RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000470531.5

CHD3-208, Transcript of chromodomain helicase DNA binding protein 3, human

TSL 2

Gene CHD3, Length 3,744 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CHD3-208	ENST00000470531	WDR27	A2RRH5	827 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531		H0YCG3	227 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	C6orf222	P0C671	652 aa	Predicted RBP	11.1	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	ERVK-10	P10266	1014 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	RARB	P10826	455 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	ACAT1	P24752	427 aa	Known RBP	11.1	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	RAB27A	P51159	221 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	TFDP2	Q14188	446 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	PRPSAP1	Q14558	356 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	KIZ	Q2M2Z5	673 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	C1orf220	Q5T0J3	134 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	ATF7IP2	Q5U623	682 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	CATSPER4	Q7RTX7	472 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	CMC1	Q7Z7K0	106 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	TMEM192	Q8IY95	271 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	DRAXIN	Q8NBI3	349 aa	Predicted RBP	11.1	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	DIS3L	Q8TF46	1054 aa	Known RBP	11.1	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	ZNF669	Q96BR6	464 aa	Predicted RBP	11.1	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	OXNAD1	Q96HP4	312 aa	Predicted RBP	11.1	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	BTBD10	Q9BSF8	475 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	WWP1	Q9H0M0	922 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	TSPYL2	Q9H2G4	693 aa	Predicted RBP	11.1	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	LRRC4	Q9HBW1	653 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	LMCD1	Q9NZU5	365 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	SLC39A10	Q9ULF5	831 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	NENF	Q9UMX5	172 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	CSAD	Q9Y600	493 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	ROBO1	Q9Y6N7	1651 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	PSTPIP1	O43586	416 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	NT5C2	P49902	561 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	TPD52	P55327	224 aa	Predicted RBP	11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	OGDH	Q02218	1023 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	RPS6KA2	Q15349	733 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	PCSK7	Q16549	785 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	CRY2	Q49AN0	593 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	PTPN20	Q4JDL3	420 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	FASTKD1	Q53R41	847 aa	Known RBP	11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	PPM1J	Q5JR12	505 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	TRMT10B	Q6PF06	316 aa	Known RBP	11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	HPDL	Q96IR7	371 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	CPXM1	Q96SM3	734 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	IDI2	Q9BXS1	227 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	TEX13B	Q9BXU2	312 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	ZNF536	O15090	1300 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	CRCP	O75575	148 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	TMEM63A	O94886	807 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	MYC	P01106	439 aa	Predicted RBP	11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	TXN	P10599	105 aa	Known RBP	11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	TSPAN8	P19075	237 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	YWHAE	P62258	255 aa	Known RBP	11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	MORF4L2	Q15014	288 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	PDK4	Q16654	411 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	CCDC14	Q49A88	953 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	UTS2B	Q765I0	119 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	TTC13	Q8NBP0	860 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	SERAC1	Q96JX3	654 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	PHF12	Q96QT6	1004 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	EBF4	Q9BQW3	602 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	CCDC134	Q9H6E4	229 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	C17orf75	Q9HAS0	396 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	HACL1	Q9UJ83	578 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	LRP5	O75197	1615 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	ARAP2	Q8WZ64	1704 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	WDR46	O15213	610 aa	Known RBP	11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	SPTLC1	O15269	473 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	MED21	Q13503	144 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	DPYSL3	Q14195	570 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	GOLGA7B	Q2TAP0	167 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	ZACN	Q401N2	412 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	TATDN1	Q6P1N9	297 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	SLC39A4	Q6P5W5	647 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	TRIM72	Q6ZMU5	477 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	TSHZ1	Q6ZSZ6	1077 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	SYDE1	Q6ZW31	735 aa	Predicted RBP	11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	TRIML2	Q8N7C3	387 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	DDX55	Q8NHQ9	600 aa	Known RBP eCLIP	11.09	□□□□□ -0.63	2e-6	■□□□□ 10
CHD3-208	ENST00000470531	FIZ1	Q96SL8	496 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	TRPV6	Q9H1D0	765 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	C20orf96	Q9NUD7	363 aa	Predicted RBP	11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	ZNF358	Q9NW07	568 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	NUDT5	Q9UKK9	219 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	ZNF711	Q9Y462	761 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	TNKS1BP1	Q9C0C2	1729 aa	Known RBP	11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	CIT	O14578	2027 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CHD3-208	ENST00000470531	ZNF541	Q9H0D2	1346 aa		11.08	□□□□□ -0.64
CHD3-208	ENST00000470531		A0A087WZ62	844 aa		11.08	□□□□□ -0.64
CHD3-208	ENST00000470531	KDM4F	A0A1W2PPD8	638 aa		11.08	□□□□□ -0.64
CHD3-208	ENST00000470531	AGRP	O00253	132 aa		11.08	□□□□□ -0.64
CHD3-208	ENST00000470531	CNGA3	Q16281	694 aa		11.08	□□□□□ -0.64
CHD3-208	ENST00000470531	ACSBG2	Q5FVE4	666 aa		11.08	□□□□□ -0.64
CHD3-208	ENST00000470531	RALGPS1	Q5JS13	557 aa		11.08	□□□□□ -0.64
CHD3-208	ENST00000470531	N4BP2L1	Q5TBK1	243 aa	Predicted RBP	11.08	□□□□□ -0.64
CHD3-208	ENST00000470531	ST13P4	Q8IZP2	240 aa	Predicted RBP	11.08	□□□□□ -0.64
CHD3-208	ENST00000470531	TMCO5A	Q8N6Q1	288 aa		11.08	□□□□□ -0.64
CHD3-208	ENST00000470531	HDAC11	Q96DB2	347 aa		11.08	□□□□□ -0.64
CHD3-208	ENST00000470531	LGMN	Q99538	433 aa		11.08	□□□□□ -0.64
CHD3-208	ENST00000470531	FDXACB1	Q9BRP7	624 aa	Predicted RBP	11.08	□□□□□ -0.64
CHD3-208	ENST00000470531	CADM1	Q9BY67	442 aa	Known RBP	11.08	□□□□□ -0.64
CHD3-208	ENST00000470531	SEMA6A	Q9H2E6	1030 aa		11.08	□□□□□ -0.64
CHD3-208	ENST00000470531	SNX25	Q9H3E2	840 aa		11.08	□□□□□ -0.64

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 17.6 ms