RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000555995.1

CCDC88C-210, Transcript of coiled-coil domain containing 88C, humanhuman

TSL 3

Gene CCDC88C, Length 689 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88C-210ENST00000555995 HTR4Q13639 388 aa22.13■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 MGAT5BQ3V5L5 792 aa22.13■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 INTS6LQ5JSJ4 861 aaKnown RBP22.13■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 SUGP1Q8IWZ8 645 aaKnown RBP22.13■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 NPAS3Q8IXF0 933 aa22.13■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 ATAD1Q8NBU5 361 aa22.13■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 ITFG1Q8TB96 612 aa22.13■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 MMS19Q96T76 1030 aa22.13■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 SEPT5Q99719 369 aaPredicted RBP22.13■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 GPR88Q9GZN0 384 aa22.13■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 CEP72Q9P209 647 aa22.13■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 MAPK8IP1Q9UQF2 711 aa22.13■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 P4HA1P13674 534 aa22.12■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 PSMC2P35998 433 aaKnown RBP22.12■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 SOWAHAQ2M3V2 549 aa22.12■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 PRSS36Q5K4E3 855 aa22.12■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 LIMS2Q7Z4I7 341 aa22.12■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 PSMG2Q969U7 264 aa22.12■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 PBXIP1Q96AQ6 731 aa22.12■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 FUBP3Q96I24 572 aaKnown RBP eCLIP22.12■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 FAM84AQ96KN4 292 aa22.12■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 MKNK1Q9BUB5 465 aa22.12■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 VRTNQ9H8Y1 702 aa22.12■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 ABI2Q9NYB9 513 aaPredicted RBP22.12■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 CDH9Q9ULB4 789 aa22.12■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 PCDHA5Q9Y5H7 936 aa22.12■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 TACC1O75410 805 aa22.11■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 CLSTN1O94985 981 aa22.11■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 SRFP11831 508 aa22.11■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 WARSP23381 471 aaKnown RBP22.11■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 UBE2HP62256 183 aa22.11■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 ADAM9Q13443 819 aa22.11■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 SLC5A9Q2M3M2 681 aa22.11■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 ZNF699Q32M78 642 aa22.11■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 WDR72Q3MJ13 1102 aa22.11■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 ZCWPW2Q504Y3 356 aa22.11■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 C4orf50Q6ZRC1 276 aa22.11■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 FAM186BQ8IYM0 893 aa22.11■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 FAM200AQ8TCP9 573 aa22.11■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 TAF4BQ92750 862 aa22.11■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 ASIC4Q96FT7 647 aa22.11■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 GZF1Q9H116 711 aaPredicted RBP22.11■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 SLC27A5Q9Y2P5 690 aa22.11■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 NUMBLQ9Y6R0 609 aa22.11■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 CETN3O15182 167 aa22.1■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 HAPLN1P10915 354 aaPredicted RBP22.1■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 COL9A1P20849 921 aa22.1■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 CASP4P49662 377 aa22.1■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 VAMP7P51809 220 aa22.1■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 RPL10AP62906 217 aaKnown RBP22.1■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 LRRC63Q05C16 580 aa22.1■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 NCOA4Q13772 614 aa22.1■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 TAF12Q16514 161 aa22.1■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 ZACNQ401N2 412 aa22.1■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 ZNF667Q5HYK9 610 aa22.1■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 TDRD10Q5VZ19 366 aaKnown RBP22.1■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 HFE2Q6ZVN8 426 aa22.1■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 SLC44A3Q8N4M1 653 aa22.1■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 PLEKHO2Q8TD55 490 aa22.1■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 ING5Q8WYH8 240 aa22.1■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 ZNF516Q92618 1163 aa22.1■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 GCNAQ96QF7 691 aa22.1■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 SYT15Q9BQS2 421 aa22.1■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 IMPG2Q9BZV3 1241 aa22.1■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 KCNH6Q9H252 994 aa22.1■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 CRISPLD1Q9H336 500 aa22.1■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 SNX25Q9H3E2 840 aa22.1■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 ZMYM5Q9UJ78 669 aa22.1■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 ARIH1Q9Y4X5 557 aaPredicted RBP22.1■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 PSMA7O14818 248 aa22.09■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 STX10O60499 249 aa22.09■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 CST3P01034 146 aaPredicted RBP22.09■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 C4BPAP04003 597 aaKnown RBP22.09■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 EPB41P11171 864 aaKnown RBP22.09■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 MYL4P12829 197 aa22.09■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 CEBPBP17676 345 aa22.09■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 PRCPP42785 496 aa22.09■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 MYL6P60660 151 aa22.09■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 CFAP221Q4G0U5 840 aa22.09■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 LRRTM3Q86VH5 581 aa22.09■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 SPATA2LQ8IUW3 424 aaPredicted RBP22.09■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 SMYD4Q8IYR2 804 aaPredicted RBP22.09■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 FBXL6Q8N531 539 aa22.09■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 KBTBD7Q8WVZ9 684 aa22.09■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 DNAJC25Q9H1X3 360 aa22.09■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 FBXL21Q9UKT6 434 aa22.09■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 ECI2O75521 394 aa22.08■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 AKAP3O75969 853 aa22.08■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 TRIM21P19474 475 aaKnown RBP22.08■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 CDC25CP30307 473 aa22.08■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 SGSM1Q2NKQ1 1148 aa22.08■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 ARHGAP15Q53QZ3 475 aa22.08■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 DNAJB7Q7Z6W7 309 aaPredicted RBP22.08■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 OSTM1Q86WC4 334 aa22.08■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 TTC9BQ8N6N2 239 aa22.08■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 MCRS1Q96EZ8 462 aa22.08■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 CEP295NLQ96MC4 621 aa22.08■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 XYLT2Q9H1B5 865 aa22.08■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 MFSD1Q9H3U5 465 aa22.08■■□□□ 1.13
CCDC88C-210ENST00000555995 SLC2A4RGQ9NR83 387 aa22.08■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 36.1 ms