RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000635958.1

CLN3-242, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,837 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-242ENST00000635958 CPA5Q8WXQ8 436 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-242ENST00000635958 LPIN3Q9BQK8 851 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-242ENST00000635958 ZBED2Q9BTP6 218 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-242ENST00000635958 CRTAC1Q9NQ79 661 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-242ENST00000635958 CEP83Q9Y592 693 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-242ENST00000635958 VWA8A3KMH1 1905 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 TMCO5BA8MYB1 307 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 TBC1D4O60343 1298 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 ABL1P00519 1130 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 MMP8P22894 467 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 MAGEA10P43363 369 aaPredicted RBP14.95□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 AMPD2Q01433 879 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 PLCB3Q01970 1234 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 INTS6LQ5JSJ4 861 aaKnown RBP14.95□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 VARS2Q5ST30 1063 aaKnown RBP14.95□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 SPOUT1Q5T280 376 aaKnown RBP14.95□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 PAPD7Q5XG87 772 aaKnown RBP14.95□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 CCDC70Q6NSX1 233 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 LEKR1Q6ZMV7 388 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 PAQR9Q6ZVX9 377 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 PASD1Q8IV76 773 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 MCOLN2Q8IZK6 566 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 FUKQ8N0W3 1084 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 OXCT2Q9BYC2 517 aaPredicted RBP14.95□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 AAASQ9NRG9 546 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 CHST7Q9NS84 486 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 SPG21Q9NZD8 308 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 TFR2Q9UP52 801 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 DUSP10Q9Y6W6 482 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 A0A0A6YYK5 440 aaPredicted RBP14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 MYBPHLA2RUH7 354 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 SETSIPP0DME0 302 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 SSTR3P32745 418 aaPredicted RBP14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 ACTN2P35609 894 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 NSFP46459 744 aaKnown RBP14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 PSMC1P62191 440 aaKnown RBP14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 GPC5P78333 572 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 C1QBPQ07021 282 aaKnown RBP14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 PTP4A2Q12974 167 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 MAPRE1Q15691 268 aaKnown RBP14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 GOLGA7BQ2TAP0 167 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 MON1BQ7L1V2 547 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 TTC30AQ86WT1 665 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 DNAAF5Q86Y56 855 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 OR10T2Q8NGX3 314 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 STK32AQ8WU08 396 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 SLC35F5Q8WV83 523 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 TTPALQ9BTX7 342 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 VN1R3Q9BXE9 311 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 FAM49BQ9NUQ9 324 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 HESX1Q9UBX0 185 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 MYBL1P10243 752 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 CCDC130P13994 396 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 PPM1AP35813 382 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 USP41Q3LFD5 358 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 MDH1BQ5I0G3 518 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 ANKS3Q6ZW76 656 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 TAS1R1Q7RTX1 841 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 RNF10Q8N5U6 811 aaKnown RBP14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 GOLGA6L1Q8N7Z2 621 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 C1orf131Q8NDD1 294 aaKnown RBP14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 SLC2A14Q8TDB8 520 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 CTNNBL1Q8WYA6 563 aaPredicted RBP14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 TRIM11Q96F44 468 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 B3GNT5Q9BYG0 378 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 IRX2Q9BZI1 471 aaPredicted RBP14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 ZCWPW1Q9H0M4 648 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 THAP2Q9H0W7 228 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 TRIM10Q9UDY6 481 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 STK39Q9UEW8 545 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 CYTH4Q9UIA0 394 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 GTF3C4Q9UKN8 822 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 OR6C75A6NL08 312 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 H7C4K7 107 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 M0QYV0 167 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 TLL1O43897 1013 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 CYP1A2P05177 515 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 GABRB2P47870 512 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 RPL34P49207 117 aaKnown RBP14.93□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 TSPY1Q01534 308 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 ZSCAN26Q16670 478 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 RTP2Q5QGT7 225 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 C9orf50Q5SZB4 431 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 DDX53Q86TM3 631 aaKnown RBP14.93□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 LRRTM3Q86VH5 581 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 ERICH1Q86X53 443 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 GPR65Q8IYL9 337 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 UBA3Q8TBC4 463 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 TMEM169Q96HH4 297 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 PCED1BQ96HM7 432 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 DUSP16Q9BY84 665 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 EPC1Q9H2F5 836 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 ABCB6Q9NP58 842 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 AVENQ9NQS1 362 aaPredicted RBP14.93□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 ADAM22Q9P0K1 906 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 SALL4Q9UJQ4 1053 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 PCDHB12Q9Y5F1 795 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 SAR1BQ9Y6B6 198 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 NCANO14594 1321 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-242ENST00000635958 SOD2P04179 222 aa14.92□□□□□ -0.02
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 23.4 ms