RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000541410.1

CLIP1-216, Transcript of CAP-Gly domain containing linker protein 1, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene CLIP1, Length 2,379 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP1-216ENST00000541410 CRIPAKQ8N1N5 446 aa14.9□□□□□ -0.02
CLIP1-216ENST00000541410 FBXO32Q969P5 355 aa14.9□□□□□ -0.02
CLIP1-216ENST00000541410 STAMBPL1Q96FJ0 436 aa14.9□□□□□ -0.02
CLIP1-216ENST00000541410 ZNF419Q96HQ0 510 aaPredicted RBP14.9□□□□□ -0.02
CLIP1-216ENST00000541410 VANGL2Q9ULK5 521 aa14.9□□□□□ -0.02
CLIP1-216ENST00000541410 HS3ST4Q9Y661 456 aa14.9□□□□□ -0.02
CLIP1-216ENST00000541410 MICAL3Q7RTP6 2002 aa14.9□□□□□ -0.02
CLIP1-216ENST00000541410 HGSO14964 777 aaPredicted RBP14.89□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 TYROBPO43914 113 aa14.89□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 ADRA1DP25100 572 aa14.89□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 GALNT2Q10471 571 aa14.89□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 PSMD5Q16401 504 aa14.89□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 LVRNQ6Q4G3 990 aa14.89□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 MON1AQ86VX9 555 aa14.89□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 LRRC6Q86X45 466 aa14.89□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 TCP10LQ8TDR4 215 aa14.89□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 DENND1AQ8TEH3 1009 aa14.89□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 FUBP3Q96I24 572 aaKnown RBP eCLIP14.89□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 CCDC134Q9H6E4 229 aa14.89□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 XAB2Q9HCS7 855 aaKnown RBP14.89□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 SCML2Q9UQR0 700 aa14.89□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 COL4A4P53420 1690 aaPredicted RBP14.89□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 TRIM49D1C9J1S8 452 aa14.89□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 ASMTLO95671 621 aa14.89□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 MT-ND3P03897 115 aa14.89□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 PYGBP11216 843 aa14.89□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 TPH1P17752 444 aa14.89□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 SERPINB6P35237 376 aa14.89□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 DNAJC3Q13217 504 aa14.89□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 SPRED3Q2MJR0 410 aa14.89□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 PIK3R6Q5UE93 754 aa14.89□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 SLC39A5Q6ZMH5 540 aa14.89□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 GSDMBQ8TAX9 411 aa14.89□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 ARNTL2Q8WYA1 636 aa14.89□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 HDAC11Q96DB2 347 aa14.89□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 C8orf48Q96LL4 319 aa14.89□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 FRMD8Q9BZ67 464 aaPredicted RBP14.89□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 SLC39A8Q9C0K1 460 aa14.89□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 OSBPL2Q9H1P3 480 aa14.89□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 OGDHLQ9ULD0 1010 aa14.89□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 BPTFQ12830 3046 aa14.88□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 E9PAM4 449 aa14.88□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 MYO1CO00159 1063 aa14.88□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 COL6A1P12109 1028 aa14.88□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 YWHAQP27348 245 aa14.88□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 GBP2P32456 591 aaPredicted RBP14.88□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 SARNPP82979 210 aaKnown RBP14.88□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 ARTNQ5T4W7 220 aa14.88□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 C10orf67Q8IYJ2 551 aa14.88□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 SPATA22Q8NHS9 363 aa14.88□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 MLPHQ9BV36 600 aaPredicted RBP14.88□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 FBXO44Q9H4M3 255 aa14.88□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 SLCO1B3Q9NPD5 702 aa14.88□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 ATP11BQ9Y2G3 1177 aa14.88□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 PCDHA11Q9Y5I1 949 aa14.88□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 ARHGAP42A6NI28 874 aa14.88□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 SDR42E2A6NKP2 422 aa14.88□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 PRPF4O43172 522 aaKnown RBP eCLIP14.88□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 TAC1P20366 129 aa14.88□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 PLXNA3P51805 1871 aa14.88□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 IL9RQ01113 521 aa14.88□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 TEX44Q53QW1 395 aa14.88□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 BRMS1LQ5PSV4 323 aa14.88□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 C10orf120Q5SQS8 335 aa14.88□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 MROH9Q5TGP6 573 aa14.88□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 LRRC8BQ6P9F7 803 aa14.88□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 KDELC2Q7Z4H8 507 aa14.88□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 SLC26A11Q86WA9 606 aa14.88□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 ARHGAP12Q8IWW6 846 aa14.88□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 CNTD1Q8N815 330 aa14.88□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 DNAAF3Q8N9W5 541 aa14.88□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 HAPLN3Q96S86 360 aa14.88□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 TTPALQ9BTX7 342 aa14.88□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 TRIM62Q9BVG3 475 aa14.88□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 CCSER2Q9H7U1 834 aa14.88□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 PRDM16Q9HAZ2 1276 aa14.88□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 SAMD15Q9P1V8 674 aa14.88□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 IGSF9Q9P2J2 1179 aa14.88□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 FETUBQ9UGM5 382 aa14.88□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 DOCK4Q8N1I0 1966 aa14.87□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 IQANK1A0A1B0GTG1 560 aa14.87□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 KCNU1A8MYU2 1149 aa14.87□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 ATP9BO43861 1147 aa14.87□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 SPAG6O75602 509 aa14.87□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 MT-CYBP00156 380 aaPredicted RBP14.87□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 TSHRP16473 764 aa14.87□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 MX2P20592 715 aa14.87□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 ALDH7A1P49419 539 aaKnown RBP14.87□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 MNX1P50219 401 aaPredicted RBP14.87□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 TBX4P57082 545 aa14.87□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 HHATQ5VTY9 493 aa14.87□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 CIR1Q86X95 450 aaPredicted RBP14.87□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 LRRC39Q96DD0 335 aa14.87□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 TBC1D31Q96DN5 1066 aa14.87□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 OXNAD1Q96HP4 312 aaPredicted RBP14.87□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 SGSM3Q96HU1 749 aa14.87□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 MAGEB18Q96M61 343 aa14.87□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 SERPINB11Q96P15 392 aa14.87□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 PPCSQ9HAB8 311 aa14.87□□□□□ -0.03
CLIP1-216ENST00000541410 SENP1Q9P0U3 644 aa14.87□□□□□ -0.03
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 24.8 ms