RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000433888.5

PTPN4-205, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, human

TSL 3

Gene PTPN4, Length 954 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPN4-205	ENST00000433888	QSOX1	O00391	747 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	TJP3	O95049	919 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	GNAI2	P04899	355 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	POU2F2	P09086	479 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	ENG	P17813	658 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	HDC	P19113	662 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	FOXG1	P55316	489 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	LOXL3	P58215	753 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	NKX6-1	P78426	367 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	AMPD3	Q01432	767 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	LONRF3	Q496Y0	759 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	EMC10	Q5UCC4	262 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	RP9	Q8TA86	221 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	FAM167A	Q96KS9	214 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	CAMKK2	Q96RR4	588 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	TMEM79	Q9BSE2	394 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	THAP7	Q9BT49	309 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	PTDSS2	Q9BVG9	487 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	ANLN	Q9NQW6	1124 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	LMBRD1	Q9NUN5	540 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	PNPO	Q9NVS9	261 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	ELOVL5	Q9NYP7	299 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	SERTAD3	Q9UJW9	196 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	TBC1D30	Q9Y2I9	924 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	TTC3	P53804	2025 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	FTL	P02792	175 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	FES	P07332	822 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	ATXN1L	P0C7T5	689 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	PPIF	P30405	207 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	EVA1C	P58658	441 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	EXOSC9	Q06265	439 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	FAM50A	Q14320	339 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	AWAT2	Q6E213	333 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	NAPRT	Q6XQN6	538 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	PARS2	Q7L3T8	475 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	CYP2W1	Q8TAV3	490 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	RITA1	Q96K30	269 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	ZC3H10	Q96K80	434 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	C5orf34	Q96MH7	638 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	TTYH3	Q9C0H2	523 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	VPS16	Q9H269	839 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	ADAMTS5	Q9UNA0	930 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	SBNO2	Q9Y2G9	1366 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888		A1L4Q6	167 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	RECQL	P46063	649 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	LILRA4	P59901	499 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	LAMB3	Q13751	1172 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	PLS1	Q14651	629 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	IQCB1	Q15051	598 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	ARHGAP40	Q5TG30	622 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	TRIM72	Q6ZMU5	477 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888		Q6ZWC4	215 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	TECPR1	Q7Z6L1	1165 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	KRT73	Q86Y46	540 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	PNLDC1	Q8NA58	520 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	GLG1	Q92896	1179 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	ASB2	Q96Q27	587 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	ASPSCR1	Q9BZE9	553 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	TUBA8	Q9NY65	449 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	SPEF1	Q9Y4P9	236 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	KCNU1	A8MYU2	1149 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	ALG1L2	C9J202	215 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888		H7C1Q1	480 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	BCAR3	O75815	825 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	HOXB6	P17509	224 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	PXN	P49023	591 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	ZNF517	Q6ZMY9	492 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	LRRC71	Q8N4P6	559 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	LENG8	Q96PV6	779 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	WAC	Q9BTA9	647 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	PDGFC	Q9NRA1	345 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	NDRG4	Q9ULP0	352 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	GABRQ	Q9UN88	632 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	CCND1	P24385	295 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	PDE1A	P54750	535 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	TRIP6	Q15654	476 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	TMEM240	Q5SV17	173 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	FCRL6	Q6DN72	434 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	RGS7BP	Q6MZT1	257 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	LAYN	Q6UX15	382 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	WASF1	Q92558	559 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	R3HDM4	Q96D70	268 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	KRTAP2-2	Q9BYT5	123 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	GLOD4	Q9HC38	313 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	WDR17	Q8IZU2	1322 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888		E5RJQ4	531 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	POC1B-GALNT4	F8VUJ3	575 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	DTNB	O60941	627 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	UNC5C	O95185	931 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	CSF1R	P07333	972 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	NPS	P0C0P6	89 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	VIPR2	P41587	438 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	ARHGAP25	P42331	645 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	MMP13	P45452	471 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	FHL1	Q13642	323 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	E2F2	Q14209	437 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	RABEP1	Q15276	862 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	TBC1D25	Q3MII6	688 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	AMOT	Q4VCS5	1084 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-205	ENST00000433888	CRELD2	Q6UXH1	353 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63

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