RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000565379.1

NME3-208, Transcript of NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 3, human

TSL 2

Gene NME3, Length 911 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NME3-208	ENST00000565379	GLYCTK	Q8IVS8	523 aa		27.79	■■■□□ 2.04
NME3-208	ENST00000565379	TMEM130	Q8N3G9	435 aa		27.79	■■■□□ 2.04
NME3-208	ENST00000565379	TOP6BL	Q8N6T0	577 aa		27.79	■■■□□ 2.04
NME3-208	ENST00000565379	OXCT2	Q9BYC2	517 aa	Predicted RBP	27.79	■■■□□ 2.04
NME3-208	ENST00000565379	TAB2	Q9NYJ8	693 aa		27.79	■■■□□ 2.04
NME3-208	ENST00000565379	WDFY4	Q6ZS81	3184 aa		27.78	■■■□□ 2.04
NME3-208	ENST00000565379	TMEM221	A6NGB7	291 aa		27.78	■■■□□ 2.04
NME3-208	ENST00000565379		M0R296	226 aa		27.78	■■■□□ 2.04
NME3-208	ENST00000565379	CYB561D2	O14569	222 aa		27.78	■■■□□ 2.04
NME3-208	ENST00000565379	HUS1	O60921	280 aa		27.78	■■■□□ 2.04
NME3-208	ENST00000565379	SPATA31D3	P0C874	917 aa		27.78	■■■□□ 2.04
NME3-208	ENST00000565379	COPB1	P53618	953 aa	Known RBP	27.78	■■■□□ 2.04
NME3-208	ENST00000565379	CREM	Q03060	361 aa		27.78	■■■□□ 2.04
NME3-208	ENST00000565379	WDR72	Q3MJ13	1102 aa		27.78	■■■□□ 2.04
NME3-208	ENST00000565379	FILIP1L	Q4L180	1135 aa		27.78	■■■□□ 2.04
NME3-208	ENST00000565379	FKBP15	Q5T1M5	1219 aa		27.78	■■■□□ 2.04
NME3-208	ENST00000565379	GBP6	Q6ZN66	633 aa		27.78	■■■□□ 2.04
NME3-208	ENST00000565379	SPATA31D4	Q6ZUB0	917 aa		27.78	■■■□□ 2.04
NME3-208	ENST00000565379	METTL23	Q86XA0	190 aa		27.78	■■■□□ 2.04
NME3-208	ENST00000565379	TMEM86A	Q8N2M4	240 aa		27.78	■■■□□ 2.04
NME3-208	ENST00000565379	PBXIP1	Q96AQ6	731 aa		27.78	■■■□□ 2.04
NME3-208	ENST00000565379	RXFP1	Q9HBX9	757 aa		27.78	■■■□□ 2.04
NME3-208	ENST00000565379	SNX9	Q9Y5X1	595 aa		27.78	■■■□□ 2.04
NME3-208	ENST00000565379	ZDBF2	Q9HCK1	2354 aa		27.78	■■■□□ 2.04
NME3-208	ENST00000565379	C2orf16	Q68DN1	1984 aa		27.77	■■■□□ 2.04
NME3-208	ENST00000565379	PES1	O00541	588 aa	Known RBP	27.77	■■■□□ 2.04
NME3-208	ENST00000565379	CYP11A1	P05108	521 aa		27.77	■■■□□ 2.04
NME3-208	ENST00000565379	ATP1A3	P13637	1013 aa		27.77	■■■□□ 2.04
NME3-208	ENST00000565379	NOP14	P78316	857 aa	Known RBP	27.77	■■■□□ 2.04
NME3-208	ENST00000565379	RTP2	Q5QGT7	225 aa		27.77	■■■□□ 2.04
NME3-208	ENST00000565379	PRSS55	Q6UWB4	352 aa	Predicted RBP	27.77	■■■□□ 2.04
NME3-208	ENST00000565379	ANKS3	Q6ZW76	656 aa		27.77	■■■□□ 2.04
NME3-208	ENST00000565379	PPFIBP1	Q86W92	1011 aa		27.77	■■■□□ 2.04
NME3-208	ENST00000565379	EHBP1	Q8NDI1	1231 aa		27.77	■■■□□ 2.04
NME3-208	ENST00000565379	RIN2	Q8WYP3	895 aa	Predicted RBP	27.77	■■■□□ 2.04
NME3-208	ENST00000565379	FAM124B	Q9H5Z6	455 aa	Predicted RBP	27.77	■■■□□ 2.04
NME3-208	ENST00000565379	MAN1C1	Q9NR34	630 aa		27.77	■■■□□ 2.04
NME3-208	ENST00000565379	APOBEC3C	Q9NRW3	190 aa	Known RBP eCLIP	27.77	■■■□□ 2.04
NME3-208	ENST00000565379	CLSTN1	O94985	981 aa		27.76	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	MTHFR	P42898	656 aa		27.76	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	SEMA4D	Q92854	862 aa		27.76	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	FAM81B	Q96LP2	452 aa		27.76	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	VPS16	Q9H269	839 aa		27.76	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	SMOC2	Q9H3U7	446 aa		27.76	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	MYO10	Q9HD67	2058 aa		27.76	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	LGALS16	A8MUM7	142 aa		27.75	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379		H7C4K7	107 aa		27.75	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	MRE11	P49959	708 aa		27.75	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	EXOC3L4	Q17RC7	722 aa		27.75	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	SCARA3	Q6AZY7	606 aa		27.75	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	APTX	Q7Z2E3	356 aa	Known RBP	27.75	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	LIMS2	Q7Z4I7	341 aa		27.75	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	CEP57	Q86XR8	500 aa		