RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	RAB27A	P51159	221 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	MDH1B	Q5I0G3	518 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	C11orf96	Q7Z7L8	435 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	PPIL6	Q8IXY8	311 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	FUT8	Q9BYC5	575 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	VPS33B	Q9H267	617 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	SCUBE2	Q9NQ36	999 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	TNS2	Q63HR2	1409 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	WNT10B	O00744	389 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	ARHGEF9	O43307	516 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	EFCAB14	O75071	495 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	SNRPA	P09012	282 aa	Known RBP	13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	TGFB3	P10600	412 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	MTM1	Q13496	603 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	ITIH5	Q86UX2	942 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	ATP8B4	Q8TF62	1192 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	DNAJB3	Q8WWF6	145 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM161A	Q9NX61	479 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	TRIM17	Q9Y577	477 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	TCP11X1	B4DZS4	312 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	VWA5A	O00534	786 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	SGPL1	O95470	568 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	EPB42	P16452	691 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	HLA-DPA1	P20036	260 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	ADORA2A	P29274	412 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	ITGA8	P53708	1063 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	INPP5A	Q14642	412 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	TTC39B	Q5VTQ0	682 aa	Predicted RBP	13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	WDR49	Q8IV35	697 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	HERC6	Q8IVU3	1022 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	ANKRD27	Q96NW4	1050 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	VPS28	Q9UK41	221 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC39A10	Q9ULF5	831 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	DCC	P43146	1447 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	GIT2	Q14161	759 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	CCNI2	Q6ZMN8	369 aa	Predicted RBP	13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	KIAA2013	Q8IYS2	634 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	HIC2	Q96JB3	615 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	BRD8	Q9H0E9	1235 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	CDKN2AIP	Q9NXV6	580 aa	Predicted RBP	13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	TRMT6	Q9UJA5	497 aa	Known RBP	13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	GTPBP10	A4D1E9	387 aa	Known RBP	13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	SYNCRIP	O60506	623 aa	Known RBP	13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	HPCA	P84074	193 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	TIGD7	Q6NT04	549 aa	Predicted RBP	13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	TRIM65	Q6PJ69	517 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	SPATA21	Q7Z572	469 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	ADGRA1	Q86SQ6	560 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	TLK2	Q86UE8	772 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	PACS2	Q86VP3	889 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	ERGIC2	Q96RQ1	377 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	EMILIN2	Q9BXX0	1053 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	THAP2	Q9H0W7	228 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	KDSR	Q06136	332 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	MFSD10	Q14728	455 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	NFE2	Q16621	373 aa	Predicted RBP	13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	SLFN11	Q7Z7L1	901 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	ELOA2	Q8IYF1	753 aa	Predicted RBP	13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	CATSPER1	Q8NEC5	780 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	WWOX	Q9NZC7	414 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	PSTPIP1	O43586	416 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	H2AFY	O75367	372 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	POMC	P01189	267 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	GYPC	P04921	128 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	ENO1	P06733	434 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	CKB	P12277	381 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	PON1	P27169	355 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	SERPINB3	P29508	390 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	SERPINB4	P48594	390 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	CARS	P49589	748 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	POU4F1	Q01851	419 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	HIC1	Q14526	733 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	AARS2	Q5JTZ9	985 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	OLFML2B	Q68BL8	750 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	VTA1	Q9NP79	307 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	RBM12	Q9NTZ6	932 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	MARCO	Q9UEW3	520 aa	Predicted RBP	13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	CDYL	Q9Y232	598 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM47DP	A6NHR8	397 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	RHOC	P08134	193 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	SOAT1	P35610	550 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	AMPD2	Q01433	879 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	PTGIS	Q16647	500 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	AGBL2	Q5U5Z8	902 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	DENND5B	Q6ZUT9	1274 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	P2RX7	Q99572	595 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	MRPL1	Q9BYD6	325 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	PAPOLB	Q9NRJ5	636 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	CCT8L1P	A6NM43	557 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	FOXN3	O00409	490 aa	Predicted RBP	13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	MAP3K13	O43283	966 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	SHMT1	P34896	483 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	MED21	Q13503	144 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	BTG3	Q14201	252 aa	Predicted RBP	13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	USP50	Q70EL3	339 aa	Predicted RBP	13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	TMA16	Q96EY4	203 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	CIPC	Q9C0C6	399 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	ASCC2	Q9H1I8	757 aa	Predicted RBP	13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	IL25	Q9H293	177 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	NMRK2	Q9NPI5	230 aa		13.62	□□□□□ -0.23

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