RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	GJA4	P35212	333 aa		9.24	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	COPB1	P53618	953 aa	Known RBP	9.24	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	SEC13	P55735	322 aa		9.24	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	UBASH3A	P57075	661 aa		9.24	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	YWHAE	P62258	255 aa	Known RBP	9.24	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	AMPD2	Q01433	879 aa		9.24	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	UBXN1	Q04323	297 aa		9.24	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	PPP3CA	Q08209	521 aa		9.24	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	IQCB1	Q15051	598 aa		9.24	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	TEAD4	Q15561	434 aa		9.24	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	ZNF699	Q32M78	642 aa		9.24	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	ZACN	Q401N2	412 aa		9.24	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	TDRD10	Q5VZ19	366 aa	Known RBP	9.24	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	WSCD1	Q658N2	575 aa		9.24	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	KIAA1211L	Q6NV74	962 aa		9.24	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	FIGNL1	Q6PIW4	674 aa		9.24	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	SYT13	Q7L8C5	426 aa		9.24	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	DPH6	Q7L8W6	267 aa		9.24	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	NLRP8	Q86W28	1048 aa		9.24	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	SPPL2B	Q8TCT7	592 aa		9.24	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	MRPS31	Q92665	395 aa	Known RBP	9.24	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	EZH1	Q92800	747 aa	Predicted RBP	9.24	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	SLC35C1	Q96A29	364 aa		9.24	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	MED15	Q96RN5	788 aa		9.24	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	CYP2S1	Q96SQ9	504 aa		9.24	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	PI4K2A	Q9BTU6	479 aa		9.24	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	SCNM1	Q9BWG6	230 aa		9.24	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	SNX25	Q9H3E2	840 aa		9.24	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	TRPC7	Q9HCX4	862 aa		9.24	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	TMLHE	Q9NVH6	421 aa		9.24	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	TAB2	Q9NYJ8	693 aa		9.24	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	HSFX1	Q9UBD0	423 aa		9.24	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	LIMA1	Q9UHB6	759 aa	Known RBP	9.24	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	ATXN7L1	Q9ULK2	861 aa	Predicted RBP	9.24	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	SNX9	Q9Y5X1	595 aa		9.24	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	WNT6	Q9Y6F9	365 aa		9.24	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	GOLGA4	Q13439	2230 aa	Known RBP	9.23	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	LRRC10B	A6NIK2	292 aa		9.23	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	PMM2	O15305	246 aa		9.23	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	FAM163B	P0C2L3	166 aa		9.23	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	BCKDHB	P21953	392 aa		9.23	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	IFNAR2	P48551	515 aa		9.23	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	LHX1	P48742	406 aa		9.23	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	DHPS	P49366	369 aa	Predicted RBP	9.23	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	MYL6	P60660	151 aa		9.23	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	IRX4	P78413	519 aa		9.23	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	LRMP	Q12912	555 aa		9.23	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	MTF1	Q14872	753 aa		9.23	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	KRT31	Q15323	416 aa		9.23	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	DDR2	Q16832	855 aa		9.23	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	EXOC3L4	Q17RC7	722 aa		9.23	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	FBXO43	Q4G163	708 aa		9.23	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	C2orf27A	Q580R0	203 aa		9.23	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	CDKAL1	Q5VV42	579 aa		9.23	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	LYPD4	Q6UWN0	246 aa		9.23	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	IRF2BP1	Q8IU81	584 aa		9.23	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	TMEM86A	Q8N2M4	240 aa		9.23	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	CPA6	Q8N4T0	437 aa		9.23	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	TTC39C	Q8N584	583 aa		9.23	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	DEFB124	Q8NES8	71 aa		9.23	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	OR6B3	Q8NGW1	331 aa		9.23	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	PLEKHO2	Q8TD55	490 aa		9.23	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	TAS1R2	Q8TE23	839 aa		9.23	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	ZDHHC1	Q8WTX9	485 aa		9.23	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	PIGK	Q92643	395 aa		9.23	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	CD101	Q93033	1021 aa		9.23	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	NT5C1B	Q96P26	610 aa		9.23	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	SLC22A12	Q96S37	553 aa		9.23	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	ECT2	Q9H8V3	914 aa		9.23	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	KIF9	Q9HAQ2	790 aa		9.23	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	TMEM9B	Q9NQ34	198 aa		9.23	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	DUS2	Q9NX74	493 aa	Known RBP	9.23	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	PCDHB5	Q9Y5E4	795 aa		9.23	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	PCDH15	Q96QU1	1955 aa		9.23	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	ANKRD11	Q6UB99	2663 aa	Predicted RBP	9.22	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	GTPBP10	A4D1E9	387 aa	Known RBP	9.22	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	CDX4	O14627	284 aa	Predicted RBP	9.22	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	DKK1	O94907	266 aa		9.22	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	CKM	P06732	381 aa		9.22	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	CELA2B	P08218	269 aa	Predicted RBP	9.22	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	CSH1	P0DML2	217 aa		9.22	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	CSH2	P0DML3	217 aa		9.22	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	TBXAS1	P24557	533 aa	Predicted RBP	9.22	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	ACAT1	P24752	427 aa	Known RBP	9.22	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	CYP2F1	P24903	491 aa		9.22	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	DDX6	P26196	483 aa	Known RBP eCLIP	9.22	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	GNL1	P36915	607 aa	Predicted RBP	9.22	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	MAP2K3	P46734	347 aa		9.22	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	MFAP3	P55082	362 aa		9.22	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	FANCC	Q00597	558 aa		9.22	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	NCAPH	Q15003	741 aa		9.22	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	PDGFRL	Q15198	375 aa		9.22	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	CBWD6	Q4V339	395 aa		9.22	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	USP39	Q53GS9	565 aa	Known RBP	9.22	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	ARSJ	Q5FYB0	599 aa	Predicted RBP	9.22	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	CBWD3	Q5JTY5	395 aa		9.22	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	TBCEL	Q5QJ74	424 aa		9.22	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	CBWD5	Q5RIA9	395 aa		9.22	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	C1orf220	Q5T0J3	134 aa		9.22	□□□□□ -0.93
USP4-213	ENST00000488520	PMS2CL	Q68D20	193 aa		9.22	□□□□□ -0.93

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