27.75	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	PALB2	Q86YC2	1186 aa		27.75	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	PIK3R5	Q8WYR1	880 aa		27.75	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	RIPOR3	Q96MK2	946 aa		27.75	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	NIF3L1	Q9GZT8	377 aa		27.75	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	SFXN1	Q9H9B4	322 aa		27.75	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	GCNT4	Q9P109	453 aa		27.75	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	SCN1A	P35498	2009 aa		27.75	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	DENND4A	Q7Z401	1863 aa		27.74	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	SPDYE4	A6NLX3	237 aa		27.74	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379		I3L4J1	428 aa		27.74	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	TACC1	O75410	805 aa		27.74	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	RFPL2	O75678	378 aa		27.74	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	OAZ2	O95190	189 aa		27.74	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	SERPINC1	P01008	464 aa		27.74	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	ADH1A	P07327	375 aa		27.74	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	TKT	P29401	623 aa	Known RBP	27.74	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	YWHAH	Q04917	246 aa	Predicted RBP	27.74	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	SMYD5	Q6GMV2	418 aa		27.74	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	GPR149	Q86SP6	731 aa		27.74	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	TTC39C	Q8N584	583 aa		27.74	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	RNF214	Q8ND24	703 aa		27.74	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	NECTIN4	Q96NY8	510 aa		27.74	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	NT5C1B	Q96P26	610 aa		27.74	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	MMS19	Q96T76	1030 aa		27.74	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	CYP3A43	Q9HB55	503 aa		27.74	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	NXF1	Q9UBU9	619 aa	Known RBP	27.74	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	VWA8	A3KMH1	1905 aa		27.73	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	TBXAS1	P24557	533 aa	Predicted RBP	27.73	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	LHX1	P48742	406 aa		27.73	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	MRPL58	Q14197	206 aa	Known RBP	27.73	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	PTPN21	Q16825	1174 aa		27.73	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	ATAT1	Q5SQI0	421 aa		27.73	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	VARS2	Q5ST30	1063 aa	Known RBP	27.73	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	OVOS1	Q6IE37	1185 aa		27.73	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	THEM5	Q8N1Q8	247 aa		27.73	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	LMO3	Q8TAP4	145 aa		27.73	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	PI4K2A	Q9BTU6	479 aa		27.73	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	BACE2	Q9Y5Z0	518 aa		27.73	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	ADAM12	O43184	909 aa		27.72	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	GLUD1	P00367	558 aa		27.72	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	ASGR2	P07307	311 aa		27.72	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	SIGLEC14	Q08ET2	396 aa		27.72	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	SOWAHA	Q2M3V2	549 aa		27.72	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	ZNF280D	Q6N043	979 aa		27.72	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	INTS2	Q9H0H0	1204 aa	Known RBP	27.72	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	FNIP2	Q9P278	1114 aa		27.72	■■■□□ 2.03
NME3-208	ENST00000565379	L1RE1	Q9UN81	338 aa		27.72	■■■□□ 2.03

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