3-208	ENST00000476739	CHRNA2	Q15822	529 aa		13.51	□□□□□ -0.25
HDAC3-208	ENST00000476739	CARD14	Q9BXL6	1004 aa		13.5	□□□□□ -0.25
HDAC3-208	ENST00000476739	PRDM11	Q9NQV5	511 aa		13.5	□□□□□ -0.25
HDAC3-208	ENST00000476739	COL14A1	Q05707	1796 aa	Known RBP	13.5	□□□□□ -0.25
HDAC3-208	ENST00000476739	ATRN	O75882	1429 aa		13.49	□□□□□ -0.25
HDAC3-208	ENST00000476739	SOX12	O15370	315 aa		13.49	□□□□□ -0.25
HDAC3-208	ENST00000476739	UNC5CL	Q8IV45	518 aa		13.49	□□□□□ -0.25
HDAC3-208	ENST00000476739	BTG4	Q9NY30	223 aa		13.49	□□□□□ -0.25
HDAC3-208	ENST00000476739	TRPC5	Q9UL62	973 aa	Predicted RBP	13.49	□□□□□ -0.25
HDAC3-208	ENST00000476739	NRAP	Q86VF7	1730 aa		13.49	□□□□□ -0.25
HDAC3-208	ENST00000476739	TNKS1BP1	Q9C0C2	1729 aa	Known RBP	13.49	□□□□□ -0.25
HDAC3-208	ENST00000476739	NWD2	Q9ULI1	1742 aa		13.49	□□□□□ -0.25
HDAC3-208	ENST00000476739	USP31	Q70CQ4	1352 aa		13.48	□□□□□ -0.25
HDAC3-208	ENST00000476739	RXRB	P28702	533 aa		13.48	□□□□□ -0.25
HDAC3-208	ENST00000476739	CPD	O75976	1380 aa		13.47	□□□□□ -0.25
HDAC3-208	ENST00000476739	USP54	Q70EL1	1684 aa		13.47	□□□□□ -0.25
HDAC3-208	ENST00000476739	KIF7	Q2M1P5	1343 aa		13.46	□□□□□ -0.25
HDAC3-208	ENST00000476739	NFAT5	O94916	1531 aa		13.46	□□□□□ -0.25
HDAC3-208	ENST00000476739	ZBTB7C	A1YPR0	619 aa		13.46	□□□□□ -0.25
HDAC3-208	ENST00000476739	RBM6	P78332	1123 aa	Known RBP	13.46	□□□□□ -0.25
HDAC3-208	ENST00000476739	LMO7	Q8WWI1	1683 aa		13.46	□□□□□ -0.26
HDAC3-208	ENST00000476739	CAMTA1	Q9Y6Y1	1673 aa		13.46	□□□□□ -0.26
HDAC3-208	ENST00000476739	OVOS2	A0A0J9YW53	1432 aa		13.46	□□□□□ -0.26
HDAC3-208	ENST00000476739	OVOS2	Q6IE36	1432 aa		13.46	□□□□□ -0.26
HDAC3-208	ENST00000476739	GLI3	P10071	1580 aa		13.45	□□□□□ -0.26
HDAC3-208	ENST00000476739	FYB1	O15117	783 aa		13.45	□□□□□ -0.26
HDAC3-208	ENST00000476739	FBLN1	P23142	703 aa		13.45	□□□□□ -0.26
HDAC3-208	ENST00000476739	GJD4	Q96KN9	370 aa	Predicted RBP	13.45	□□□□□ -0.26
HDAC3-208	ENST00000476739	NSD3	Q9BZ95	1437 aa		13.45	□□□□□ -0.26
HDAC3-208	ENST00000476739	COL18A1	P39060	1754 aa		13.45	□□□□□ -0.26
HDAC3-208	ENST00000476739	VPS72	Q15906	364 aa		13.44	□□□□□ -0.26
HDAC3-208	ENST00000476739	ARHGEF25	Q86VW2	580 aa		13.44	□□□□□ -0.26
HDAC3-208	ENST00000476739	GGNBP2	Q9H3C7	697 aa		13.44	□□□□□ -0.26
HDAC3-208	ENST00000476739	AXIN2	Q9Y2T1	843 aa		13.44	□□□□□ -0.26
HDAC3-208	ENST00000476739	RGS12	O14924	1447 aa		13.44	□□□□□ -0.26
HDAC3-208	ENST00000476739	KCNH5	Q8NCM2	988 aa		13.43	□□□□□ -0.26
HDAC3-208	ENST00000476739	PANK3	Q9H999	370 aa		13.43	□□□□□ -0.26
HDAC3-208	ENST00000476739	STRN4	Q9NRL3	753 aa		13.43	□□□□□ -0.26
HDAC3-208	ENST00000476739	KIF20B	Q96Q89	1820 aa		13.42	□□□□□ -0.26
HDAC3-208	ENST00000476739	PELP1	Q8IZL8	1130 aa	Known RBP	13.42	□□□□□ -0.26
HDAC3-208	ENST00000476739	CCDC9	Q9Y3X0	531 aa	Known RBP	13.42	□□□□□ -0.26
HDAC3-208	ENST00000476739	RGPD5	Q99666	1765 aa		13.42	□□□□□ -0.26
HDAC3-208	ENST00000476739	AATK	Q6ZMQ8	1374 aa		13.42	□□□□□ -0.26
HDAC3-208	ENST00000476739	CDK12	Q9NYV4	1490 aa	Predicted RBP	13.42	□□□□□ -0.26
HDAC3-208	ENST00000476739	WASHC2A	Q641Q2	1341 aa		13.41	□□□□□ -0.26
HDAC3-208	ENST00000476739	LARP1	Q6PKG0	1096 aa	Known RBP	13.41	□□□□□ -0.26

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