RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	SYT15	Q9BQS2	421 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	XYLT2	Q9H1B5	865 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	DMAC2	Q9NW81	257 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM13B	Q9NYF5	915 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	GTSE1	Q9NYZ3	720 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	CFAP45	Q9UL16	551 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	ZFP91-CNTF	A0A0A6YYC7	529 aa	Predicted RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM237A	A0A1B0GTK4	181 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	SPECC1L-ADORA2A	F8WAN1	911 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	TULP1	O00294	542 aa	Predicted RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	NCAM2	O15394	837 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	DLAT	P10515	647 aa	Known RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	PFKFB1	P16118	471 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	PSMC1	P62191	440 aa	Known RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	MYO1E	Q12965	1108 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	KNOP1	Q1ED39	458 aa	Known RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	ARHGAP29	Q52LW3	1261 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	ZC3H14	Q6PJT7	736 aa	Known RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	MON1A	Q86VX9	555 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	YAF2	Q8IY57	180 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	MAB21L3	Q8N8X9	362 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	BPIFB1	Q8TDL5	484 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM174	Q8WUU8	243 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	MYLPF	Q96A32	169 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM83C	Q9BQN1	747 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	MRPL45	Q9BRJ2	306 aa	Known RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	IER2	Q9BTL4	223 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	KCTD10	Q9H3F6	313 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	C8orf33	Q9H7E9	229 aa	Predicted RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	LMAN1L	Q9HAT1	526 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	RBM12	Q9NTZ6	932 aa	Known RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	CGN	Q9P2M7	1197 aa	Known RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	CDH9	Q9ULB4	789 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	PCDHGA2	Q9Y5H1	932 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	KIF26A	Q9ULI4	1882 aa	Predicted RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A1B0GVL5	298 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	OTOL1	A6NHN0	477 aa	Predicted RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	DPYSL4	O14531	572 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	TACC1	O75410	805 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	STAU1	O95793	577 aa	Known RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	CMA1	P23946	247 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	DDX6	P26196	483 aa	Known RBP eCLIP	12.81	□□□□□ -0.36	7e-7	■■■■■ 28.8
PTPRF-211	ENST00000467464	CASP4	P49662	377 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	RPL10A	P62906	217 aa	Known RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	CLDN10	P78369	228 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	KMT5B	Q4FZB7	885 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464		Q6ZS52	159 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	HS2ST1	Q7LGA3	356 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	CELF5	Q8N6W0	485 aa	Known RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	TTC8	Q8TAM2	541 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	CSGALNACT1	Q8TDX6	532 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	CCDC127	Q96BQ5	260 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	GCNA	Q96QF7	691 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC22A12	Q96S37	553 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	HPS4	Q9NQG7	708 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM30A	Q9NV96	361 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	C2orf42	Q9NWW7	574 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	ZMYM5	Q9UJ78	669 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	MAGED2	Q9UNF1	606 aa	Predicted RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	TICRR	Q7Z2Z1	1910 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	SOBP	A7XYQ1	873 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	KPNA1	P52294	538 aa	Predicted RBP	12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	CACNA2D1	P54289	1103 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	MYL6	P60660	151 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	PLCB2	Q00722	1185 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	SATB1	Q01826	763 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	USP4	Q13107	963 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	CCIN	Q13939	588 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF268	Q14587	947 aa	Predicted RBP	12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	TAF12	Q16514	161 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	TDRD10	Q5VZ19	366 aa	Known RBP	12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	RALGPS2	Q86X27	583 aa	Predicted RBP	12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	SPATA2L	Q8IUW3	424 aa	Predicted RBP	12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC9A9	Q8IVB4	645 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	CEP57L1	Q8IYX8	460 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	PARD3B	Q8TEW8	1205 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	PCED1B	Q96HM7	432 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	FNBP1	Q96RU3	617 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	DPEP3	Q9H4B8	488 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	VRTN	Q9H8Y1	702 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	TDP1	Q9NUW8	608 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	ZSCAN32	Q9NX65	697 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	GCNT4	Q9P109	453 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	UXT	Q9UBK9	157 aa	Predicted RBP	12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	NUP210	Q8TEM1	1887 aa	Predicted RBP	12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	DMXL1	Q9Y485	3027 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	C2orf78	A6NCI8	922 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	LRRIQ3	A6PVS8	624 aa	Predicted RBP	12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464		K7ESF4	209 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	KIN	O60870	393 aa	Known RBP	12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	PAPSS2	O95340	614 aa	Predicted RBP	12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	VNN1	O95497	513 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	C4BPA	P04003	597 aa	Known RBP	12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	PDGFRB	P09619	1106 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM163B	P0C2L3	166 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	ARSA	P15289	507 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	TNNI1	P19237	187 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	BDNF	P23560	247 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	HOXC13	P31276	330 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-211	ENST00000467464	NDUFA8	P51970	172 aa		12.79	□□□□□ -0.36

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