RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000566472.1

CLN3-223, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 4

Gene CLN3, Length 551 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-223	ENST00000566472	MCF2L	O15068	1137 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SNX3	O60493	162 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	TSPAN1	O60635	241 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SPAG6	O75602	509 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ECM2	O94769	699 aa	Predicted RBP	6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	TOMM70	O94826	608 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SUN1	O94901	812 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	TRUB2	O95900	331 aa	Known RBP	6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	VIM	P08670	466 aa	Known RBP	6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	IQCF3	P0C7M6	154 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	CETP	P11597	493 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	TCF4	P15884	667 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ARF4	P18085	180 aa	Predicted RBP	6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	IL1R2	P27930	398 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ADORA2A	P29274	412 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	AXL	P30530	894 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	STIP1	P31948	543 aa	Known RBP	6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	EPHX2	P34913	555 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	RAP1GAP	P47736	663 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	OSTN	P61366	133 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	IL9R	Q01113	521 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	OTUD4	Q01804	1114 aa	Known RBP	6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	PDK2	Q15119	407 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	NOMO1	Q15155	1222 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	LLGL1	Q15334	1064 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	KLHL38	Q2WGJ6	581 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ATP13A4	Q4VNC1	1196 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	EFHC2	Q5JST6	749 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	DAB2IP	Q5VWQ8	1189 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ARHGAP17	Q68EM7	881 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SCARA3	Q6AZY7	606 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	TXNRD3NB	Q6F5E7	133 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	DPY19L2	Q6NUT2	758 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	C4orf22	Q6V702	233 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ILDR2	Q71H61	639 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	TRABD2A	Q86V40	505 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	PACS2	Q86VP3	889 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	UNC93A	Q86WB7	457 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	RFX6	Q8HWS3	928 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	MAP7D3	Q8IWC1	876 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	TMEM192	Q8IY95	271 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	CCDC13	Q8IYE1	715 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ARFGAP1	Q8N6T3	406 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	NAT8L	Q8N9F0	302 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ACTL9	Q8TC94	416 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	STK32A	Q8WU08	396 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	TEKT4	Q8WW24	435 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	RSAD2	Q8WXG1	361 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	C9orf72	Q96LT7	481 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ACAP3	Q96P50	834 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	TWNK	Q96RR1	684 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	CPXM1	Q96SM3	734 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	TBCB	Q99426	244 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	C16orf70	Q9BSU1	422 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	NT5C1A	Q9BXI3	368 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	OSBPL7	Q9BZF2	842 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	FHDC1	Q9C0D6	1143 aa	Predicted RBP	6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	R3HDML	Q9H3Y0	253 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	RNPEP	Q9H4A4	650 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	PRDM16	Q9HAZ2	1276 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SPON1	Q9HCB6	807 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	GBA2	Q9HCG7	927 aa	Predicted RBP	6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	CYLD	Q9NQC7	956 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	PDGFC	Q9NRA1	345 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	KLHL11	Q9NVR0	708 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	DPP3	Q9NY33	737 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	PSMC3IP	Q9P2W1	217 aa	Predicted RBP	6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	CYTH4	Q9UIA0	394 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ZMYND8	Q9ULU4	1186 aa	Predicted RBP	6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	USP18	Q9UMW8	372 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	AGAP1	Q9UPQ3	857 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	NAALADL1	Q9UQQ1	740 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	AKT3	Q9Y243	479 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	USP15	Q9Y4E8	981 aa	Predicted RBP	6.56	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF236	Q9UL36	1845 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	IQCA1L	A6NCM1	817 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	CFAP73	A6NFT4	308 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	FAM47DP	A6NHR8	397 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	C2CD4B	A6NLJ0	364 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	CST8	O60676	142 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF189	O75820	626 aa	Predicted RBP	6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	GJB1	P08034	283 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	MMP3	P08254	477 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	CYP2C8	P10632	490 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ATP2A2	P16615	1042 aa	Known RBP	6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	TGM2	P21980	687 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	MIP	P30301	263 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	STX2	P32856	288 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	RPL22	P35268	128 aa	Known RBP	6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	GJA5	P36382	358 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SCTR	P47872	440 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	CTCF	P49711	727 aa	Predicted RBP	6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	GTF2A2	P52657	109 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	NDST1	P52848	882 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	EIF3E	P60228	445 aa	Known RBP	6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	FKBP1B	P68106	108 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	IGBP1	P78318	339 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ROR1	Q01973	937 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	RNASEL	Q05823	741 aa	Known RBP	6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	XRCC4	Q13426	336 aa		6.55	□□□□□ -1.36

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