RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	YWHAB	P31946	246 aa	Known RBP	9.61	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	IL17A	Q16552	155 aa		9.61	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	XKR9	Q5GH70	373 aa		9.61	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	B3GNT9	Q6UX72	402 aa		9.61	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	AGMO	Q6ZNB7	445 aa		9.61	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	CCDC73	Q6ZRK6	1079 aa		9.61	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	TAS1R1	Q7RTX1	841 aa		9.61	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	CATSPER3	Q86XQ3	398 aa		9.61	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	GLYCTK	Q8IVS8	523 aa		9.61	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	C4orf19	Q8IY42	314 aa		9.61	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	URGCP	Q8TCY9	931 aa		9.61	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	PGBD4	Q96DM1	585 aa		9.61	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	CEP170P1	Q96L14	293 aa		9.61	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	MYADM	Q96S97	322 aa		9.61	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	CEP89	Q96ST8	783 aa		9.61	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	HSD17B14	Q9BPX1	270 aa		9.61	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	LXN	Q9BS40	222 aa		9.61	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	INO80B	Q9C086	356 aa	Predicted RBP	9.61	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	LRRC27	Q9C0I9	530 aa		9.61	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	TBC1D17	Q9HA65	648 aa		9.61	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	ANKEF1	Q9NU02	776 aa		9.61	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	IGSF9	Q9P2J2	1179 aa		9.61	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	FBXO2	Q9UK22	296 aa	Predicted RBP	9.61	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	DOLK	Q9UPQ8	538 aa		9.61	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	PRG3	Q9Y2Y8	225 aa	Predicted RBP	9.61	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	PCDHB2	Q9Y5E7	798 aa		9.61	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	MYH11	P35749	1972 aa		9.61	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	ANK1	P16157	1881 aa		9.6	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	IGKV6-21	A0A0C4DH24	114 aa		9.6	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520		A0A1W2PRU2	124 aa		9.6	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	MEN1	O00255	615 aa		9.6	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	ZNF623	O75123	536 aa		9.6	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	PRPF40A	O75400	957 aa	Known RBP	9.6	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	STBD1	O95210	358 aa		9.6	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	VSIG8	P0DPA2	414 aa		9.6	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	CMA1	P23946	247 aa		9.6	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	CDC25A	P30304	524 aa		9.6	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	RNF144A	P50876	292 aa	Predicted RBP	9.6	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	RAB27A	P51159	221 aa		9.6	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	CDC42EP1	Q00587	391 aa		9.6	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	AMPD3	Q01432	767 aa		9.6	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	PLA2G4F	Q68DD2	849 aa		9.6	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	C15orf39	Q6ZRI6	1047 aa		9.6	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	DGLUCY	Q7Z3D6	616 aa		9.6	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	CEP57L1	Q8IYX8	460 aa		9.6	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	SLC44A3	Q8N4M1	653 aa		9.6	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	DCLK2	Q8N568	766 aa		9.6	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	IQUB	Q8NA54	791 aa		9.6	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	GPR152	Q8TDT2	470 aa		9.6	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	SMG7	Q92540	1137 aa	Known RBP	9.6	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	PLIN2	Q99541	437 aa		9.6	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	TRAIP	Q9BWF2	469 aa		9.6	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	NIFK	Q9BYG3	293 aa	Known RBP	9.6	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	CCSER1	Q9C0I3	900 aa		9.6	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	RSAD1	Q9HA92	442 aa		9.6	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	DDX19A	Q9NUU7	478 aa	Known RBP	9.6	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	WNT16	Q9UBV4	365 aa		9.6	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	PPME1	Q9Y570	386 aa		9.6	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	ZNF638	Q14966	1978 aa	Known RBP	9.6	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	CLUH	O75153	1309 aa		9.59	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	TPR	P12270	2363 aa	Known RBP	9.59	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	ARHGEF35	A5YM69	484 aa		9.59	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	CARNS1	A5YM72	827 aa		9.59	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520		F8W810	466 aa		9.59	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	TEX28	O15482	410 aa		9.59	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	MAF	O75444	373 aa	Predicted RBP	9.59	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	MED24	O75448	989 aa		9.59	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	LYPLA2	O95372	231 aa		9.59	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	GLUD1	P00367	558 aa		9.59	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	KRT18	P05783	430 aa	Known RBP	9.59	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	UROD	P06132	367 aa		9.59	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	SRGAP2C	P0DJJ0	459 aa		9.59	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	GPC1	P35052	558 aa		9.59	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	GMPR	P36959	345 aa		9.59	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	STAT6	P42226	847 aa		9.59	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	OR1G1	P47890	313 aa		9.59	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	NPEPPS	P55786	919 aa		9.59	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	SPIRE1	Q08AE8	756 aa		9.59	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	DHX8	Q14562	1220 aa	Known RBP	9.59	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	SV2B	Q7L1I2	683 aa		9.59	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	GET4	Q7L5D6	327 aa	Predicted RBP	9.59	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	LYSMD3	Q7Z3D4	306 aa		9.59	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	ZNF410	Q86VK4	478 aa		9.59	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	PALB2	Q86YC2	1186 aa		9.59	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	PDILT	Q8N807	584 aa		9.59	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	PIGO	Q8TEQ8	1089 aa		9.59	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	SLC7A3	Q8WY07	619 aa		9.59	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	EPSTI1	Q96J88	318 aa		9.59	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	B3GALT6	Q96L58	329 aa		9.59	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	RPS6KC1	Q96S38	1066 aa		9.59	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	MINDY3	Q9H8M7	445 aa		9.59	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	PIDD1	Q9HB75	910 aa		9.59	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	IFT122	Q9HBG6	1241 aa		9.59	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	WDR6	Q9NNW5	1121 aa	Known RBP	9.59	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	AGPAT5	Q9NUQ2	364 aa		9.59	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	MARCH5	Q9NX47	278 aa		9.59	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	KCNG1	Q9UIX4	513 aa		9.59	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	SPAG17	Q6Q759	2223 aa		9.59	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	SLC35F4	A4IF30	521 aa		9.58	□□□□□ -0.88
USP4-213	ENST00000488520	PP2D1	A8MPX8	630 aa		9.58	□□□□□ -0.88

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 29.4 ms