RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000464362.5

HPS4-208, Transcript of HPS4, biogenesis of lysosomal organelles complex 3 subunit 2, human

TSL 5

Gene HPS4, Length 4,277 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
HPS4-208	ENST00000464362	RAPGEF3	O95398	923 aa		11.18	□□□□□ -0.62
HPS4-208	ENST00000464362	TULP1	O00294	542 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
HPS4-208	ENST00000464362	IGHD	P01880	384 aa		11.17	□□□□□ -0.62
HPS4-208	ENST00000464362	CAMSAP2	Q08AD1	1489 aa		11.17	□□□□□ -0.62
HPS4-208	ENST00000464362	GNAI1	P63096	354 aa		11.17	□□□□□ -0.62
HPS4-208	ENST00000464362	ATF7IP	Q6VMQ6	1270 aa		11.17	□□□□□ -0.62
HPS4-208	ENST00000464362	ABCF1	Q8NE71	845 aa	Known RBP eCLIP	11.17	□□□□□ -0.62
HPS4-208	ENST00000464362	SYAP1	Q96A49	352 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
HPS4-208	ENST00000464362	PTMS	P20962	102 aa		11.16	□□□□□ -0.62
HPS4-208	ENST00000464362	MVP	Q14764	893 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
HPS4-208	ENST00000464362	FBLN1	P23142	703 aa		11.16	□□□□□ -0.62
HPS4-208	ENST00000464362	BCL11B	Q9C0K0	894 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
HPS4-208	ENST00000464362	TSPYL4	Q9UJ04	414 aa		11.16	□□□□□ -0.62
HPS4-208	ENST00000464362	ADGRF5	Q8IZF2	1346 aa		11.16	□□□□□ -0.62
HPS4-208	ENST00000464362	HSP90B1	P14625	803 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
HPS4-208	ENST00000464362	TMEM57	Q8N5G2	664 aa		11.15	□□□□□ -0.62
HPS4-208	ENST00000464362	TWISTNB	Q3B726	338 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
HPS4-208	ENST00000464362	REC8	O95072	547 aa		11.15	□□□□□ -0.62
HPS4-208	ENST00000464362	RARS	P54136	660 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
HPS4-208	ENST00000464362	CAVIN1	Q6NZI2	390 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
HPS4-208	ENST00000464362	FAM13B	Q9NYF5	915 aa		11.15	□□□□□ -0.62
HPS4-208	ENST00000464362	TXNDC2	Q86VQ3	553 aa		11.15	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	TNN	Q9UQP3	1299 aa		11.15	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	RRS1	Q15050	365 aa	Known RBP	11.14	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	SSH1	Q8WYL5	1049 aa		11.14	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	DCTN1	Q14203	1278 aa		11.14	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	STAC3	Q96MF2	364 aa		11.14	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	KIAA0586	Q9BVV6	1533 aa		11.14	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	IQGAP2	Q13576	1575 aa		11.14	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	SKOR2	Q2VWA4	1001 aa	Predicted RBP	11.13	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	11.13	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	TEF	Q10587	303 aa		11.13	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	EID1	Q9Y6B2	187 aa		11.13	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	NSD3	Q9BZ95	1437 aa		11.13	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	NEK4	P51957	841 aa		11.13	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362		A0A0U1RQG5	324 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	CDC45	O75419	566 aa		11.12	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	SULT6B1	Q6IMI4	303 aa		11.12	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	TMPO	P42166	694 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	INTS3	Q68E01	1043 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	PBRM1	Q86U86	1689 aa		11.12	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	VPS37C	A5D8V6	355 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	MCM4	P33991	863 aa		11.12	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	FAM43A	Q8N2R8	423 aa		11.12	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	GNL2	Q13823	731 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	GORAB	Q5T7V8	394 aa		11.12	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	CDK19	Q9BWU1	502 aa		11.12	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	DIAPH3	Q9NSV4	1193 aa		11.12	