RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000359947.8

PTPRF-201, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRF, Length 7,727 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRF-201ENST00000359947 COPS7BQ9H9Q2 264 aaPredicted RBP16.19■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 MANSC4A6NHS7 340 aaPredicted RBP16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 ALDH6A1Q02252 535 aaKnown RBP16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 APOL2Q9BQE5 337 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 CYP11B2P19099 503 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 SPRP35270 261 aaPredicted RBP16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 PLA2G4AP47712 749 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 RPL10AP62906 217 aaKnown RBP16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 PTK6Q13882 451 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 STAT4Q14765 748 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 CCDC22O60826 627 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 SGPL1O95470 568 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 VCLP18206 1134 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 LAMTOR4Q0VGL1 99 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 SFSWAPQ12872 951 aaKnown RBP16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 ZNF280DQ6N043 979 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 CLEC4FQ8N1N0 589 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 STX19Q8N4C7 294 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 MAGED4Q96JG8 741 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 CELF4Q9BZC1 486 aaKnown RBP16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 TFR2Q9UP52 801 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 AIM2O14862 343 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 ZBTB39O15060 712 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 ACAT1P24752 427 aaKnown RBP16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 HSPA9P38646 679 aaKnown RBP16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 OCA2Q04671 838 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 TLK2Q86UE8 772 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 TRAPPC12Q8WVT3 735 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 WNK4Q96J92 1243 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 KCNQ5Q9NR82 932 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 ZC3H11BA0A1B0GUI2 810 aaPredicted RBP16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 AKAP10O43572 662 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 PCNAP12004 261 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 RHOAP61586 193 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 MRPL1Q9BYD6 325 aaKnown RBP16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 NAMPTP43490 491 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 NPTX2P47972 431 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 GRIN1Q05586 938 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 ZNF284Q2VY69 593 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 HERC6Q8IVU3 1022 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 SPIRE2Q8WWL2 714 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 ZNF512BQ96KM6 892 aaPredicted RBP16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 UBP1Q9NZI7 540 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 RNF112Q9ULX5 631 aa16.18■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 A8MX80 341 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 GAS2O43903 313 aaKnown RBP16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 CXCL8P10145 99 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 INSRRP14616 1297 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 FUT11Q495W5 492 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 NAPEPLDQ6IQ20 393 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 LLGL2Q6P1M3 1020 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 TRAPPC11Q7Z392 1133 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 INPP5DQ92835 1189 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 DDX43Q9NXZ2 648 aaKnown RBP16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 CDYLQ9Y232 598 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 AMHP03971 560 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 TGM2P21980 687 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 FXR2P51116 673 aaKnown RBP eCLIP16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 CCDC3Q9BQI4 270 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 GALNTL6Q49A17 601 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 TFAP2DQ7Z6R9 452 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 ZSCAN32Q9NX65 697 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 ZNF189O75820 626 aaPredicted RBP16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 ITGB6P18564 788 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 FGFR2P21802 821 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 GUCY1A3Q02108 690 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 PALB2Q86YC2 1186 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 WDR24Q96S15 920 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 FHDC1Q9C0D6 1143 aaPredicted RBP16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 THG1LQ9NWX6 298 aaKnown RBP16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 STARD3Q14849 445 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 CYTH1Q15438 398 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 SLFN11Q7Z7L1 901 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 NT5DC3Q86UY8 548 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 CSGALNACT1Q8TDX6 532 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 CBWD1Q9BRT8 395 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 NT5MQ9NPB1 228 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 USP20Q9Y2K6 914 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 TAF6LQ9Y6J9 622 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 USP31Q70CQ4 1352 aa16.17■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 PRAMEF19Q5SWL8 479 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 APPL1Q9UKG1 709 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 MFSD10Q14728 455 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 SLC30A10Q6XR72 485 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 HORMAD1Q86X24 394 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 FAM131BQ86XD5 332 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 RGL4Q8IZJ4 473 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 NEXMIFQ5QGS0 1516 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 GPC1P35052 558 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 SCNN1BP51168 640 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 NAB2Q15742 525 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 ANKS6Q68DC2 871 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 ATP5HO75947 161 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 ITIH5Q86UX2 942 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 ATP6V1G3Q96LB4 118 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 WWP1Q9H0M0 922 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 ALFQ53S48 1182 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 ZMAT2Q96NC0 199 aaKnown RBP16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 GTF2A1LQ9UNN4 478 aa16.16■□□□□ 0.18
PTPRF-201ENST00000359947 ANXA9O76027 345 aa16.16■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 18.8 ms