RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	DIP2C	Q9Y2E4	1556 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	CFAP99	D6REC4	459 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	FGFR4	P22455	802 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	ATN1	P54259	1190 aa	Predicted RBP	13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	KLC1	Q07866	573 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	TEDDM1	Q5T9Z0	273 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	RRM2B	Q7LG56	351 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	NEUROG2	Q9H2A3	272 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	SPDYE5	A6NIY4	337 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	SPDYE7P	Q495Y7	208 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	C16orf87	Q6PH81	154 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF473	Q8WTR7	871 aa	Known RBP	13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	DPF3	Q92784	378 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	CEP19	Q96LK0	163 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	METTL5	Q9NRN9	209 aa	Known RBP	13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF711	Q9Y462	761 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447		A0A1B0GTH6	734 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447		H0Y626	953 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	RGL2	O15211	777 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	B3GAT3	O94766	335 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC9A1	P19634	815 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	CXCL9	Q07325	125 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	STAT4	Q14765	748 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	NBPF12	Q5TAG4	269 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	CYP4A22	Q5TCH4	519 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	YME1L1	Q96TA2	773 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	STARD7	Q9NQZ5	370 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	ZC3H7B	Q9UGR2	993 aa	Known RBP	13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	FBXL5	Q9UKA1	691 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	SSU72P8	A0A1W2PR75	194 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	CCND1	P24385	295 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	EEF1D	P29692	281 aa	Known RBP	13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	CLCN3	P51790	818 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	SUGP1	Q8IWZ8	645 aa	Known RBP	13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	ATP6V0D2	Q8N8Y2	350 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447		H0Y3Z8	333 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	ATP6V1E1	P36543	226 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	AMHR2	Q16671	573 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	C1orf146	Q5VVC0	180 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF677	Q86XU0	584 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	SEPT8	Q92599	483 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	DPF2	Q92785	391 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	GPR63	Q9BZJ6	419 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	XPO7	Q9UIA9	1087 aa	Known RBP	13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	SNUPN	O95149	360 aa	Known RBP	13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	SUPT20HL2	P0C7V6	817 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	VCAM1	P19320	739 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	KIZ	Q2M2Z5	673 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	IPMK	Q8NFU5	416 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	RSAD1	Q9HA92	442 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	RRAGC	Q9HB90	399 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	PPRC1	Q5VV67	1664 aa	Known RBP	13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	PHF2	O75151	1096 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	MAPRE2	Q15555	327 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	PTRHD1	Q6GMV3	140 aa	Known RBP	13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	DAGLB	Q8NCG7	672 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	EPC1	Q9H2F5	836 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	ATP11B	Q9Y2G3	1177 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	PKP3	Q9Y446	797 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	FRMPD1	Q5SYB0	1578 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF263	O14978	683 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	FOXP2	O15409	715 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC11A2	P49281	568 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	USP10	Q14694	798 aa	Known RBP	13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	MTF1	Q14872	753 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	LRRC14	Q15048	493 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	SPDYA	Q5MJ70	313 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	OTUB1	Q96FW1	271 aa	Predicted RBP	13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	ADAMTS13	Q76LX8	1427 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	BHMT	Q93088	406 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	ING2	Q9H160	280 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	ZDHHC9	Q9Y397	364 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC37A4	O43826	429 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	ARMC6	Q6NXE6	501 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	CD302	Q8IX05	232 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	NR1H4	Q96RI1	486 aa	Predicted RBP	13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	CINP	Q9BW66	212 aa	Predicted RBP	13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	ZC3H11A	O75152	810 aa	Known RBP eCLIP	13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	OCM2	P0CE71	109 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	OCM	P0CE72	109 aa	Predicted RBP	13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC2A3	P11169	496 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	NAB2	Q15742	525 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	SEZ6	Q53EL9	994 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	PKN3	Q6P5Z2	889 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	SPATA4	Q8NEY3	305 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	RUSC1	Q9BVN2	902 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	AGPAT5	Q9NUQ2	364 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	OGT	O15294	1046 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	DDN	O94850	711 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	UROD	P06132	367 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	VSNL1	P62760	191 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	USP49	Q70CQ1	688 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	IL17RA	Q96F46	866 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	CHP1	Q99653	195 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	SCHIP1	Q9P0W5	487 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	CEMIP	Q8WUJ3	1361 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	MAN1A2	O60476	641 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	AP1G2	O75843	785 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	VTN	P04004	478 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	RPLP2	P05387	115 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21

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