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	C9orf78	Q9NZ63	289 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	PRPF40A	O75400	957 aa	Known RBP	11.11	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	NASP	P49321	788 aa	Predicted RBP	11.11	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	MRE11	P49959	708 aa		11.11	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	MIS18A	Q9NYP9	233 aa		11.11	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	FOSB	P53539	338 aa		11.11	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	WDR63	Q8IWG1	891 aa		11.11	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		11.11	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	PLEKHH2	Q8IVE3	1493 aa		11.1	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	TBC1D2	Q9BYX2	928 aa		11.1	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	11.1	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	FAM69C	Q0P6D2	419 aa		11.1	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	SPINK5	Q9NQ38	1064 aa	Predicted RBP	11.1	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	SLC4A2	P04920	1241 aa		11.1	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	AIMP1	Q12904	312 aa	Known RBP	11.1	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	CHD1L	Q86WJ1	897 aa		11.1	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	GPATCH3	Q96I76	525 aa		11.09	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	PCDHB15	Q9Y5E8	787 aa		11.09	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	CCDC27	Q2M243	656 aa		11.09	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	WAPL	Q7Z5K2	1190 aa		11.09	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	NLRP6	P59044	892 aa		11.09	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	FBXW7	Q969H0	707 aa		11.09	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	GOLGA6L6	A8MZA4	724 aa		11.09	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	NPHP1	O15259	732 aa		11.09	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	NRDC	O43847	1150 aa		11.09	□□□□□ -0.63
HPS4-208	ENST00000464362	IFT140	Q96RY7	1462 aa		11.08	□□□□□ -0.64
HPS4-208	ENST00000464362	CDK11B	P21127	795 aa	Known RBP	11.08	□□□□□ -0.64
HPS4-208	ENST00000464362	NUCB2	P80303	420 aa		11.08	□□□□□ -0.64
HPS4-208	ENST00000464362	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		11.08	□□□□□ -0.64
HPS4-208	ENST00000464362	R3HCC1	Q9Y3T6	440 aa	Known RBP	11.08	□□□□□ -0.64
HPS4-208	ENST00000464362	SURF6	O75683	361 aa	Known RBP	11.08	□□□□□ -0.64
HPS4-208	ENST00000464362	MAP4K4	O95819	1239 aa	Predicted RBP	11.08	□□□□□ -0.64
HPS4-208	ENST00000464362	TRIM27	P14373	513 aa		11.08	□□□□□ -0.64
HPS4-208	ENST00000464362	TESK2	Q96S53	571 aa		11.07	□□□□□ -0.64
HPS4-208	ENST00000464362	AAMP	Q13685	434 aa		11.07	□□□□□ -0.64
HPS4-208	ENST00000464362	UBE2Q2	Q8WVN8	375 aa		11.07	□□□□□ -0.64
HPS4-208	ENST00000464362	DHX29	Q7Z478	1369 aa	Known RBP	11.07	□□□□□ -0.64
HPS4-208	ENST00000464362	GPATCH8	Q9UKJ3	1502 aa	Known RBP	11.07	□□□□□ -0.64
HPS4-208	ENST00000464362	SMARCA5	O60264	1052 aa	Predicted RBP	11.07	□□□□□ -0.64
HPS4-208	ENST00000464362	SEC24B	O95487	1268 aa		11.07	□□□□□ -0.64
HPS4-208	ENST00000464362	CCDC141	Q6ZP82	1450 aa		11.07	□□□□□ -0.64
HPS4-208	ENST00000464362	LRPPRC	P42704	1394 aa	Known RBP	11.07	□□□□□ -0.64
HPS4-208	ENST00000464362	TAF7L	Q5H9L4	462 aa		11.06	□□□□□ -0.64
HPS4-208	ENST00000464362	PLEKHH1	Q9ULM0	1364 aa		11.06	□□□□□ -0.64
HPS4-208	ENST00000464362	IFIT2	P09913	472 aa	Known RBP	11.06	□□□□□ -0.64
HPS4-208	ENST00000464362	IL1RAPL2	Q9NP60	686 aa		11.06	□□□□□ -0.64
HPS4-208	ENST00000464362	TOMM22	Q9NS69	142 aa		11.06	□□□□□ -0.64
HPS4-208	ENST00000464362	EXOC6B	Q9Y2D4	811 aa		11.06	□□□□□ -0.64
HPS4-208	ENST00000464362		H3BQV1	296 aa		11.06	□□□□□ -0.64
HPS4-208	ENST00000464362	PER1	O15534	1290 aa	Predicted RBP	11.06	□□□□□ -0.64
HPS4-208	ENST00000464362	PHF14	O94880	888 aa		11.06	□□□□□ -0.64
HPS4-208	ENST00000464362	UBTFL1	P0CB47	393 aa	Predicted RBP	11.06	□□□□□ -0.64

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