RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM83E	Q2M2I3	478 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	TAF2	Q6P1X5	1199 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	FKBP9P1	Q75LS8	142 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF513	Q8N8E2	541 aa	Predicted RBP	13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	REPS2	Q8NFH8	660 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF518B	Q9C0D4	1074 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	RERE	Q9P2R6	1566 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	ENO3	P13929	434 aa	Predicted RBP	13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	CYP11B1	P15538	503 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	CHN1	P15882	459 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	BST2	Q10589	180 aa	Known RBP	13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	CLEC16A	Q2KHT3	1053 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	MROH9	Q5TGP6	573 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF720	Q7Z2F6	126 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	CDK5RAP1	Q96SZ6	601 aa	Known RBP	13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	CELF4	Q9BZC1	486 aa	Known RBP	13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	RNF208	Q9H0X6	261 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	NUMB	P49757	651 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	HDAC4	P56524	1084 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	MAP3K10	Q02779	954 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	TP53BP2	Q13625	1128 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	DMC1	Q14565	340 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	USP38	Q8NB14	1042 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	PCYOX1L	Q8NBM8	494 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	GPATCH2L	Q9NWQ4	482 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	PCDHB5	Q9Y5E4	795 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM205A	Q6ZU69	1335 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	TKTL1	P51854	596 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	ERVK-9	P63128	1117 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	ERVK-24	P63145	666 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	C2CD6	Q53TS8	623 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	KCNT1	Q5JUK3	1230 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	HES6	Q96HZ4	224 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	CISH	Q9NSE2	258 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	IL1RAPL1	Q9NZN1	696 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	ARHGAP26	Q9UNA1	814 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	MYO1G	B0I1T2	1018 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	NPM3	O75607	178 aa	Known RBP	13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	ALOX15	P16050	662 aa	Predicted RBP	13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	KPNB1	Q14974	876 aa	Known RBP	13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	PHKG1	Q16816	387 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	SH2D3C	Q8N5H7	860 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	SYT15	Q9BQS2	421 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	ZSWIM1	Q9BR11	485 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	FRMD8P1	Q9BZ68	369 aa	Predicted RBP	13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	TIMM13	Q9Y5L4	95 aa	Predicted RBP	13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	MAP3K6	O95382	1288 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	HSPA1A	P0DMV8	641 aa	Known RBP	13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	HSPA1B	P0DMV9	641 aa	Known RBP	13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	PAX7	P23759	505 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	SEC23A	Q15436	765 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	FSCN1	Q16658	493 aa	Known RBP	13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	ERAP2	Q6P179	960 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	KDM7A	Q6ZMT4	941 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	IFNE	Q86WN2	208 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC13A5	Q86YT5	568 aa	Predicted RBP	13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	TPCN2	Q8NHX9	752 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	XPO6	Q96QU8	1125 aa	Known RBP	13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	ERP44	Q9BS26	406 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF556	Q9HAH1	456 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	CBX4	O00257	560 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	VIL1	P09327	827 aa	Known RBP	13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	PBLD	P30039	288 aa	Predicted RBP	13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	PSEN2	P49810	448 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	ACVR2B	Q13705	512 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	B4GALNT2	Q8NHY0	566 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM162A	Q96A26	154 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	KAZALD1	Q96I82	304 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	C17orf80	Q9BSJ5	609 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	CAPN10	Q9HC96	672 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	THG1L	Q9NWX6	298 aa	Known RBP	13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	ITSN1	Q15811	1721 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	PJA2	O43164	708 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	ITGAL	P20701	1170 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	AKAP5	P24588	427 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	KCNK10	P57789	538 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	NCALD	P61601	193 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	PTPN11	Q06124	597 aa	Predicted RBP	13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM131B	Q86XD5	332 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	MRPL9	Q9BYD2	267 aa	Known RBP	13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	AP4E1	Q9UPM8	1137 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	DTNA	Q9Y4J8	743 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	SPACA6	W5XKT8	324 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	VPS26A	O75436	327 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	CAPZA2	P47755	286 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM171A1	Q5VUB5	890 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	CCDC33	Q8N5R6	958 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	TAS1R2	Q8TE23	839 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	THAP11	Q96EK4	314 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	KCTD10	Q9H3F6	313 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	ITGB1BP2	Q9UKP3	347 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	RPS6KL1	Q9Y6S9	549 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	AK9	Q5TCS8	1911 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	CDH2	P19022	906 aa	Predicted RBP	13.58	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	VHL	P40337	213 aa		13.58	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	DACT2	Q5SW24	774 aa		13.58	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC27A1	Q6PCB7	646 aa		13.58	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	UNC45B	Q8IWX7	931 aa		13.58	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	PHACTR4	Q8IZ21	702 aa		13.58	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	SGF29	Q96ES7	293 aa		13.58	□□□□□ -0.23

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